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万見
- PDB-5ung: XFEL structure of human angiotensin II type 2 receptor (Orthorhom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ung
タイトルXFEL structure of human angiotensin II type 2 receptor (Orthorhombic form) in complex with compound 1 (N-benzyl-N-(2-ethyl-4-oxo-3-{[2'-(2H-tetrazol-5-yl)[1,1'-biphenyl]-4-yl] methyl}-3,4-dihydroquinazolin-6-yl)thiophene-2-carboxamide)
要素Chimera protein of Type-2 angiotensin II receptor and Soluble cytochrome b562
キーワードSIGNALING PROTEIN / human Angiotensin II receptor complex / GPCR signaling / GPCR / BRIL / membrane protein / LCP / XFEL / blood pressure regulation / orthorhombic crystal / compound 1 (cpd 1)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of metanephros size / regulation of systemic arterial blood pressure by circulatory renin-angiotensin / brain renin-angiotensin system / angiotensin type II receptor activity / angiotensin-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / positive regulation of metanephric glomerulus development / receptor antagonist activity / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis ...regulation of metanephros size / regulation of systemic arterial blood pressure by circulatory renin-angiotensin / brain renin-angiotensin system / angiotensin type II receptor activity / angiotensin-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / positive regulation of metanephric glomerulus development / receptor antagonist activity / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of heart rate / exploration behavior / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / blood vessel remodeling / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / Peptide ligand-binding receptors / electron transport chain / negative regulation of cell growth / brain development / regulation of blood pressure / vasodilation / neuron apoptotic process / G alpha (i) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / positive regulation of DNA-templated transcription / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Angiotensin II receptor type 2 / Angiotensin II receptor family / Cytochrome c/b562 / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Angiotensin II receptor type 2 / Angiotensin II receptor family / Cytochrome c/b562 / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8ES / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / Type-2 angiotensin II receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhang, H. / Han, G.W. / Batyuk, A. / Ishchenko, A. / White, K.L. / Patel, N. / Sadybekov, A. / Zamlynny, B. / Rudd, M.T. / Hollenstein, K. ...Zhang, H. / Han, G.W. / Batyuk, A. / Ishchenko, A. / White, K.L. / Patel, N. / Sadybekov, A. / Zamlynny, B. / Rudd, M.T. / Hollenstein, K. / Tolstikova, A. / White, T.A. / Hunter, M.S. / Weierstall, U. / Liu, W. / Babaoglu, K. / Moore, E.L. / Katz, R.D. / Shipman, J.M. / Garcia-Calvo, M. / Sharma, S. / Sheth, P. / Soisson, S.M. / Stevens, R.C. / Katritch, V. / Cherezov, V.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structural basis for selectivity and diversity in angiotensin II receptors.
著者: Zhang, H. / Han, G.W. / Batyuk, A. / Ishchenko, A. / White, K.L. / Patel, N. / Sadybekov, A. / Zamlynny, B. / Rudd, M.T. / Hollenstein, K. / Tolstikova, A. / White, T.A. / Hunter, M.S. / ...著者: Zhang, H. / Han, G.W. / Batyuk, A. / Ishchenko, A. / White, K.L. / Patel, N. / Sadybekov, A. / Zamlynny, B. / Rudd, M.T. / Hollenstein, K. / Tolstikova, A. / White, T.A. / Hunter, M.S. / Weierstall, U. / Liu, W. / Babaoglu, K. / Moore, E.L. / Katz, R.D. / Shipman, J.M. / Garcia-Calvo, M. / Sharma, S. / Sheth, P. / Soisson, S.M. / Stevens, R.C. / Katritch, V. / Cherezov, V.
履歴
登録2017年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Data collection / Database references
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection
カテゴリ: diffrn / pdbx_serial_crystallography_data_reduction ...diffrn / pdbx_serial_crystallography_data_reduction / pdbx_serial_crystallography_measurement / pdbx_serial_crystallography_sample_delivery
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Chimera protein of Type-2 angiotensin II receptor and Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7694
ポリマ－46,5071
非ポリマー1,2633
水181
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area20630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.260, 78.790, 93.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Chimera protein of Type-2 angiotensin II receptor and Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562 / Angiotensin II type-2 receptor / AT2


分子量: 46506.535 Da / 分子数: 1
断片: UNP P0ABE7 residues 23-128 and UNP P50052 35-335 linked via LINKER resdiues GSGS
変異: M1007W, H1102I, R1106L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, AGTR2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P50052
#2: 化合物 ChemComp-8ES / N-benzyl-N-(2-ethyl-4-oxo-3-{[2'-(2H-tetrazol-5-yl)[1,1'-biphenyl]-4-yl]methyl}-3,4-dihydroquinazolin-6-yl)thiophene-2-carboxamide / N-[2-エチル-3,4-ジヒドロ-4-オキソ-3-[[2′-(1H-テトラゾ-ル-5-イル)-4-ビフェニリル]メチ(以下略)


分子量: 623.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H29N7O2S
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 25 mM potassium formate, 25% (v/v) PEG400, and 0.3% (v/v) (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 294 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月9日 / 詳細: K-B mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→28.96 Å / Num. obs: 13330 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 85.5 % / Biso Wilson estimate: 80.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 27.2 % / Rmerge(I) obs: 1.24 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementPhotons per pulse: 1011 Tphotons/pulse / Pulse duration: 40 fsec. / Pulse energy: 1.8 µJ / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 175241 / Frames indexed: 15804 / Frames total: 2701530

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YAY, 4ZUD

4yay

4zud


解像度: 2.8→28.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU R Cruickshank DPI: 2.685 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.894 / SU Rfree Blow DPI: 0.357 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.363
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 691 5.21 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.242 13269 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 82.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1768 Å20 Å20 Å2
2--4.9374 Å20 Å2
3----2.7606 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→28.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3195 0 70 1 3266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093351HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.924557HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1105SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes61HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes483HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3351HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.37
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion441SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3803SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.02 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 149 5.53 %
Rwork0.239 2544 -
all0.24 2693 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34940.76391.74282.9298-0.30123.5237-0.01370.0173-0.0525-0.02950.01970.1097-0.03320.0294-0.0061-0.0262-0.00290.0075-0.1488-0.0382-0.03122.629236.8452-13.5705
21.37170.69110.0633.25870.02191.9040.0973-0.10240.0360.2630.0820.07950.0691-0.1515-0.1793-0.2334-0.0055-0.054-0.21020.0207-0.05459.7938-1.674-19.174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ B| 1001 - 1110 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B| 35 - 334 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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