[日本語] English
万見
- PDB-5uk4: VESICULAR STOMATITS VIRUS N PROTEIN IN COMPLEX WITH INHIBITORY NA... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uk4
タイトルVESICULAR STOMATITS VIRUS N PROTEIN IN COMPLEX WITH INHIBITORY NANOBODY 1307
要素
  • Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
  • Nucleoprotein
  • RNA (45-MER)
キーワードViral Protein/RNA/Immune System / VESICULAR STOMATITIS VIRUS / NUCLEOPROTEIN / INHIBITORY VHH / ANTIVIRAL / Viral Protein-RNA-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA replication / immunoglobulin complex / helical viral capsid / viral transcription / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / viral nucleocapsid / blood microparticle / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Rhabdovirus nucleoprotein-like / Nucleoprotein / Rhabdovirus nucleoprotein-like fold / Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain / Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein / : ...Rhabdovirus nucleoprotein-like / Nucleoprotein / Rhabdovirus nucleoprotein-like fold / Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain / Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Anti-vesicular stomatitis virus N VHH / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.204 Å
データ登録者Hanke, L. / Knockenhauer, K.E. / Ploegh, H.L. / Schwartz, T.U.
引用ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2017
タイトル: Vesicular stomatitis virus N protein-specific single-domain antibody fragments inhibit replication.
著者: Hanke, L. / Schmidt, F.I. / Knockenhauer, K.E. / Morin, B. / Whelan, S.P. / Schwartz, T.U. / Ploegh, H.L.
履歴
登録2017年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
P: Nucleoprotein
p: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
B: Nucleoprotein
b: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
Q: Nucleoprotein
q: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
C: Nucleoprotein
c: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
R: Nucleoprotein
r: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
D: Nucleoprotein
d: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
S: Nucleoprotein
s: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
E: Nucleoprotein
e: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
T: Nucleoprotein
t: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
K: Nucleoprotein
k: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
L: Nucleoprotein
l: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
N: Nucleoprotein
n: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
M: Nucleoprotein
m: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
F: Nucleoprotein
f: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
G: Nucleoprotein
g: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
H: Nucleoprotein
h: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
I: Nucleoprotein
i: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
O: Nucleoprotein
o: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
J: Nucleoprotein
j: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
A: Nucleoprotein
a: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
u: RNA (45-MER)
v: RNA (45-MER)
w: RNA (45-MER)
x: RNA (45-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,309,76744
ポリマ－1,309,76744
非ポリマー00
水00
1
P: Nucleoprotein
p: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
Q: Nucleoprotein
q: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
R: Nucleoprotein
r: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
S: Nucleoprotein
s: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
T: Nucleoprotein
t: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
K: Nucleoprotein
k: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
L: Nucleoprotein
l: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
N: Nucleoprotein
n: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
M: Nucleoprotein
m: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
O: Nucleoprotein
o: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
u: RNA (45-MER)
v: RNA (45-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)654,88422
ポリマ－654,88422
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleoprotein
b: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
C: Nucleoprotein
c: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
D: Nucleoprotein
d: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
E: Nucleoprotein
e: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
F: Nucleoprotein
f: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
G: Nucleoprotein
g: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
H: Nucleoprotein
h: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
I: Nucleoprotein
i: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
J: Nucleoprotein
j: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
A: Nucleoprotein
a: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
w: RNA (45-MER)
x: RNA (45-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)654,88422
ポリマ－654,88422
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.555, 156.008, 217.450
Angle α, β, γ (deg.)79.24, 75.66, 62.27
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Complex confirmed by Gel filtration

-
要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / NP / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 47463.949 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (strain San Juan) (ウイルス)
株: San Juan / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03521
#2: 抗体
Anti-vesicular stomatitis virus N VHH


分子量: 15277.912 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GGLPETGGHHHHHH Sortase A recognition mofiv and HIS TAG
由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A192B6J6
#3: RNA鎖
RNA (45-MER)


分子量: 13732.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, 5% (w/v) polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→128.45 Å / Num. obs: 250547 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.675 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.619 / Rpim(I) all: 0.502 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GIC (VSV N) and 5TJW (VHH)

2gic

5tjw


解像度: 3.204→128.352 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2877 1990 0.8 %
Rwork0.2365 --
obs0.237 250312 91.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.204→128.352 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数85486 3600 0 0 89086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00291358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.525124378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.27354162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04113680
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00315376

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る