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- PDB-5vc9: Zinc finger of human CXXC4 in complex with CpG DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vc9
タイトルZinc finger of human CXXC4 in complex with CpG DNA
要素
  • CXXC-type zinc finger protein 4
  • CpG DNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CXXC / DNA / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


zygotic specification of dorsal/ventral axis / Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / methyl-CpG binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / PDZ domain binding / Wnt signaling pathway / cytoplasmic vesicle / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXXC-type zinc finger protein CXXC4/CXXC5 / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CXXC-type zinc finger protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liu, K. / Xu, C. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: DNA Sequence Recognition of Human CXXC Domains and Their Structural Determinants.
著者: Xu, C. / Liu, K. / Lei, M. / Yang, A. / Li, Y. / Hughes, T.R. / Min, J.
履歴
登録2017年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CpG DNA
B: CpG DNA
C: CXXC-type zinc finger protein 4
D: CpG DNA
E: CpG DNA
F: CXXC-type zinc finger protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,13917
ポリマ－25,8776
非ポリマー26211
水54030
1
A: CpG DNA
B: CpG DNA
C: CXXC-type zinc finger protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0707
ポリマ－12,9393
非ポリマー1314
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7190 Å2
手法PISA
2
D: CpG DNA
E: CpG DNA
F: CXXC-type zinc finger protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,07010
ポリマ－12,9393
非ポリマー1317
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.983, 40.290, 57.760
Angle α, β, γ (deg.)70.980, 86.430, 67.830
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖
CpG DNA


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド CXXC-type zinc finger protein 4 / Inhibition of the Dvl and axin complex protein


分子量: 5611.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXXC4, IDAX / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9H2H0
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG-1500, 5% MPD, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→27.24 Å / Num. obs: 13389 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 28017 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.161.80.597187410570.6530.5590.821.392.6
8.91-27.242.10.053461640.9920.0420.0663288.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished model of related protein-DNA complex

解像度: 2.1→27.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 13.841 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.196
詳細: coot was used for interactive model building. Model geometry was assessed with phenix.molprobity.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2481 750 5.6 %thin resolution shells (sftools)
Rwork0.211 ---
obs0.2132 12637 97.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.52 Å2 / Biso mean: 45.818 Å2 / Biso min: 14.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.36 Å20.7 Å2-0.78 Å2
2---1.17 Å20.4 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→27.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数668 972 11 30 1681
Biso mean--39.77 32.8 -
残基数----138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0141790
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021206
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5541.4562602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4743.0112790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.769592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.97219.625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.36715134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.251511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02394
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7813.003367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7833.001365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4894.488455
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 36 -
Rwork0.301 903 -
all-939 -
obs--92.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9792.4752-1.3274.52820.29361.79080.3049-0.3141-0.13590.8907-0.42210.1779-0.0913-0.15640.11720.2808-0.04880.0080.10160.02020.1448-0.6601-0.47166.9319
22.04421.384-0.43717.24350.37482.53770.0707-0.1488-0.15260.0904-0.1255-0.04630.1473-0.07580.05480.1163-0.06490.0030.15130.0390.11210.3908-0.8385.8869
34.0198-0.5037-0.22043.54950.75817.54130.24320.3657-0.2139-0.0952-0.1483-0.08040.32720.0167-0.09490.03710.0235-0.00480.06650.00810.08011.20480.138-6.9295
43.8986-3.0752.00276.1102-0.88311.23930.13370.2436-0.0952-0.4505-0.16220.28830.04390.06550.02860.19060.04660.06990.1127-0.00180.1053-3.99819.6941-29.8204
52.2442-2.69040.56486.8196-0.10552.01910.09450.17850.0805-0.15-0.05590.041-0.1827-0.0559-0.03860.12780.0350.03440.14270.03240.1051-2.856619.9392-28.8634
63.5640.86360.1113.32050.70367.19390.2631-0.24890.39410.0611-0.0846-0.0029-0.41110.0089-0.17840.06440.01160.06370.06650.01390.1031-2.243919.0941-15.8201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3C134 - 1002
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6F134 - 1002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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