+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5um2 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Functional and structural characterization of a Sulfate-binding protein (Sbp) from Xanthomonas citri | |||||||||
要素 | ABC transporter sulfate binding protein | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / periplasmic domain | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å | |||||||||
データ登録者 | Pereira, C.T. / Hyvonen, M. / Balan, A. | |||||||||
資金援助 | ブラジル, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol. Plant Microbe Interact. / 年: 2017 タイトル: Sulfate-Binding Protein (Sbp) from Xanthomonas citri: Structure and Functional Insights. 著者: Pereira, C.T. / Roesler, C. / Faria, J.N. / Fessel, M.R. / Balan, A. #1: ジャーナル: BMC Genomics / 年: 2015 タイトル: The sulfur/sulfonates transport systems in Xanthomonas citri pv. citri. 著者: Pereira, C.T. / Moutran, A. / Fessel, M. / Balan, A. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5um2.cif.gz | 206.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5um2.ent.gz | 167.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5um2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5um2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5um2 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1sbpS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37464.090 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 25-338 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア) 株: 306 / 遺伝子: sbp, XAC1017 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PNN7 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 % / 解説: rod crystals |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Potassium Sulfate, 20% (w/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.14→30.16 Å / Num. obs: 207316 / % possible obs: 93.04 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 15.2 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1SBP 解像度: 1.14→30.158 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.63 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.14→30.158 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|