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- PDB-5uk5: Complex of Notch1(EGF8-12) bound to Jagged1(N-EGF3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uk5
タイトルComplex of Notch1(EGF8-12) bound to Jagged1(N-EGF3)
要素
  • Neurogenic locus notch homolog protein 1
  • Protein jagged-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Notch / Jagged / Delta / Glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cardioblast proliferation / Notch signaling involved in heart development / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / endocardial cushion cell development / loop of Henle development / positive regulation of glial cell differentiation / ciliary body morphogenesis / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / pulmonary artery morphogenesis / cardiac neural crest cell development involved in outflow tract morphogenesis ...regulation of cardioblast proliferation / Notch signaling involved in heart development / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / endocardial cushion cell development / loop of Henle development / positive regulation of glial cell differentiation / ciliary body morphogenesis / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / pulmonary artery morphogenesis / cardiac neural crest cell development involved in outflow tract morphogenesis / RAC1 GTPase cycle / podocyte development / venous blood vessel morphogenesis / nephron development / positive regulation of myeloid cell differentiation / morphogenesis of an epithelial sheet / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / endocardium morphogenesis / cardiac right ventricle morphogenesis / foregut morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / distal tubule development / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cardiac chamber formation / negative regulation of endothelial cell differentiation / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / positive regulation of transcription of Notch receptor target / neuroendocrine cell differentiation / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / cellular response to tumor cell / collecting duct development / compartment pattern specification / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / regulation of extracellular matrix assembly / endocardial cushion development / T-helper 17 type immune response / aorta morphogenesis / endocardial cell differentiation / chemical synaptic transmission, postsynaptic / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / cardiac ventricle morphogenesis / mesenchymal cell development / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / epidermal cell fate specification / T cell mediated immunity / glomerular mesangial cell development / negative regulation of myotube differentiation / coronary vein morphogenesis / cardiac left ventricle morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / left/right axis specification / somatic stem cell division / negative regulation of cell adhesion molecule production / tissue regeneration / negative regulation of catalytic activity / interleukin-17-mediated signaling pathway / regulation of Notch signaling pathway / endocardium development / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / positive regulation of endothelial cell differentiation / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / inner ear auditory receptor cell differentiation / cardiac epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of collagen biosynthetic process / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / neuron fate commitment / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / glial cell differentiation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / neuronal stem cell population maintenance / calcium-ion regulated exocytosis / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / pulmonary valve morphogenesis
類似検索 - 分子機能
Jagged/Serrate protein / Immunoglobulin-like - #3510 / : / Delta/Serrate/lag-2 (DSL) protein / Notch ligand, N-terminal domain / Delta serrate ligand / N terminus of Notch ligand C2-like domain / DSL domain profile. / delta serrate ligand / Delta-like/Jagged, EGF-like domain ...Jagged/Serrate protein / Immunoglobulin-like - #3510 / : / Delta/Serrate/lag-2 (DSL) protein / Notch ligand, N-terminal domain / Delta serrate ligand / N terminus of Notch ligand C2-like domain / DSL domain profile. / delta serrate ligand / Delta-like/Jagged, EGF-like domain / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / von Willebrand factor (vWF) type C domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / : / Calcium-binding EGF domain / Laminin / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ribbon / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / alpha-L-fucopyranose / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Protein jagged-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.506 Å
データ登録者Garcia, K.C. / Luca, V.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH-1R01-GM097015 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Ludwig Cancer Foundation 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Notch-Jagged complex structure implicates a catch bond in tuning ligand sensitivity.
著者: Luca, V.C. / Kim, B.C. / Ge, C. / Kakuda, S. / Wu, D. / Roein-Peikar, M. / Haltiwanger, R.S. / Zhu, C. / Ha, T. / Garcia, K.C.
履歴
登録2017年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22017年4月12日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52019年11月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurogenic locus notch homolog protein 1
B: Protein jagged-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,43314
ポリマ－57,5102
非ポリマー1,92312
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area29450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.457, 127.995, 154.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch 1


分子量: 21777.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Notch1 / プラスミド: pAcGp67A / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q07008
#2: タンパク質 Protein jagged-1 / Jagged1


分子量: 35733.000 Da / 分子数: 1 / Mutation: S32L, R68G, D72N, T87R, Q182R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Jag1 / プラスミド: pAcGp67A / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q63722

