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Yorodumi- PDB-5v2d: Crystal structure of Pseudomonas brassicacearum lignostilbene dio... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v2d | ||||||
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Title | Crystal structure of Pseudomonas brassicacearum lignostilbene dioxygenase | ||||||
Components | Dioxygenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / dioxygenase / ligonostilbene / carotenoids | ||||||
Function / homology | Oxidoreductases; Acting on single donors with incorporation of molecular oxygen (oxygenases); With incorporation of two atoms of oxygen / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / metal ion binding / : / Dioxygenase Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas brassicacearum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Loewen, P.C. / Loewen, M. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: BMC Biochem. / Year: 2018 Title: Structure and function of a lignostilbene-alpha , beta-dioxygenase orthologue from Pseudomonas brassicacearum. Authors: Loewen, P.C. / Switala, J. / Wells, J.P. / Huang, F. / Zara, A.T. / Allingham, J.S. / Loewen, M.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5v2d.cif.gz | 769.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5v2d.ent.gz | 635 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5v2d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5v2d_validation.pdf.gz | 451.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5v2d_full_validation.pdf.gz | 469.4 KB | Display | |
Data in XML | 5v2d_validation.xml.gz | 75.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5v2d_validation.cif.gz | 109.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/5v2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/5v2d | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2biwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 56071.988 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas brassicacearum (bacteria) / Gene: CD58_10895 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: W8QAY8 #2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.94 % / Mosaicity: 0.24 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 24% PEG 3350, Bis-Tris 100 mM |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 16, 2016 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→104.343 Å / Num. all: 161021 / Num. obs: 161021 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.1 % / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.056 / Rsym value: 0.046 / Net I/av σ(I): 14.1 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 495497 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDBID 2BIW Resolution: 1.9→48.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.1781 / WRfactor Rwork: 0.1487 / FOM work R set: 0.8522 / SU B: 6.793 / SU ML: 0.097 / SU R Cruickshank DPI: 0.1359 / SU Rfree: 0.123 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.123 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: MOLECULAR REPLACEMENT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 133.21 Å2 / Biso mean: 34.147 Å2 / Biso min: 17.29 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→48.03 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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