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万見
- PDB-5uuu: Design, Synthesis, and Evaluation of the First Selective and Pote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uuu
タイトルDesign, Synthesis, and Evaluation of the First Selective and Potent G-protein-Coupled Receptor Kinase 2 (GRK2) Inhibitor for the Potential Treatment of Heart Failure
要素Beta-adrenergic receptor kinase 1
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Kinase / Inhibitor / Heart Failure / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / tachykinin receptor signaling pathway / positive regulation of catecholamine secretion / Activation of SMO ...beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / tachykinin receptor signaling pathway / positive regulation of catecholamine secretion / Activation of SMO / negative regulation of striated muscle contraction / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of the force of heart contraction / Calmodulin induced events / cardiac muscle contraction / viral genome replication / G protein-coupled receptor binding / receptor internalization / cilium / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / heart development / presynapse / peptidyl-serine phosphorylation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / postsynapse / protein kinase activity / symbiont entry into host cell / G protein-coupled receptor signaling pathway / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR kinase / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. ...GPCR kinase / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QRW / Beta-adrenergic receptor kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hoffman, I.D. / Lawson, J.D.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Design, Synthesis, and Evaluation of the Highly Selective and Potent G-Protein-Coupled Receptor Kinase 2 (GRK2) Inhibitor for the Potential Treatment of Heart Failure.
著者: Okawa, T. / Aramaki, Y. / Yamamoto, M. / Kobayashi, T. / Fukumoto, S. / Toyoda, Y. / Henta, T. / Hata, A. / Ikeda, S. / Kaneko, M. / Hoffman, I.D. / Sang, B.C. / Zou, H. / Kawamoto, T.
履歴
登録2017年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / software
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-adrenergic receptor kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0905
ポリマ－63,2361
非ポリマー8544
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.180, 126.180, 96.369
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Beta-adrenergic receptor kinase 1 / Beta-ARK-1 / G-protein coupled receptor kinase 2


分子量: 63236.098 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-538 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRK2, ADRBK1, BARK, BARK1 / プラスミド: pFastBacHTb
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P25098, beta-adrenergic-receptor kinase
#2: 化合物 ChemComp-QRW / 3-({[4-methyl-5-(pyridin-4-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]methyl}amino)-N-[2-(trifluoromethyl)benzyl]benzamide


分子量: 466.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H21F3N6O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.88 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 18% PEG MME 2000, 0.1 M MES pH 5.6, and 0.0175M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月10日
詳細: Flat collimating Rh coated mirror, toroidal focussing mirror
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 24714 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 177721
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)CC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.7-2.757.30.5570.6490.942100
2.75-2.87.30.7160.5450.974100
2.8-2.857.30.6530.490.997100
2.85-2.917.30.750.4180.974100
2.91-2.977.20.8160.3381.011000.8870.952
2.97-3.047.20.8710.2551.0411000.6710.72
3.04-3.127.30.910.2061.031000.5450.584
3.12-3.27.30.9430.1511.0271000.3970.426
3.2-3.37.20.9710.1171.0151000.3070.329
3.3-3.47.20.9760.11.0241000.260.279
3.4-3.527.20.9870.0741.0131000.1930.207
3.52-3.667.30.9920.0560.9951000.1450.156
3.66-3.837.20.9950.0430.9931000.1110.119
3.83-4.037.20.9970.03411000.0870.094
4.03-4.297.20.9970.031.0481000.0770.083
4.29-4.627.20.9980.02311000.0570.062
4.62-5.087.10.9990.0190.9821000.0470.051
5.08-5.817.10.9990.0190.9931000.0470.051
5.81-7.327.10.9990.0160.9781000.040.043
7.32-506.70.9990.010.99799.50.0240.026

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 25.695 / SU ML: 0.24 / SU R Cruickshank DPI: 0.3528 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.272
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1258 5.1 %RANDOM
Rwork0.2128 ---
obs0.2151 23419 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.46 Å2 / Biso mean: 77.691 Å2 / Biso min: 42.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å2-0.61 Å2-0 Å2
2---1.21 Å20 Å2
3---3.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3355 0 67 35 3457
Biso mean--67 56.44 -
残基数----414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0651.9854739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81537668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.27323.333168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.58815634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.231527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213899
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02825
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 95 -
Rwork0.334 1675 -
all-1770 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -46.0954 Å / Origin y: 32.9099 Å / Origin z: -37.9371 Å
111213212223313233
T0.0728 Å20.0158 Å2-0.0359 Å2-0.114 Å2-0.066 Å2--0.1185 Å2
L0.9272 °20.949 °2-0.4218 °2-4.1958 °2-1.1524 °2--2.4026 °2
S-0.0982 Å °-0.1274 Å °-0.1026 Å °0.2311 Å °0.1247 Å °-0.4833 Å °0.0145 Å °0.0189 Å °-0.0265 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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