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- PDB-5uww: Crystal Structure of DEAF1 Peptide in complex with CRM1 K579A mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uww
タイトルCrystal Structure of DEAF1 Peptide in complex with CRM1 K579A mutant-Ran-RanBP1
要素
  • Deformed epidermal autoregulatory factor 1 homolog
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / HEAT repeat / NES / nuclear export / Karyopherin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / positive regulation of mitotic centrosome separation / embryonic skeletal system development / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response ...regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / positive regulation of mitotic centrosome separation / embryonic skeletal system development / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / manchette / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / spindle pole body / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / nuclear export / Nuclear import of Rev protein / GTP metabolic process / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nuclear import signal receptor activity / DNA metabolic process / dynein intermediate chain binding / NLS-bearing protein import into nucleus / MAPK6/MAPK4 signaling / germ cell development / mitotic sister chromatid segregation / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / sperm flagellum / U5 snRNA binding / anatomical structure morphogenesis / ribosomal small subunit export from nucleus / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / mRNA export from nucleus / ribosomal subunit export from nucleus / nuclear pore / U1 snRNA binding / centriole / protein export from nucleus / viral process / GTPase activator activity / mitotic spindle organization / G protein activity / male germ cell nucleus / neural tube closure / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / recycling endosome / kinetochore / fibrillar center / small GTPase binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of protein import into nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / positive regulation of protein binding / nuclear envelope / mitotic cell cycle / midbody / actin cytoskeleton organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / GTP binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, C-terminal / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / CRM1 C terminal / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal ...Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, C-terminal / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / CRM1 C terminal / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / MYND finger / SAND-like domain superfamily / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / small GTPase Ran family profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Deformed epidermal autoregulatory factor 1 homolog / Exportin-1 / Ran-specific GTPase-activating protein 1 / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.152 Å
データ登録者Fung, H.Y.J. / Chook, Y.M.
資金援助 米国, 香港, 7件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)International Student Research Fellowship 米国
Croucher FoundationPredoc Research Scholarship 香港
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069909 米国
Leukemia & Lymphoma SocietyScholar Award 米国
Welch FoundationI-1532 米国
University of Texas Southwestern Medical CenterEndowed Scholars Program 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP120352, RP150053 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Nuclear export receptor CRM1 recognizes diverse conformations in nuclear export signals.
著者: Fung, H.Y. / Fu, S.C. / Chook, Y.M.
履歴
登録2017年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Exportin-1
D: Deformed epidermal autoregulatory factor 1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,8449
ポリマ－163,0224
非ポリマー8235
水12,971720
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11190 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area57520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.043, 106.043, 304.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1704-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 26758.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Chromosome stability protein 20 / Perinuclear array-localized protein / Ran-binding protein 1 / RANBP1


分子量: 16521.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / プラスミド: pGEX-4T3-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 117400.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / プラスミド: pGex-4T3-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30822

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド Deformed epidermal autoregulatory factor 1 homolog


分子量: 2340.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEAF1 / プラスミド: pMal-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75398*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 725分子

