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万見
- PDB-2rlo: Split PH domain of PI3-kinase enhancer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rlo
タイトルSplit PH domain of PI3-kinase enhancer
要素Centaurin-gamma 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Split PH domain / Alternative splicing / ANK repeat / Cytoplasm / GTP-binding / GTPase activation / Metal-binding / Nucleotide-binding / Nucleus / Oncogene / Phosphorylation / Polymorphism / Protein transport / Transport / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


Netrin-1 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / Flemming body / endosomal transport / positive regulation of protein kinase activity / protein kinase activator activity / GTPase activator activity / negative regulation of protein catabolic process / protein transport ...Netrin-1 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / Flemming body / endosomal transport / positive regulation of protein kinase activity / protein kinase activator activity / GTPase activator activity / negative regulation of protein catabolic process / protein transport / actin cytoskeleton organization / negative regulation of neuron apoptotic process / endosome / GTPase activity / protein kinase binding / GTP binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GTP-binding protein-like domain (GLD) profile. / : / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like ...GTP-binding protein-like domain (GLD) profile. / : / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / Ankyrin repeat / Rab subfamily of small GTPases / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Arf-GAP with GTPase, ANK repeat and PH domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wen, W. / Zhang, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Split pleckstrin homology domain-mediated cytoplasmic-nuclear localization of PI3-kinase enhancer GTPase
著者: Yan, J. / Wen, W. / Chan, L.N. / Zhang, M.
履歴
登録2007年7月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centaurin-gamma 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3281
ポリマ－14,3281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Centaurin-gamma 1 / ARF-GAP with GTP-binding protein-like / ankyrin repeat and pleckstrin homology domains 2 / AGAP-2 / ...ARF-GAP with GTP-binding protein-like / ankyrin repeat and pleckstrin homology domains 2 / AGAP-2 / Phosphatidylinositol-3-kinase enhancer / PIKE / GTP-binding and GTPase-activating protein 2 / GGAP2


分子量: 14328.110 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 674-752, 846-914, split_PH_domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENTG1, AGAP2, KIAA0167 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99490
配列の詳細DELETION OF 853-872 IS MISSING IN ISOFORM 2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1222D 1H-1H NOESY
1333D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM [U-100% 15N] split PH domain, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM split PH domain, 100% D2O100% D2O
31mM [U-100% 13C; U-100% 15N] split PH domain, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMsplit PH domain[U-100% 15N]1
1 mMsplit PH domain2
1 mMsplit PH domain[U-100% 13C; U-100% 15N]3
試料状態イオン強度: 1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges, Read / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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