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- PDB-5uwt: Crystal Structure of Hxk2 Peptide in complex with CRM1 K579A muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uwt
タイトルCrystal Structure of Hxk2 Peptide in complex with CRM1 K579A mutant-Ran-RanBP1
要素
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Hexokinase-2
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / HEAT repeat / NES / nuclear export / Karyopherin
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Synthesis of GDP-mannose / regulation of transcription by glucose / fructose import across plasma membrane / hexokinase activity / Glycolysis / mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity ...Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Synthesis of GDP-mannose / regulation of transcription by glucose / fructose import across plasma membrane / hexokinase activity / Glycolysis / mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / tRNA re-export from nucleus / mannose metabolic process / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / glucose 6-phosphate metabolic process / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / D-glucose binding / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / fructose metabolic process / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / spindle pole body / Nuclear import of Rev protein / nuclear export / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear import signal receptor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / regulation of cell size / MAPK6/MAPK4 signaling / D-glucose import / intracellular glucose homeostasis / mitotic sister chromatid segregation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / ribosomal large subunit export from nucleus / U5 snRNA binding / viral process / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / Neutrophil degranulation / centriole / GTPase activator activity / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / glycolytic process / Transcriptional regulation by small RNAs / mitochondrial membrane / recycling endosome / kinetochore / small GTPase binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein import into nucleus / glucose metabolic process / protein import into nucleus / GDP binding / positive regulation of protein binding / nuclear envelope / melanosome / mitotic cell cycle / G protein activity / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / Exportin-1, repeat 3 ...Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Small GTPase Ran-type domain profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / ATPase, nucleotide binding domain / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Hexokinase-2 / Exportin-1 / Ran-specific GTPase-activating protein 1 / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.342 Å
データ登録者Fung, H.Y.J. / Chook, Y.M.
資金援助 米国, 香港, 7件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)International Student Research Fellowship 米国
Croucher FoundationPredoc Research Scholarship 香港
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069909 米国
Leukemia & Lymphoma SocietyScholar Award 米国
Welch FoundationI-1532 米国
University of Texas Southwestern Medical CenterEndowed Scholars Program 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP120352, RP150053 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Nuclear export receptor CRM1 recognizes diverse conformations in nuclear export signals.
著者: Fung, H.Y. / Fu, S.C. / Chook, Y.M.
履歴
登録2017年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Exportin-1
D: Hexokinase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,27110
ポリマ－163,3564
非ポリマー9156
水8,485471
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11640 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area58080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.712, 106.712, 304.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1102-

GOL

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要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 26758.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Chromosome stability protein 20 / Perinuclear array-localized protein / Ran-binding protein 1 / RANBP1


分子量: 16521.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / プラスミド: pGEX-4T3-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 117400.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / プラスミド: pGEX-4T3-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30822

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド Hexokinase-2


分子量: 2675.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HXK2 / プラスミド: pMal-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04807*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 477分子