#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 720 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 16% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.4, 200 mM ammonium nitrate, 16 mM HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 95096 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 32.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4653 / CC1/2: 0.526 / Rpim(I) all: 0.543 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.152→40.241 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 2000 2.28 %
Rwork0.1856 --
obs0.1865 87729 92.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.152→40.241 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10929 0 18 720 11667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51515353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9446887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031958
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1516-2.20540.352450.25861957X-RAY DIFFRACTION30
2.2054-2.2650.2851010.24114304X-RAY DIFFRACTION66
2.265-2.33160.25311460.22326275X-RAY DIFFRACTION96
2.3316-2.40690.25151530.21466509X-RAY DIFFRACTION99
2.4069-2.49290.24121510.20446525X-RAY DIFFRACTION100
2.4929-2.59270.25641540.1996575X-RAY DIFFRACTION100
2.5927-2.71070.23511520.19776552X-RAY DIFFRACTION100
2.7107-2.85350.23481540.19246596X-RAY DIFFRACTION100
2.8535-3.03230.25131540.1946598X-RAY DIFFRACTION100
3.0323-3.26630.2041550.19266618X-RAY DIFFRACTION100
3.2663-3.59480.22611540.17796654X-RAY DIFFRACTION100
3.5948-4.11450.19731570.1616697X-RAY DIFFRACTION100
4.1145-5.18210.18781580.14746775X-RAY DIFFRACTION100
5.1821-40.24820.23381660.19117094X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0280.0271-0.01020.0232-0.00920.0010.0590.014-0.02-0.01140.0242-0.1587-0.11330.11410.11480.0447-0.1870.070.1593-0.14020.30939.096348.415833.0789
20.0481-0.03130.01540.0207-0.01160.0072-0.0176-0.0217-0.02180.0157-0.0115-0.13360.0160.089-0.0695-0.02910.0168-0.03280.1835-0.08590.3258.027337.042337.1236
30.03170.0234-0.01970.029-0.0070.0124-0.03320.0169-0.0533-0.02950.0046-0.03230.0208-0.0155-0.0859-0.0354-0.0111-0.09280.1178-0.06490.2046-3.374538.39136.8091
40.0117-0.0245-0.02050.05840.05120.0450.0335-0.0097-0.0045-0.08980.00630.0225-0.0213-0.0524-0.0010.084-0.0082-0.01080.1565-0.02960.1231-7.015646.32237.6601
50.0203-0.01110.01150.0536-0.03110.02040.03110.07030.0505-0.02320.1089-0.026-0.1320.09560.01960.2323-0.11710.04550.1911-0.05020.16526.810962.373837.8827
60.0037-0.0064-0.00190.0122-0.00080.0024-0.00930.0253-0.0045-0.01110.02040.0224-0.0070.0600.3885-0.13230.14410.4348-0.05650.479810.664160.03467.5532
70.00820.01180.00050.0120.00030.00290.0313-0.01690.00540.02550.00980.0289-0.00010.007300.869-0.13480.00510.8059-0.03640.77732.438782.266550.1062
80.0060.0024-0.00680.0029-0.0080.04680.0024-0.0053-0.01380.0294-0.0378-0.0165-0.13150.1071-0.04790.5331-0.27560.22610.2347-0.03310.4267.202868.289921.5171
90.0050.00060.00840.00220.00630.02380.00420.01130.0582-0.0686-0.0068-0.0428-0.240.16940.00350.507-0.2550.18080.2341-0.02270.38787.797970.689212.462
100.0650.04060.00060.59730.24350.3442-0.0151-0.1769-0.16940.53160.259-0.86650.2060.6130.7044-0.08830.267-0.30060.19720.04790.37788.115925.419153.5275
110.3303-0.0031-0.11190.32280.1350.48390.11340.03840.08040.06660.0196-0.0069-0.2269-0.23270.57510.12480.00980.00510.2022-0.04170.0368-25.966154.216847.8721
120.1875-0.1040.06370.20910.04490.183-0.0537-0.01320.1124-0.06680.19660.0335-0.4724-0.30670.39160.23150.20110.1490.37760.03770.1045-26.288755.46054.3213
130.3728-0.20830.12610.1474-0.17790.3060.09240.0893-0.2567-0.08020.0610.18150.08140.04530.10070.1610.01480.01110.1845-0.05110.2369-8.84117.190414.5091
140.0001-0.00010.00020.0004-00.0004-0.00350.00280.0085-0.00860.0010.00540.00220.0066-00.95360.13960.01190.89630.02130.8963-38.978676.164826.8193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 91 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 132 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 133 through 158 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 159 through 190 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 191 through 216 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 64 through 82 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 83 through 139 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 140 through 201 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 0 through 268 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 269 through 569 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 570 through 808 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 809 through 1052 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 459 through 464 )

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万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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