PDB-2x82: Evolutionary basis of HIV restriction by the antiretroviral TRIMCyp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x82

タイトル

Evolutionary basis of HIV restriction by the antiretroviral TRIMCyp

要素

CAPSID PROTEIN P24

キーワード

VIRAL PROTEIN / TRIM / RESTRICTION FACTOR IMMUNITY

機能・相同性

Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 2 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 / OTHER / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Price, A.J. / James, L.C.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2010
タイトル: Conformational Adaptation of Asian Macaque Trimcyp Directs Lineage Specific Antiviral Activity.
著者: Ylinen, L.M. / Price, A.J. / Rasaiyaah, J. / Hue, S. / Rose, N.J. / Marzetta, F. / James, L.C. / Towers, G.J.

履歴

登録	2010年3月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x82.cif.gz	247.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x82.ent.gz	205.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x82_validation.pdf.gz	453.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x82_full_validation.pdf.gz	467 KB	表示
XML形式データ	2x82_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	2x82_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/2x82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/2x82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2x83C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wlv-d 7llz-2 2h1c-2 7lbr-2 7cmd-4 1t3s-d 7lbs-1 7oft-d 7los-1 7jrn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CAPSID PROTEIN P24

B: CAPSID PROTEIN P24

C: CAPSID PROTEIN P24

D: CAPSID PROTEIN P24

65.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CAPSID PROTEIN P24

B: CAPSID PROTEIN P24

ソフトウェアが定義した集合体
32.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CAPSID PROTEIN P24

D: CAPSID PROTEIN P24

ソフトウェアが定義した集合体
32.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.470, 116.770, 129.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CAPSID PROTEIN P24 / CA 分子量: 16287.562 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 136-280 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 2 (ISOLATE D194) (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 22894 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 34.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.6

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.6→86.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.859 / SU B: 32.425 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.586 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27982	1110	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21547	-	-	-
obs	0.21869	20611	94.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.087 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→86.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4576	0	0	56	4632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	5092
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.536	1.939	6988
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.589	5	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.426	24.091	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.949	15	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.538	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	728
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4100
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.546	1.5	3104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.063	2	5100
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.727	3	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.901	4.5	1876
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	76	-
R_work	0.281	1563	-
obs	-	-	98.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4481	-0.4668	0.2228	1.7192	-0.5432	1.3771	0.0447	0.0118	0.0402	-0.0284	-0.027	0.0549	0.0515	-0.0594	-0.0177	0.0112	-0.0015	0.01	0.0964	0.0241	0.1358	2.0843	21.6527	4.4224
2	1.4817	-0.0913	0.0374	1.5357	-0.6698	2.5337	-0.0195	-0.0567	0.0658	0.217	0.0022	-0.0916	-0.2078	0.035	0.0173	0.1157	-0.0164	0.0073	0.0064	0.0025	0.1213	4.5648	12.6838	36.8939
3	0.5653	-0.4134	-0.0389	1.5721	-0.6179	3.4987	0.1036	-0.0745	-0.0083	-0.0583	-0.1099	0.1482	0.2026	-0.5714	0.0063	0.0683	-0.1169	-0.0204	0.264	-0.001	0.0601	20.2691	-12.5446	33.5219
4	0.8131	0.579	-0.3924	1.335	0.7966	3.6183	0.0049	-0.0347	-0.0881	-0.0025	0.0297	-0.0975	0.5258	0.3134	-0.0346	0.2197	0.1234	-0.0154	0.0803	0.0007	0.0897	24.0971	-13.0961	0.0134

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 146
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 146

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)