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- PDB-5vcb: Crystal structure of holo-(acyl-carrier-protein) synthase:holo(ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vcb
タイトルCrystal structure of holo-(acyl-carrier-protein) synthase:holo(acyl-carrier-protein) complex from Escherichia Coli.
要素
  • Acyl carrier protein
  • Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
キーワードTRANSFERASE / Hexamer Product Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / acyl binding / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / transferase activity / response to xenobiotic stimulus ...holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / acyl binding / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / transferase activity / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / magnesium ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily ...Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / Acyl carrier protein / Acyl carrier protein / Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli O45:K1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Marcella, A.M. / Barb, A.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)EEC-0813570 米国
Argonne National Laboratory's (Beam time)GUP-48455 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structure, High Affinity, and Negative Cooperativity of the Escherichia coli Holo-(Acyl Carrier Protein):Holo-(Acyl Carrier Protein) Synthase Complex.
著者: Marcella, A.M. / Culbertson, S.J. / Shogren-Knaak, M.A. / Barb, A.W.
履歴
登録2017年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
b: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
a: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
c: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
f: Acyl carrier protein
e: Acyl carrier protein
d: Acyl carrier protein
G: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
I: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
H: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
K: Acyl carrier protein
J: Acyl carrier protein
L: Acyl carrier protein
O: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
N: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
M: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
F: Acyl carrier protein
E: Acyl carrier protein
D: Acyl carrier protein
B: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
C: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
P: Acyl carrier protein
R: Acyl carrier protein
Q: Acyl carrier protein
T: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
S: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
U: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
X: Acyl carrier protein
W: Acyl carrier protein
V: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,66944
ポリマ－341,65230
非ポリマー5,01714
水00
1
b: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
a: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
c: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
f: Acyl carrier protein
e: Acyl carrier protein
d: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4059
ポリマ－68,3306
非ポリマー1,0753
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
I: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
H: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
K: Acyl carrier protein
J: Acyl carrier protein
L: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0478
ポリマ－68,3306
非ポリマー7172
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
O: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
N: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
M: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
P: Acyl carrier protein
R: Acyl carrier protein
Q: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4059
ポリマ－68,3306
非ポリマー1,0753
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: Acyl carrier protein
E: Acyl carrier protein
D: Acyl carrier protein
B: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
C: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4059
ポリマ－68,3306
非ポリマー1,0753
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
T: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
S: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
U: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
X: Acyl carrier protein
W: Acyl carrier protein
V: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4059
ポリマ－68,3306
非ポリマー1,0753
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)251.424, 251.424, 58.939
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
Holo-[acyl-carrier-protein] synthase / Holo-ACP synthase / 4'-phosphopantetheinyl transferase AcpS


分子量: 14074.297 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: acpS, dpj, b2563, JW2547 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P24224, holo-[acyl-carrier-protein] synthase
#2: タンパク質
Acyl carrier protein / ACP


分子量: 8702.512 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC) (大腸菌)
株: S88 / ExPEC / 遺伝子: acpP, ECS88_1108 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MJ81, UniProt: P0A6A8*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM Bis-Tris propane, pH 7.0 18-22% PEG 6k or 18-22% PEG 10k

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→49.308 Å / Num. obs: 28625 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.247 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル最高解像度: 4.1 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3890 / CC1/2: 0.251 / % possible all: 80.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VBX

5vbx


解像度: 4.1→49.308 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2968 1396 4.88 %
Rwork0.2782 --
obs0.2791 28625 96.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.1→49.308 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23247 0 111 0 23358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00423758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99632098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4128711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0643685
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054181
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.1003-4.24680.3765970.38342376X-RAY DIFFRACTION85
4.2468-4.41670.38051510.38882511X-RAY DIFFRACTION91
4.4167-4.61760.37441420.3842673X-RAY DIFFRACTION96
4.6176-4.86080.39021370.35692760X-RAY DIFFRACTION98
4.8608-5.16510.33531410.3342767X-RAY DIFFRACTION99
5.1651-5.56340.37891370.3392781X-RAY DIFFRACTION99
5.5634-6.12230.37671520.33872769X-RAY DIFFRACTION99
6.1223-7.00610.31541660.2932811X-RAY DIFFRACTION99
7.0061-8.81870.27621490.2412829X-RAY DIFFRACTION99
8.8187-49.31180.20011240.19652952X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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