PDB-5v46: Crystal structure of the I113M, F270M, K291M, L308M mutant of SR1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v46

タイトル

Crystal structure of the I113M, F270M, K291M, L308M mutant of SR1 domain of human sacsin

要素

Sacsin

キーワード

CHAPERONE / alpha-beta sandwich / Bergerat fold

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of inclusion body assembly / cell body fiber / proteasome binding / Hsp70 protein binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / axon / dendrite / mitochondrion / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Menade, M. / Kozlov, G. / Gehring, K.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structures of ubiquitin-like (Ubl) and Hsp90-like domains of sacsin provide insight into pathological mutations.
著者: Menade, M. / Kozlov, G. / Trempe, J.F. / Pande, H. / Shenker, S. / Wickremasinghe, S. / Li, X. / Hojjat, H. / Dicaire, M.J. / Brais, B. / McPherson, P.S. / Wong, M.J.H. / Young, J.C. / Gehring, K.

履歴

登録	2017年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v46.cif.gz	210 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v46.ent.gz	170.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v46	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v44C 5v45SC 5v47C 5vsxC 5vszC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3som-10 3som-11 6t8v-2 2vwl-d 2xad-4 3som-14 5tiy-d 2cir-d 1eiq-d 1k27-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (3) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sacsin

B: Sacsin

57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sacsin

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sacsin

登録者が定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.753, 70.753, 100.848
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Sacsin / DnaJ homolog subfamily C member 29 / DNAJC29 分子量: 28846.482 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 89-336 / 変異: I113M,F270M,K291M,L308M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SACS, KIAA0730 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9NZJ4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Sacsin / DnaJ homolog subfamily C member 29 / DNAJC29

分子量: 28846.482 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 89-336 / 変異: I113M,F270M,K291M,L308M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SACS, KIAA0730 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9NZJ4

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 28% PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 43323 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.2 % / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 47
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 15 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / R_sym value: 0.592 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0069	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5V45

5v45

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 5.532 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.131

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	2299	5 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.2	43323	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3940	0	0	203	4143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	4052
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.344	1.967	5490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	583
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.604	1.042	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.963	1.558	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.105	1.199	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.782	11.319	5141
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	176	-
R_work	0.218	3155	-
obs	-	-	99.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4284	-2.3079	-2.7557	1.119	0.7725	2.618	0.1996	0.1453	0.6904	-0.1094	-0.0418	-0.3714	0.0256	-0.0761	-0.1578	0.0636	0.0162	0.0201	0.0819	-0.0312	0.164	42.0676	28.8622	82.6047
2	6.6752	6.4002	6.4616	7.0414	3.9228	11.9874	0.3477	-0.2192	-0.0796	0.4813	-0.3841	-0.1514	-0.0568	0.2153	0.0365	0.2278	0.0206	0.0166	0.2602	-0.089	0.3217	31.9038	21.7638	94.7055
3	0.6595	-0.0562	-0.4747	1.0723	0.1051	1.1518	-0.0167	-0.0181	0.0202	-0.0186	-0.0014	0.0706	-0.0104	-0.0488	0.0181	0.0109	-0.0002	0.0017	0.0411	-0.0093	0.0706	24.095	18.3617	79.1692
4	1.8185	-0.1324	1.618	0.0108	-0.1116	1.4802	-0.4292	-0.1533	0.5194	0.004	0.0047	-0.0545	-0.5709	-0.1767	0.4244	0.9901	0.2218	-0.0237	0.0798	0.0517	0.819	32.0683	45.8386	84.0613
5	0.9871	0.1578	-0.4573	0.9629	0.2901	0.9661	-0.0038	0.045	0.1084	-0.0435	0.0129	-0.0183	-0.1142	-0.0234	-0.0091	0.0323	-0.0094	0.0108	0.0381	-0.003	0.0676	28.7192	26.1873	77.2329
6	1.2824	-0.1705	-0.0742	1.2916	-0.3902	1.1528	-0.0353	-0.034	-0.044	-0.0574	0.0473	0.0115	0.0857	-0.0958	-0.012	0.0492	-0.0053	0.0164	0.0634	-0.0243	0.0708	25.9292	14.0948	75.9139
7	2.3591	-1.447	-1.6003	1.4063	1.9824	3.7472	-0.1517	-0.1369	-0.137	0.2459	0.0319	0.1038	0.3624	-0.1218	0.1198	0.0754	-0.0002	0.0517	0.0314	0.0101	0.0796	18.9837	7.9507	91.6654
8	10.3044	-2.0681	4.0811	5.9385	0.0998	8.7742	-0.0244	0.2185	0.2998	-0.1067	0.0831	-0.1738	-0.0671	0.2376	-0.0587	0.0742	0.0052	0.0426	0.0249	0.0273	0.0989	64.9789	2.3524	75.7196
9	1.1436	-0.0618	-0.0923	0.7151	0.2718	1.0766	0.0821	-0.0254	-0.0743	-0.0758	-0.0742	-0.0329	0.0873	0.0088	-0.0079	0.064	-0.0004	0.0131	0.013	-0.0003	0.0565	52.9655	-9.479	83.582
10	0.2925	-0.1166	1.777	0.0467	-0.7119	10.9072	-0.0985	0.1725	0.0445	0.0416	-0.0766	-0.0205	-0.5335	1.2744	0.1751	0.3006	-0.0001	-0.1718	0.5943	-0.1498	0.6644	80.7266	-1.9925	79.4728
11	1.4274	0.1084	-0.4324	0.7686	0.2999	1.2732	0.095	-0.176	0.0008	0.0685	-0.0587	-0.0564	0.0806	0.1219	-0.0363	0.0672	-0.0172	0.0055	0.0364	0.0097	0.044	60.3201	-7.6272	89.1079
12	1.404	-0.0464	0.2013	1.4174	-0.0421	1.0716	0.0786	-0.1378	0.0118	0.0557	-0.0508	0.0247	0.1165	-0.0821	-0.0278	0.0534	-0.0236	0.027	0.0391	-0.0137	0.0659	48.4811	-6.9211	87.8367
13	4.0234	-5.4601	-4.9197	10.7987	6.8192	6.0338	0.0168	0.4279	-0.0472	-0.3502	-0.1001	-0.1238	0.0121	-0.4974	0.0833	0.2862	0.0125	0.0271	0.1658	-0.0353	0.1314	45.3473	-11.4147	65.5792
14	4.118	-2.5662	-3.7323	4.3431	2.5324	5.1732	0.1031	0.167	-0.3954	-0.1744	-0.1033	0.5109	0.2233	-0.3711	0.0002	0.0974	-0.0438	-0.0744	0.071	-0.0026	0.1766	39.36	-14.0394	76.4847

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	84 - 105
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	106 - 113
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	114 - 177
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	178 - 184
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	185 - 231
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	232 - 300
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	301 - 336
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	93 - 107
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	108 - 177
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	178 - 184
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	185 - 241
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	242 - 294
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	295 - 310
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	311 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)