#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 17% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.4, 200 mM ammonium nitrate, 20 mM HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→50 Å / Num. obs: 74959 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.34→2.38 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3673 / CC1/2: 0.511 / Rpim(I) all: 0.519 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.342→47.723 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 1999 2.93 %
Rwork0.1869 --
obs0.1881 68195 90.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.342→47.723 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10962 0 24 471 11457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46815230
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4946834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371735
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031933
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3423-2.40090.2479520.24811714X-RAY DIFFRACTION34
2.4009-2.46580.2672850.23512829X-RAY DIFFRACTION55
2.4658-2.53830.29871310.22764343X-RAY DIFFRACTION85
2.5383-2.62020.28011510.22684980X-RAY DIFFRACTION98
2.6202-2.71390.28081550.22745130X-RAY DIFFRACTION100
2.7139-2.82250.26571550.21345137X-RAY DIFFRACTION100
2.8225-2.9510.25221560.20575151X-RAY DIFFRACTION100
2.951-3.10650.24421550.21425153X-RAY DIFFRACTION100
3.1065-3.30110.27591570.20335185X-RAY DIFFRACTION100
3.3011-3.55590.22461570.19325211X-RAY DIFFRACTION100
3.5559-3.91360.20351580.17265214X-RAY DIFFRACTION100
3.9136-4.47960.20981590.15155258X-RAY DIFFRACTION100
4.4796-5.64230.18111600.15085326X-RAY DIFFRACTION100
5.6423-47.73290.19581680.17825565X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0770.0586-0.07510.0417-0.05720.07160.10860.11190.0674-0.05920.1049-0.2371-0.23550.24260.39760.1454-0.1240.09410.3574-0.1910.42539.203748.805633.0103
20.0426-0.04990.00890.0586-0.01460.0051-0.00020.0159-0.03940.03930.0027-0.21570.02910.0961-0.08490.04570.0179-0.0130.3041-0.15750.41638.220137.376637.187
30.08650.0699-0.07330.0674-0.05610.0669-0.00660.0933-0.1218-0.0780.0464-0.08110.08240.00150.00470.09450.0327-0.05040.2442-0.10510.2591-4.399138.736837.2436
40.0209-0.04240.01860.1506-0.02670.02480.0998-0.04790.0567-0.1549-0.04340.0766-0.0475-0.0490.00450.1672-0.01020.02280.27-0.07390.1886-2.826350.474539.5197
50.0002-0.0075-0.00140.0315-0.00870.0374-0.07740.0586-0.00670.09490.22280.0161-0.11310.1383-0.00010.6133-0.21410.12670.5927-0.08320.47811.572468.91431.4138
60.00440.0045-0.00140.0033-0.00070.00490.04010.00260.0112-0.03560.0087-0.04070.03640.008500.6583-0.23060.29410.9546-0.19350.589319.287663.12284.7403
70.00320.0020.00370.00150.00210.00350.00870.0417-0.0131-0.04350.081-0.002-0.01670.069600.3998-0.0920.13610.4931-0.09830.54-0.763856.513711.3628
80.09950.00520.081-0.00340.00940.0580.0895-0.0783-0.20490.034-0.0058-0.1428-0.12910.21030.00820.4947-0.14190.17080.334-0.02680.50485.189471.347527.8734
90.0035-0.00420.02740.00160.00580.1355-0.05790.04150.04440.0026-0.0687-0.0147-0.26930.303-0.36190.697-0.36660.31940.4378-0.02230.45637.648369.235818.9585
100.0020.01280.00330.31190.10260.0333-0.05090.0061-0-0.15680.13820.1449-0.42260.31740.04350.602-0.27960.18610.4813-0.07160.52327.810471.483113.8184
110.3609-0.05580.08060.97760.39550.2352-0.0116-0.3842-0.10470.91170.2578-0.70160.4380.47240.85030.0880.1927-0.27630.4032-0.11580.53658.370825.59753.5239
120.4682-0.2697-0.04630.65640.2180.63970.0876-0.0278-0.00210.02830.0163-0.0408-0.2213-0.25930.46790.18890.03520.02720.3179-0.04910.1502-26.902155.56245.954
130.4841-0.25230.15480.46790.04340.73990.01610.09940.0422-0.14980.12280.0003-0.2842-0.15740.3970.29050.05390.07960.32530.03090.1725-21.700746.82433.0777
140.2008-0.1450.11360.1615-0.07030.37890.1111-0.0319-0.3501-0.09480.05440.13280.11760.04430.02360.18590.0253-0.0120.2325-0.05060.3524-6.827610.547720.6044
150.00130.0006-0.0010.0014-0.00150.00130.007-0.03980.0195-0.00440.03780.0034-0.0159-0.035200.80420.39670.09050.81770.11750.7101-38.855976.59327.3663
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 91 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 138 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 139 through 169 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 170 through 190 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 191 through 205 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 206 through 216 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 65 through 100 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 101 through 154 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 155 through 200 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 0 through 268 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 269 through 590 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 591 through 897 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 898 through 1053 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 5 through 21 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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