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- PDB-5uke: NMR structure of monomeric human IRAK-M Death Domain R56D, Y61E mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uke
タイトルNMR structure of monomeric human IRAK-M Death Domain R56D, Y61E mutant
要素Interleukin-1 receptor-associated kinase 3
キーワードTRANSFERASE / IRAK-M / Death Domain / Innate immunity / Asthma
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of macrophage tolerance induction / regulation of protein-containing complex disassembly / negative regulation of cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of protein-containing complex disassembly / response to peptidoglycan / Toll signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway ...positive regulation of macrophage tolerance induction / regulation of protein-containing complex disassembly / negative regulation of cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of protein-containing complex disassembly / response to peptidoglycan / Toll signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / response to exogenous dsRNA / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of innate immune response / response to interleukin-1 / negative regulation of MAP kinase activity / positive regulation of cytokine production / response to virus / negative regulation of protein catabolic process / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / intracellular signal transduction / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor-associated kinase 3, pseudokinase domain / IRAK3, death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 receptor-associated kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Kwon, J. / Nicholson, L.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01-HL111430 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The IL-33-PIN1-IRAK-M axis is critical for type 2 immunity in IL-33-induced allergic airway inflammation.
著者: Nechama, M. / Kwon, J. / Wei, S. / Kyi, A.T. / Welner, R.S. / Ben-Dov, I.Z. / Arredouani, M.S. / Asara, J.M. / Chen, C.H. / Tsai, C.Y. / Nelson, K.F. / Kobayashi, K.S. / Israel, E. / Zhou, X. ...著者: Nechama, M. / Kwon, J. / Wei, S. / Kyi, A.T. / Welner, R.S. / Ben-Dov, I.Z. / Arredouani, M.S. / Asara, J.M. / Chen, C.H. / Tsai, C.Y. / Nelson, K.F. / Kobayashi, K.S. / Israel, E. / Zhou, X.Z. / Nicholson, L.K. / Lu, K.P.
履歴
登録2017年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4671
ポリマ－13,4671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-1 receptor-associated kinase 3 / IRAK-3 / IL-1 receptor-associated kinase M / IRAK-M


分子量: 13467.164 Da / 分子数: 1 / 断片: Death domain (UNP residues 1-119) / 変異: R61D,Y66E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: hIRAKM 1-119 R56D,Y61E / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK3 / プラスミド: pMAL-c2X
詳細 (発現宿主): N-terminal fusion partner MBP, separated by a Factor XA cleavage site
Cell (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y616, non-specific serine/threonine protein kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D C(CO)NH
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HNCA
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HN(CO)CA
1121isotropic13D H(CCO)NH
1111isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic13D 1H-15N TOCSY
1131isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1141isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 800 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] IRAK-M Death Domain_R56D_Y61E, 20 mM sodium chloride, 5 mM TCEP, 10 mM TRIS, 5 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
800 uMIRAK-M Death Domain_R56D_Y61E[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium chloridenatural abundance1
5 mMTCEPnatural abundance1
10 mMTRISnatural abundance1
5 mMsodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 0.0229 M / Label: 13C_15N_sample / pH: 6.67 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
PINE2Bahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
Sparky3.115Goddardデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PONDEROSANMRFAM (University of Wisconsin-Madison), WoongHee Lee精密化
PONDEROSANMRFAM (University of Wisconsin-Madison), WoongHee Leestructure calculation
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 4 / 詳細: NIH-Xplor imbedded to Ponderosa
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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