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- PDB-5v2d: Crystal structure of Pseudomonas brassicacearum lignostilbene dio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v2d
タイトルCrystal structure of Pseudomonas brassicacearum lignostilbene dioxygenase
要素Dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenase / ligonostilbene / carotenoids
機能・相同性酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / metal ion binding / : / Dioxygenase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas brassicacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Loewen, P.C. / Loewen, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)D9600 カナダ
引用ジャーナル: BMC Biochem. / 年: 2018
タイトル: Structure and function of a lignostilbene-alpha , beta-dioxygenase orthologue from Pseudomonas brassicacearum.
著者: Loewen, P.C. / Switala, J. / Wells, J.P. / Huang, F. / Zara, A.T. / Allingham, J.S. / Loewen, M.C.
履歴
登録2017年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dioxygenase
B: Dioxygenase
C: Dioxygenase
D: Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,5118
ポリマ－224,2884
非ポリマー2234
水19,3841076
1
A: Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1282
ポリマ－56,0721
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1282
ポリマ－56,0721
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1282
ポリマ－56,0721
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1282
ポリマ－56,0721
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.397, 104.673, 104.709
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROAA-1 - 48019 - 500
21PROPROBB-1 - 48019 - 500
12PROPROAA2 - 48022 - 500
22PROPROCC2 - 48022 - 500
13PROPROAA2 - 48022 - 500
23PROPRODD2 - 48022 - 500
14PROPROBB2 - 48022 - 500
24PROPROCC2 - 48022 - 500
15PROPROBB2 - 48022 - 500
25PROPRODD2 - 48022 - 500
16GLYGLYCC2 - 48122 - 501
26GLYGLYDD2 - 48122 - 501

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Dioxygenase


分子量: 56071.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas brassicacearum (バクテリア)
遺伝子: CD58_10895 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: W8QAY8
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1076 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 % / Mosaicity: 0.24 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 24% PEG 3350, Bis-Tris 100 mM

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→104.343 Å / Num. all: 161021 / Num. obs: 161021 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.1 % / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.056 / Rsym value: 0.046 / Net I/av σ(I): 14.1 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 495497
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-230.4951.571989236800.3410.6030.4952.599.8
2-2.1230.3072.568095223540.2110.3740.307499.7
2.12-2.273.10.2033.764130209840.1380.2460.203699.5
2.27-2.453.10.1365.559805194990.0930.1650.1368.699.4
2.45-2.693.10.0918.255273180000.0620.1110.09112.399.3
2.69-33.10.05513.549879161680.0370.0670.05519.199
3-3.473.10.0322244111141770.0210.0380.0323098.3
3.47-4.253.10.02229.937252118850.0150.0270.02241.597.4
4.25-6.013.20.01835.22906791950.0120.0220.01847.997
6.01-48.033.10.01827.91589650790.0120.0220.01850.396.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 2BIW

2biw


解像度: 1.9→48.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.1781 / WRfactor Rwork: 0.1487 / FOM work R set: 0.8522 / SU B: 6.793 / SU ML: 0.097 / SU R Cruickshank DPI: 0.1359 / SU Rfree: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1934 8106 5 %RANDOM
Rwork0.1613 ---
obs0.1629 152884 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.21 Å2 / Biso mean: 34.147 Å2 / Biso min: 17.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.33 Å20 Å20.64 Å2
2--1.06 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→48.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15281 0 4 1076 16361
Biso mean--22.14 36.57 -
残基数----1931
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.01915866
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0291.95521623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.119332775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.06751945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.11123.543796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.527152343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.04415113
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.22245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02118002
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023487
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A319780.06
12B319780.06
21A317400.06
22C317400.06
31A318700.05
32D318700.05
41B318480.06
42C318480.06
51B318520.05
52D318520.05
61C316780.05
62D316780.05
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 622 -
Rwork0.264 11383 -
all-12005 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5165-0.3925-0.02530.35750.15040.3818-0.08060.04080.05550.0968-0.0297-0.01510.0585-0.05420.11030.0380.0042-0.00650.038-0.0170.0577-0.3343-0.992551.0106
20.2077-0.1919-0.13470.21790.18990.49750.05410.02310.0317-0.024-0.0177-0.04750.0233-0.1154-0.03650.03230.00790.00290.06590.02290.03817.3476-19.07989.8774
30.2419-0.12670.3070.1469-0.1131.33930.01620.031-0.15210.01330.09780.0931-0.33860.272-0.11410.1362-0.0473-0.02110.16170.00810.1015-49.386815.551443.8589
40.1459-0.14170.10120.4347-0.16410.3453-0.01880.0618-0.00210.03940.00710.02230.0372-0.02110.01170.0369-0.02330.00580.05480.00040.027731.7732-67.5062.6679
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-6 - 500
2X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 500
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 500
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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