PDB-5um2: Functional and structural characterization of a Sulfate-binding p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5um2

タイトル

Functional and structural characterization of a Sulfate-binding protein (Sbp) from Xanthomonas citri

要素

ABC transporter sulfate binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

ABC transporter /

periplasmic domain (ペリプラズム)

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfur compound binding / ABC-type sulfate transporter activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.14 Å

データ登録者

Pereira, C.T. / Hyvonen, M. / Balan, A.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: Mol. Plant Microbe Interact. / 年: 2017
タイトル: Sulfate-Binding Protein (Sbp) from Xanthomonas citri: Structure and Functional Insights.
著者: Pereira, C.T. / Roesler, C. / Faria, J.N. / Fessel, M.R. / Balan, A.

履歴

登録	2017年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5um2.cif.gz	206.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5um2.ent.gz	167.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5um2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5um2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5um2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sbpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2jbx-d 2ivx-2 6x7v-2 3wof-3 6rvm-3 3ooi-d 2ghg-d 2qkr-d 4ip9-d 1nh1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABC transporter sulfate binding protein

ヘテロ分子

37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.060, 54.540, 34.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.90, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-569- HOH
2	1	A-694- HOH

#1: タンパク質	ABC transporter sulfate binding protein 分子量: 37464.090 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 25-338 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア) 株: 306 / 遺伝子: sbp, XAC1017 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PNN7
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.53 % / 解説: rod crystals
結晶化	温度: 291.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Potassium Sulfate, 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.14→30.16 Å / Num. obs: 207316 / % possible obs: 93.04 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 15.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS	3.3	データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SBP

1sbp

解像度: 1.14→30.158 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1389	5595	4.97 %
R_work	0.1207	-	-
obs	0.1217	112639	93.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.14→30.158 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2508	0	16	295	2819

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.037	3610
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.744	971
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	384
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	477

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.14-1.153	0.2751	120	0.2551	2491	X-RAY DIFFRACTION	65
1.153-1.1665	0.2761	140	0.2467	2776	X-RAY DIFFRACTION	73
1.1665-1.1808	0.2598	170	0.2405	3175	X-RAY DIFFRACTION	83
1.1808-1.1957	0.2334	174	0.2276	3271	X-RAY DIFFRACTION	87
1.1957-1.2114	0.2294	182	0.2125	3427	X-RAY DIFFRACTION	89
1.2114-1.228	0.2101	184	0.1976	3404	X-RAY DIFFRACTION	90
1.228-1.2456	0.2135	168	0.1862	3430	X-RAY DIFFRACTION	90
1.2456-1.2642	0.2106	167	0.1692	3561	X-RAY DIFFRACTION	92
1.2642-1.2839	0.2156	188	0.165	3504	X-RAY DIFFRACTION	93
1.2839-1.305	0.1735	187	0.1492	3612	X-RAY DIFFRACTION	94
1.305-1.3275	0.159	199	0.1226	3650	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3275-1.3516	0.1575	214	0.1157	3542	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3516-1.3776	0.132	183	0.1021	3701	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3776-1.4057	0.1195	184	0.1021	3648	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4057-1.4363	0.1372	196	0.0979	3695	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4363-1.4697	0.1253	166	0.0995	3697	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4697-1.5065	0.1351	188	0.0947	3698	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5065-1.5472	0.1249	170	0.0897	3699	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5472-1.5927	0.1062	191	0.0833	3687	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5927-1.6441	0.1035	199	0.0854	3713	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6441-1.7029	0.1161	196	0.0892	3743	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7029-1.771	0.1172	200	0.092	3687	X-RAY DIFFRACTION	97
1.771-1.8516	0.1202	214	0.0977	3730	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8516-1.9492	0.1268	172	0.1059	3815	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9492-2.0713	0.1243	184	0.1092	3739	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0713-2.2312	0.1206	208	0.1108	3788	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2312-2.4557	0.1322	205	0.1132	3763	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4557-2.8108	0.1522	206	0.123	3772	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8108-3.5404	0.1324	210	0.1304	3797	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5404-30.1687	0.1391	230	0.1288	3829	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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