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- PDB-5v2q: CaV beta2a subunit: CaV1.2 AID-CEN complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v2q
タイトルCaV beta2a subunit: CaV1.2 AID-CEN complex
要素
  • Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
  • Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2,Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion channel / signaling / calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / Phase 0 - rapid depolarisation / Phase 2 - plateau phase / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / Regulation of insulin secretion / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / immune system development / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity ...voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / Phase 0 - rapid depolarisation / Phase 2 - plateau phase / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / Regulation of insulin secretion / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / immune system development / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / Phase 2 - plateau phase / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of muscle contraction / membrane depolarization during AV node cell action potential / positive regulation of adenylate cyclase activity / high voltage-gated calcium channel activity / cardiac conduction / L-type voltage-gated calcium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / photoreceptor ribbon synapse / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / positive regulation of calcium ion transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / camera-type eye development / NCAM1 interactions / calcium ion transport into cytosol / embryonic forelimb morphogenesis / calcium ion import / voltage-gated calcium channel complex / neuromuscular junction development / calcium ion import across plasma membrane / Phase 0 - rapid depolarisation / alpha-actinin binding / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium channel regulator activity / voltage-gated calcium channel activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / visual perception / protein localization to plasma membrane / Regulation of insulin secretion / phosphoprotein binding / calcium ion transmembrane transport / postsynaptic density membrane / Z disc / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / calcium ion transport / actin filament binding / heart development / presynapse / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic density / calmodulin binding / protein domain specific binding / dendrite / protein kinase binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / : / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3 Domains / Voltage-dependent channel domain superfamily / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ion transport domain / Ion transport protein / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-bis(bromomethyl)benzene / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Findeisen, F. / Campiglio, M. / Jo, H. / Rumpf, C.H. / Pope, L. / Flucher, B. / Degrado, W.F. / Minor, D.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01-HL080050 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM54616 米国
引用ジャーナル: ACS Chem Neurosci / 年: 2017
タイトル: Stapled Voltage-Gated Calcium Channel (CaV) alpha-Interaction Domain (AID) Peptides Act As Selective Protein-Protein Interaction Inhibitors of CaV Function.
著者: Findeisen, F. / Campiglio, M. / Jo, H. / Abderemane-Ali, F. / Rumpf, C.H. / Pope, L. / Rossen, N.D. / Flucher, B.E. / DeGrado, W.F. / Minor, D.L.
履歴
登録2017年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2,Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
B: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5404
ポリマ－41,2412
非ポリマー2992
水8,233457
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.975, 61.920, 129.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2,Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2 / CAB2 / Calcium channel voltage-dependent subunit beta 2


分子量: 39099.562 Da / 分子数: 1 / 断片: beta2a subunit (UNP residues 68-189,203-425) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cacnb2, Cacnlb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VGC3
#2: タンパク質・ペプチド Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C / Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 1 / cardiac muscle / Voltage-gated calcium ...Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 1 / cardiac muscle / Voltage-gated calcium channel subunit alpha Cav1.2


分子量: 2141.377 Da / 分子数: 1 / 断片: AID-CEN (UNP residues 427-445) / Mutation: K427A, Q428S, Q429P, K435C, D439C / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13936
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-8VY / 1,3-bis(bromomethyl)benzene / alpha,alpha'-dibromo-m-xylene / 1,3-ビス(ブロモメチル)ベンゼン


分子量: 263.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8Br2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.5-1.7 M ammonium sulfate, 5 mM BME, 0.1 M HEPES, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月14日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal Khozu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→61.92 Å / Num. obs: 43025 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.249 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique all: 3345 / % possible all: 47.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
iMOSFLM7.0.4データ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1T3S

1t3s


解像度: 1.7→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 2178 5.1 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.156 40696 86.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2480 0 9 457 2946
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0192596
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.91.9693524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.3493.0015856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0485324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.73624.454119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.0215459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4361518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0220.02574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5262.2271273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5212.2251272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7153.3071586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7153.3081587
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0342.6461323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0332.6461324
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4073.771933
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.43720.2023273
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.05718.7853033
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 75 -
Rwork0.353 1411 -
obs--41.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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