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- PDB-5vet: PHOSPHOLIPASE A2, RE-REFINEMENT OF THE PDB STRUCTURE 1JQ8 WITHOUT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vet
タイトルPHOSPHOLIPASE A2, RE-REFINEMENT OF THE PDB STRUCTURE 1JQ8 WITHOUT THE PUTATIVE COMPLEXED OLIGOPEPTIDE
要素Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
キーワードHYDROLASE / PHOSPHOLIPASE A2 / RE-REFINEMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa / Basic phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
類似検索 - 構成要素
生物種Daboia russellii pulchella (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Minor, W. / Stanfield, R. / Porebski, P. / Jaskolski, M. / Pozharski, E. / Weichenberger, C.X. / Rupp, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2002
タイトル: Design of specific peptide inhibitors of phospholipase A2: structure of a complex formed between Russell's viper phospholipase A2 and a designed peptide Leu-Ala-Ile-Tyr-Ser (LAIYS).
著者: Chandra, V. / Jasti, J. / Kaur, P. / Dey, S. / Srinivasan, A. / Betzel, C.h. / Singh, T.P.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 0This entry reflects an alternative modeling of the original data in 1JQ8, determined by V.CHANDRA,J. ...This entry reflects an alternative modeling of the original data in 1JQ8, determined by V.CHANDRA,J.JASTI,P.KAUR,S.DEY,C.BETZEL,T.P.SINGH
Remark 200SEE THE ORIGINAL DATA, ENTRY 1JQ8
Remark 280SEE THE ORIGINAL DATA, ENTRY 1JQ8

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
B: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2602
ポリマ－27,2602
非ポリマー00
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: DIMER
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.825, 90.375, 77.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-239-

HOH

21B-265-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa


分子量: 13629.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii pulchella (ヘビ)
参照: UniProt: D0VX11, UniProt: P59071*PLUS, phospholipase A2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20MM SODIUM CACODYLATE, 1.4M AMMONIUM SULFATE, 4MM CALCIUM CHLORIDE, 3% DIOXANE, PH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.51 Å / Num. obs: 17841 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 12.4 % / Net I/σ(I): 43.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.846 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.166
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 861 4.8 %RANDOM
Rwork0.1551 ---
obs0.1585 17037 96.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.88 Å2 / Biso mean: 41.284 Å2 / Biso min: 18.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→19.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 0 268 2156
Biso mean---49.28 -
残基数----242
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7871.9662614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1915240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92523.90282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.1115348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7041510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211450
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.054 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 62 -
Rwork0.244 1138 -
all-1200 -
obs--88.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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