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万見
- PDB-5uji: Crystal structure of human T2-Tryptophanyl-tRNA synthetase with H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uji
タイトルCrystal structure of human T2-Tryptophanyl-tRNA synthetase with H130R mutation
要素Tryptophan--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードLIGASE / Rossmann-fold catalytic domain / anti-codon binding domain / H130R mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan-tRNA ligase / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / kinase inhibitor activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / regulation of angiogenesis / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / angiogenesis / translation ...tryptophan-tRNA ligase / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / kinase inhibitor activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / regulation of angiogenesis / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / angiogenesis / translation / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) ...WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / S15/NS1, RNA-binding / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tryptophan--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Xu, X. / Yang, X.-L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31400630 中国
Zhejiang Provincial Natural Science Foundation of ChinaLY14C050002 中国
引用ジャーナル: RNA Biol / 年: 2018
タイトル: An alternative conformation of human TrpRS suggests a role of zinc in activating non-enzymatic function.
著者: Xu, X. / Zhou, H. / Zhou, Q. / Hong, F. / Vo, M.N. / Niu, W. / Wang, Z. / Xiong, X. / Nakamura, K. / Wakasugi, K. / Schimmel, P. / Yang, X.L.
履歴
登録2017年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan--tRNA ligase, cytoplasmic
B: Tryptophan--tRNA ligase, cytoplasmic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2902
ポリマ－89,2902
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area31740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.888, 139.057, 146.724
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan--tRNA ligase, cytoplasmic / Interferon-induced protein 53 / IFP53 / Tryptophanyl-tRNA synthetase / hWRS


分子量: 44644.906 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 56-430 / 変異: H130R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WARS, IFI53, WRS / プラスミド: pET20b / 詳細 (発現宿主): C-terminal His tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23381, tryptophan-tRNA ligase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20 % PEG4000, 0.1 M Na Citrate pH5.0, 0.1 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→146 Å / Num. obs: 21588 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.79→2.85 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Num. unique all: 5436 / Num. unique obs: 1066 / Rsym value: 0.371 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000data processing
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QUI

2qui


解像度: 2.79→32.726 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 19.126 / SU ML: 0.356 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.4 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2643 1085 5 %RANDOM
Rwork0.2187 ---
obs0.221 20481 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 144.27 Å2 / Biso mean: 72.222 Å2 / Biso min: 39.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.89 Å2-0 Å2-0 Å2
2--7 Å20 Å2
3----5.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→32.726 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5752 0 0 0 5752
残基数----710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195884
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1581.9547930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.906312924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9085701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.65423.776286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.522151044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9781537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021408
LS精密化 シェル解像度: 2.794→2.867 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 70 -
Rwork0.299 1398 -
all-1468 -
obs--93.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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