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- PDB-5ulu: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 (S2087P) with non-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ulu
タイトルCrystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 (S2087P) with non-syndromic deafness (DFNB12) associated mutation D2148N
要素Cadherin-23
キーワードCELL ADHESION / hearing / mechanotransduction / adhesion / calcium-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / inner ear receptor cell stereocilium organization / stereocilium tip / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules ...kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / inner ear receptor cell stereocilium organization / stereocilium tip / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / catenin complex / auditory receptor cell stereocilium organization / inner ear morphogenesis / cochlea development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / regulation of cytosolic calcium ion concentration / photoreceptor inner segment / locomotory behavior / sensory perception of sound / beta-catenin binding / calcium ion transport / neuron projection development / cell migration / apical part of cell / cell adhesion / cadherin binding / centrosome / calcium ion binding / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherins / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like ...Cadherins / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Jaiganesh, A. / Sotomayor, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)DC012534 米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)DC015271 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Zooming in on Cadherin-23: Structural Diversity and Potential Mechanisms of Inherited Deafness.
著者: Jaiganesh, A. / De-la-Torre, P. / Patel, A.A. / Termine, D.J. / Velez-Cortes, F. / Chen, C. / Sotomayor, M.
履歴
登録2017年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_related_exp_data_set / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.32018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadherin-23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7997
ポリマ－37,5591
非ポリマー2406
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.238, 65.386, 114.651
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cadherin-23 / Otocadherin


分子量: 37558.805 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1955-2289 / 変異: S2087P, D2148N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / プラスミド: pet-21a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIPL / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5 0.05M MgCl2 25% MPD / PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 14561 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 15.74
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Mean I/σ(I) obs: 3.375 / Num. unique obs: 556 / CC1/2: 0.97 / Rpim(I) all: 0.13 / Rrim(I) all: 0.224 / Χ2: 1.089 / % possible all: 77.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I8D

5i8d


解像度: 2.85→30.337 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 37.953 / SU ML: 0.302 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.484 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24429 645 4.6 %RANDOM
Rwork0.19549 ---
obs0.19771 13292 95.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 103.515 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.47 Å20 Å2-0.42 Å2
2--8.66 Å20 Å2
3----13.39 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.85→30.337 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2443 0 6 7 2456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192488
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.9723412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92635371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8655318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.77825.741108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.26415389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6541511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6197.1321278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.627.1311277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1310.7011594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.12810.7021595
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.397.3331210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3877.331208
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.98110.9171818
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.04785.0242553
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.04685.0422553
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.848→2.922 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 34 -
Rwork0.372 770 -
obs--74.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5260.71632.10872.753-1.277411.72410.15260.51910.177-0.4907-0.0408-0.1739-0.37530.1246-0.11180.28310.21610.04680.29760.04970.3073-4.90421.882-34.936
22.65980.5085-4.18671.1126-2.420812.39190.0440.3932-0.2050.0061-0.12160.05570.5461-1.12640.07760.163-0.1426-0.11320.2989-0.03830.2276-11.8786.3418.041
33.3225-0.58020.46870.9594-2.221810.198-0.3734-0.3465-0.26930.10460.139-0.01061.2833-0.9180.23440.5065-0.18740.04460.1869-0.05340.261-18.744-6.15655.542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1934 - 2040
2X-RAY DIFFRACTION1A2301 - 2302
3X-RAY DIFFRACTION2A2041 - 2145
4X-RAY DIFFRACTION2A2303 - 2305
5X-RAY DIFFRACTION3A2146 - 2262
6X-RAY DIFFRACTION3A2306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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