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糖 , 4種, 8分子

#3: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 312.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-3DGlcpb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 142分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.6
詳細: 22.5% PEG 1000, 0.1 M MES pH 6.6, 3% dextran sulfate Mr(5000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 23570 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 175202
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.5-2.597.521920.7340.6081.021100
2.59-2.697.50.7830.4371.077100
2.69-2.827.50.8890.2861.0711000.7330.787
2.82-2.967.50.9480.1981.061000.5060.544
2.96-3.157.50.9780.1161.0811000.2970.319
3.15-3.397.50.9890.0691.0081000.1750.188
3.39-3.737.50.9940.0461.0621000.1180.126
3.73-4.277.40.9960.0311.081000.080.086
4.27-5.387.40.9970.0231.0231000.0590.064
5.38-507.10.9970.0210.93599.60.0520.056

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CC0, 4XL1

4cc0

4xl1


解像度: 2.506→44.741 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 1178 5 %
Rwork0.219 --
obs0.2211 23544 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.506→44.741 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3780 0 115 138 4033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074021
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.865485
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3091516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049565
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004726
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5062-2.62030.39111370.33222618X-RAY DIFFRACTION95
2.6203-2.75840.37191470.29392789X-RAY DIFFRACTION100
2.7584-2.93120.34231460.28922763X-RAY DIFFRACTION100
2.9312-3.15750.33131470.27782788X-RAY DIFFRACTION100
3.1575-3.47510.2951470.25012792X-RAY DIFFRACTION100
3.4751-3.97770.2851480.20552817X-RAY DIFFRACTION100
3.9777-5.01040.21061510.1752848X-RAY DIFFRACTION100
5.0104-44.74850.22461550.20352951X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.21087.47366.29346.8625.75087.6319-0.29860.29351.10341.7877-0.23510.3075-1.13022.30470.44611.8405-0.61080.01591.29850.00281.00872.672244.7419-34.6581
22.09057.97872.85048.9463-2.06514.3628-0.3225-3.08890.71110.2679-0.90791.4355-0.6497-0.37841.22581.9562-0.48620.49771.2132-0.58251.2424-16.083635.8502-32.1129
36.454.88513.96232.26319.9489.04041.0186-1.27710.20542.2619-1.67140.61431.0941-1.5160.53521.4373-0.4060.16691.0791-0.37321.3278-25.789816.9034-40.922
44.8578-6.9386-1.43558.7380.89370.89790.0068-0.38610.44821.2147-0.12810.43710.239-0.240.10690.7492-0.28810.01490.6922-0.21220.8161-27.3687-18.3619-57.3563
55.39481.8895-1.4542.0981-0.46414.56550.3382-0.795-1.33050.476-0.23751.04250.2344-0.2459-0.05380.8397-0.3191-0.19980.75750.18770.8855-24.0466-53.2565-55.1304
64.4191-0.2187-2.05875.70884.30229.16380.28420.5306-1.6227-0.3463-0.37-0.05250.86670.76890.19160.83810.1546-0.450.68590.01751.0924-3.5847-61.7017-80.9955
73.40650.8051-1.03784.81372.48515.7402-0.1248-0.1071-1.45910.4848-0.692-0.54630.61630.58150.58350.61570.0665-0.29980.56680.15480.964-6.3162-63.671-77.521
85.9671-3.2112-4.43855.89583.32596.24660.6859-0.0404-0.4034-0.3851-0.6463-0.4111-0.56670.0951-0.11870.5823-0.0812-0.33970.4640.08180.6577-8.4277-51.8124-76.0272
95.24110.7171.2457.83884.62397.51140.462-0.3651-0.95420.1978-0.3829-1.20530.60080.36060.0110.6534-0.0209-0.3390.50730.25420.92-5.4186-59.1354-74.7913
107.162-2.8665-3.52999.62256.7856.27450.5558-0.7507-0.00390.2467-0.4072-0.061-0.20210.4567-0.28840.6101-0.2064-0.17940.53260.06590.4596-8.1048-39.8933-67.7438
110.3959-0.43461.60168.56122.89375.00890.3339-0.48120.55430.22660.1728-0.8925-0.45560.5027-0.46360.6003-0.27690.13330.6406-0.1840.8194-10.1668-12.7986-58.2213
124.5477-3.1564-2.14729.93885.6245.27290.0806-0.39480.31610.6507-0.2386-0.8208-0.1828-0.22360.18051.042-0.1750.15650.554-0.22090.9218-12.659713.0001-50.6244
138.91571.2785-0.23489.7856-3.32018.1566-0.43990.75431.01491.4745-0.17910.351-0.87830.14210.60721.0181-0.1191-0.04470.6122-0.06040.9005-8.135547.2818-47.1033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 299:327))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 328 through 347 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 348 through 399 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 400 through 454 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 455 through 493 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 28 through 63 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 64 through 85 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 86 through 130 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 131 through 177 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 178 through 202 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 203 through 242 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 243 through 283 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 284 through 335 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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