PDB-6kjv: Structure of thermal-stabilised(M9) human GLP-1 receptor transmem...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kjv

タイトル

Structure of thermal-stabilised(M9) human GLP-1 receptor transmembrane domain

要素

Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor

キーワード

SIGNALING PROTEIN / GPCR / seven-transmembrane / allosteric modulators / diabetes

機能・相同性

機能・相同性情報

glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / activation of adenylate cyclase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Song, G.

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Mutagenesis facilitated crystallization of GLP-1R.
著者: Xu, Y. / Wang, Y. / Wang, Y. / Liu, K. / Peng, Y. / Yao, D. / Tao, H. / Liu, H. / Song, G.

履歴

登録	2019年7月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._audit_author.name / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kjv.cif.gz	350 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kjv.ent.gz	284.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kjv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/6kjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/6kjv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kk1C 6kk7C 5vewS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vew-1 5vex-1 6kk7-1 5vew-2 6kk7-2 5vex-2 6kk1-1 4nnh-d 4qq1-1 4qq1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (17) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (7) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (5) #202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (6)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (17)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (7)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (6)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (6)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (5)
#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (2)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor

B: Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.030, 68.300, 83.430
Angle α, β, γ (deg.)	91.53, 90.34, 106.49
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor / GLP-1R / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / GLP-1R 分子量: 52583.305 Da / 分子数: 2 変異: S193C,I196F,S225A,S271A,I317C,G318I,K346A,C347F,G361C,205-214deletion,R1011G,C1053T,C1096A,I1136R 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: GLP1R / プラスミド: pfasctbac / Cell (発現宿主): SF9 / 細胞株 (発現宿主): IPLB-Sf-21-AE 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: P43220, UniProt: P00720
#2: 化合物	ChemComp-97Y / N-{4-[(R)-(3,3-dimethylcyclobutyl)({6-[4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl]pyridin-3-yl}amino)methyl]benzene-1-carbonyl}-beta-alanine 分子量: 515.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₈F₃N₅O₃
#3: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: 0.4-0.45 M ammonium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.2-6.6, 35-38% PEG400, 3% w/v aminohexanoic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→45.2 Å / Num. obs: 30099 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 2.5 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Num. unique obs: 3968 / CC_1/2: 0.62 / % possible all: 79.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5VEW

5vew

解像度: 2.8→29.8 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 37.27

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28	1324	4.4 %	Ramdon selection
R_work	0.247	28712	-	-
obs	0.249	30036	99.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 216.23 Å² / B_iso mean: 84.0806 Å² / B_iso min: 25.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6607	0	124	8	6739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6893
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.734	9379
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1085
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1141
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.527	3979

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8-2.9121	0.4653	114	0.4101	2842	2956	79
2.9121-3.0445	0.3814	106	0.3652	3026	3132	83
3.0445-3.2048	0.3698	105	0.3199	3153	3258	86
3.2048-3.4053	0.3207	167	0.2669	3195	3362	89
3.4053-3.6678	0.2541	165	0.2445	3203	3368	90
3.6678-4.0361	0.2731	177	0.2426	3314	3491	93
4.0361-4.6183	0.2874	147	0.2327	3361	3508	93
4.6183-5.8115	0.2434	155	0.2292	3355	3510	94
5.8115-29.7805	0.2587	188	0.2109	3263	3451	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3346	-0.1735	-0.1128	0.1637	-0.2413	0.1127	0.0223	0.0066	-0.0658	0.0991	-0.0371	0.0512	-0.0965	-0.051	-0	0.3782	-0.0002	0.0194	0.2745	-0.0194	0.2825	6.5338	36.0981	43.7195
2	0.7657	0.0102	0.2174	-0.1632	0.2876	0.3966	0.2347	0.3479	-0.1058	-0.0445	-0.0601	0.1748	-0.1439	0.0409	0	0.3606	0.128	-0.0837	0.5961	-0.006	0.3733	10.324	27.463	38.215
3	0.5074	-0.2096	0.2507	-0.1206	-0.2593	0.0571	-0.0658	-0.2073	-0.1758	-0.0223	-0.0472	-0.0747	-0.4007	0.3059	-0	0.3357	-0.0054	0.0147	0.4708	0.0024	0.3467	-2.981	8.298	-0.901
4	0.2589	0.1027	0.3282	0.6696	0.3242	0.1722	0.0308	0.2631	0.0093	-0.0938	-0.0092	-0.0297	-0.2108	0.3247	0	0.3413	-0.0244	0.0446	0.3048	0.0089	0.3763	3.171	28.778	3.918
5	0.3901	0.0595	0.2691	0.1347	-0.0105	0.1927	0.0273	0.036	0.0711	-0.0417	0.0757	0.1857	0.217	-0.3502	0	0.409	-0.0716	-0.0661	0.1907	-0.0124	0.3005	38.6179	5.7412	39.2095
6	-0.0324	0.0543	-0.1593	0.071	-0.1619	0.0451	0.6035	-0.5591	-0.6348	-1.3859	0.7786	0.6201	1.1283	-0.3162	0	-0.5862	0.0456	0.6207	0.5474	-0.0396	0.4239	33.943	20.331	33.683
7	0.1492	-0.0149	-0.0578	-0.0409	-0.0699	0.0399	0.0269	-0.1741	0.1544	0.1335	0.1908	0.0366	0.02	0.3687	-0	0.4815	-0.1105	0.0194	0.7026	0.0507	0.3843	49.036	18.504	56.371
8	0.0167	0.1287	-0.017	0.0888	-0.0953	0.0466	0.4626	-0.7707	-0.447	0.1444	0.2106	-0.0258	0.4771	-0.3498	-0	0.8052	-0.3463	0.0012	0.6769	0.2098	0.4579	51.276	12.307	34.58
9	0.3027	0.4306	0.4415	0.2407	0.1686	0.0643	0.0189	-0.1462	-0.129	-0.0647	0.0082	-0.0703	0.2022	-0.3837	0	0.2861	-0.0067	0.0242	0.3108	0.021	0.3384	41.937	-4.357	60.632
10	0.1665	-0.1397	-0.0249	0.0848	0.024	-0.0059	-0.0172	0.0922	0.1491	-0.025	-0.1359	-0.0023	0.2481	0.2482	-0	0.3387	0.0364	-0.0178	0.4257	-0.0464	0.4217	28.572	29.325	81.047
11	0.1734	0.0038	-0.0889	0.3674	0.1217	0.1047	-0.0225	-0.0323	0.0047	0.0697	0.0183	0.0563	0.0797	0.1135	0	0.2989	0.0156	-0.0288	0.1509	-0.0314	0.321	37.61	27.035	83.293
12	0.0487	-0.0531	-0.0207	0.0037	0.0224	0.0644	-0.1442	-0.1867	0.14	0.3384	0.2375	0.1216	0.3711	0.233	-0	1.107	0	-0.0101	0.5909	0.159	0.521	31.12	9.224	78.485

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 136:256 )	A	136 - 256
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 257:422 )	A	257 - 422
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 1001:1059 )	A	1001 - 1059
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 1060:1160 )	A	1060 - 1160
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 136:256 )	B	136 - 256
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 257:315 )	B	257 - 315
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 316:361 )	B	316 - 361
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 362:398 )	B	362 - 398
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 399:422 )	B	399 - 422
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 1001:1033 )	B	1001 - 1033
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 1034:1099 )	B	1034 - 1099
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 1100:1160 )	B	1100 - 1160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)