PDB-3ooi: Crystal Structure of Human Histone-Lysine N-methyltransferase NSD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ooi

タイトル

Crystal Structure of Human Histone-Lysine N-methyltransferase NSD1 SET domain in Complex with S-adenosyl-L-methionine

要素

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-36 and H4 lysine-20 specific

キーワード

TRANSFERASE / SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of peptidyl-serine phosphorylation / [histone H3]-lysine36 N-dimethyltransferase / histone H3K36 dimethyltransferase activity / histone H4K20 methyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / nuclear retinoic acid receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / histone H3 methyltransferase activity / nuclear androgen receptor binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Qiao, Q. / Wang, M. / Xu, R.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The structure of NSD1 reveals an autoregulatory mechanism underlying histone H3K36 methylation
著者: Qiao, Q. / Li, Y. / Chen, Z. / Wang, M. / Reinberg, D. / Xu, R.M.

履歴

登録	2010年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ooi.cif.gz	116.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ooi.ent.gz	88.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ooi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ooi_validation.pdf.gz	812.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ooi_full_validation.pdf.gz	813.5 KB	表示
XML形式データ	3ooi_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	3ooi_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/3ooi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/3ooi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6b8m-2 6b8p-1 6b8m-1 1u2k-d 1qr0-d 6b8n-1 5um2-d 3wof-3 2uvo-1 1h2s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-36 and H4 lysine-20 specific

ヘテロ分子

27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.875, 67.751, 69.086
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-36 and H4 lysine-20 specific / Nuclear receptor-binding SET domain-containing protein 1 / H3-K36-HMTase / H4-K20-HMTase 分子量: 26526.242 Da / 分子数: 1 / 断片: SET domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSD1, ARA267, KMT3B / プラスミド: pGEX6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIPL / 参照: UniProt: Q96L73, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M HEPES, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRF	BL17U	1	0.8103
シンクロトロン	BSRF	1W2B	2	1.2828, 1.2822, 1.0000

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2009年11月9日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2009年11月9日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111 CHANNEL	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.8103	1
2	1.2828	1
3	1.2822	1
4	1	1

反射

解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 31670 / Num. obs: 31587 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	% possible all
1.75-1.81	6.9	0.428	4.8	3111	100
1.81-1.89	6.9	0.315	6.8	3138	100
1.89-1.97	6.9	0.235	9.2	3127	100
1.97-2.07	6.9	0.178	12.2	3117	100
2.07-2.2	6.8	0.132	16.3	3160	100
2.2-2.37	6.8	0.108	18.5	3139	100
2.37-2.61	6.7	0.091	20.6	3177	100
2.61-2.99	6.6	0.079	22.1	3180	99.9
2.99-3.77	5.9	0.067	21.6	3211	99.7
3.77-30	5.7	0.057	27	3310	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.75→27.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 3.101 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18639	1591	5 %	RANDOM
R_work	0.16396	-	-	-
obs	0.16514	30017	99.62 %	-
all	-	30131	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.824 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→27.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1850	0	40	288	2178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.196	1.981	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.093	5	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.658	24.158	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.954	15	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.908	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.594	1.5	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.161	2	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.061	3	800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.498	4.5	753
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.752→1.797 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	102	-
R_work	0.193	2158	-
obs	-	-	98.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -7.5422 Å / Origin y: 4.3511 Å / Origin z: -1.5978 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0306 Å²	0.0009 Å²	-0.0171 Å²	-	0.0129 Å²	0.0097 Å²	-	-	0.0247 Å²
L	1.0075 °²	-0.2563 °²	-0.441 °²	-	0.6602 °²	0.2652 °²	-	-	0.7123 °²
S	-0.0324 Å °	-0.0383 Å °	-0.0756 Å °	0.0182 Å °	0.0107 Å °	-0.019 Å °	0.0342 Å °	0.0552 Å °	0.0217 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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