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- PDB-1t3s: Structural Analysis of the Voltage-Dependent Calcium Channel Beta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t3s
タイトルStructural Analysis of the Voltage-Dependent Calcium Channel Beta Subunit Functional Core
要素Dihydropyridine-sensitive L-type, calcium channel beta-2 subunit
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SH3 DOMAIN / GUANYLATE KINASE DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / high voltage-gated calcium channel activity / photoreceptor ribbon synapse / L-type voltage-gated calcium channel complex / positive regulation of calcium ion transport / calcium ion import / regulation of heart rate by cardiac conduction / visual perception ...voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / high voltage-gated calcium channel activity / photoreceptor ribbon synapse / L-type voltage-gated calcium channel complex / positive regulation of calcium ion transport / calcium ion import / regulation of heart rate by cardiac conduction / visual perception / actin filament binding / presynapse / chemical synaptic transmission
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3 Domains / Src homology 3 domains ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3 Domains / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Opatowsky, Y. / Chen, C.-C. / Campbell, K.P. / Hirsch, J.A.
引用
ジャーナル: Neuron / 年: 2004
タイトル: Structural analysis of the voltage-dependent calcium channel beta subunit functional core and its complex with the alpha 1 interaction domain.
著者: Opatowsky, Y. / Chen, C.C. / Campbell, K.P. / Hirsch, J.A.
#1: ジャーナル: To be published
タイトル: Expression, Purification and Crystallization of a Functional Core of the Voltage-Dependent Calcium Channel Beta Subunit
著者: Opatowsky, Y. / Chomsky-Hecht, O. / Hirsch, J.A.
履歴
登録2004年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年2月12日Group: Database references
改定 1.42017年8月23日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.72024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS FROM SWISSPROT P54288, ISOFORM 2A. RESIDUES 138-141 IN THE ...SEQUENCE THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS FROM SWISSPROT P54288, ISOFORM 2A. RESIDUES 138-141 IN THE COORDINATES WERE INTRODUCED INTO THE PROTEIN. THEY REPLACE RESIDUES 138-202 FROM THE NATIVE SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropyridine-sensitive L-type, calcium channel beta-2 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5422
ポリマ－38,3411
非ポリマー2011
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.066, 163.841, 34.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Dihydropyridine-sensitive L-type, calcium channel beta-2 subunit / Voltage-Dependent Calcium Channel Beta-2 Subunit / CAB2


分子量: 38340.953 Da / 分子数: 1 / 断片: Functional Core (Residues 25-422) / 変異: P122R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CACNB2, CACNLB2 / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54288
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG 20K, BICINE, SODIUM CHLORIDE, BETA-MERCAPTOETHANOL, MPD, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9333 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 18271 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル最高解像度: 2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: model built from earlier MAD data

解像度: 2.3→81.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27728 935 5.1 %RANDOM
Rwork0.26147 ---
obs0.26222 17294 92.79 %-
all-18229 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.757 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.86 Å20 Å20 Å2
2--5.23 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→81.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2282 0 1 87 2370
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212327
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5361.9523159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.50634994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.2135291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3020.22542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1090.21174
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.278
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2670.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0390.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5591.51476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.70522377
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3233851
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4924.5782
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.343 70
Rwork0.377 1168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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