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万見
- PDB-2hzh: Crystal structure of laccase from Coriolus zonatus at 2.6 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hzh
タイトルCrystal structure of laccase from Coriolus zonatus at 2.6 A resolution
要素laccase
キーワードOXIDOREDUCTASE / blue multi-copper enzyme / laccase from Coriolus zonatus / purification / crystals / X-ray analyses
機能・相同性
機能・相同性情報


lignin catabolic process / hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins ...Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / alpha-D-mannopyranose / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / laccase
類似検索 - 構成要素
生物種Trametes ochracea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lyashenko, A.V. / Mikhailov, A.M.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of laccase from Coriolus zonatus at 2.6 A resolution
著者: Lyashenko, A.V. / Zhukhlistova, N.E. / Gabdoulkhakov, A.G. / Zhukova, Y.N. / Voelter, W. / Zaitsev, V.N. / Bento, I. / Stepanova, E.V. / Kachalova, G.S. / Koroleva, O.V. / Betzel, C. / ...著者: Lyashenko, A.V. / Zhukhlistova, N.E. / Gabdoulkhakov, A.G. / Zhukova, Y.N. / Voelter, W. / Zaitsev, V.N. / Bento, I. / Stepanova, E.V. / Kachalova, G.S. / Koroleva, O.V. / Betzel, C. / Lindley, P.F. / Mikhailov, A.M. / Tishkov, V.I. / Morgunova, E.Y.
履歴
登録2006年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22016年2月17日Group: Derived calculations
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE A UNP REFERENCE SEQUENCE FOR THE PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,12210
ポリマ－52,8031
非ポリマー1,3199
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.930, 168.930, 69.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
詳細The biological assembly is a monomer in the asymmetric unit

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 laccase


分子量: 52802.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trametes ochracea (菌類) / 参照: UniProt: Q8TG94*PLUS

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糖 , 3種, 5分子

#2: 糖 ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 120分子

#5: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: The crystallizing solution (volume 6 ml) contained the protein at a concentration of 8 mg/ml in 50 mM sodium citrate, 0.1 M ammonium sulfate, and 12.5% (w/v) PEG 4000 in 0.05M sodium acetate ...詳細: The crystallizing solution (volume 6 ml) contained the protein at a concentration of 8 mg/ml in 50 mM sodium citrate, 0.1 M ammonium sulfate, and 12.5% (w/v) PEG 4000 in 0.05M sodium acetate buffer at pH 4.6., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月6日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→145.86 Å / Num. obs: 35011 / % possible obs: 0.9507 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.02 %
反射 シェル解像度: 2.6→2.62 Å / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→145.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 7.652 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23792 1691 5 %RANDOM
Rwork0.21135 ---
all0.21272 ---
obs0.21272 31805 95.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.797 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å2-0.33 Å20 Å2
2---0.66 Å20 Å2
3---0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→145.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3735 0 73 116 3924
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.171.9385382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2325498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.33724.914175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.69115496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7991512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.22638
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0840.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3781.52545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.68424024
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.73931547
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1624.51358
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 116 -
Rwork0.309 2289 -
obs--93.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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