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- PDB-5ugz: Crystal structure of ClbQ from the colibactin NRPS/PKS pathway -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ugz
タイトルCrystal structure of ClbQ from the colibactin NRPS/PKS pathway
要素Putative thioesterase
キーワードHYDROLASE / Type-II thioesterase / Colibactin
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く / hydrolase activity, acting on ester bonds / biosynthetic process / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Thioesterase type II, NRPS/PKS/S-FAS / Thioesterase / Thioesterase domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Colibactin biosynthesis thioesterase ClbQ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.983 Å
データ登録者Guntaka, N.S. / Bruner, S.D.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structure and Functional Analysis of ClbQ, an Unusual Intermediate-Releasing Thioesterase from the Colibactin Biosynthetic Pathway.
著者: Guntaka, N.S. / Healy, A.R. / Crawford, J.M. / Herzon, S.B. / Bruner, S.D.
履歴
登録2017年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative thioesterase
B: Putative thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2324
ポリマ－59,0762
非ポリマー1562
水4,053225
1
A: Putative thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6162
ポリマ－29,5381
非ポリマー781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6162
ポリマ－29,5381
非ポリマー781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.971, 94.994, 68.444
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative thioesterase / Thioesterase


分子量: 29537.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: clbQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0P7K7
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, Lithium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9767 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9767 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→38.78 Å / Num. obs: 36972 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Net I/σ(I): 19.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FLB

3flb


解像度: 1.983→38.775 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 29.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2076 1932 5.23 %
Rwork0.1512 --
obs0.1548 36949 98.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.983→38.775 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3834 0 8 225 4067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073950
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9025358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1952314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05588
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005686
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9848-2.03440.28671470.20462417X-RAY DIFFRACTION91
2.0344-2.08930.25661530.18642449X-RAY DIFFRACTION92
2.0893-2.15080.22411280.19392507X-RAY DIFFRACTION93
2.1508-2.22010.24511240.18072499X-RAY DIFFRACTION94
2.2201-2.29940.22141250.1762492X-RAY DIFFRACTION94
2.2994-2.39140.23971490.16722498X-RAY DIFFRACTION93
2.3914-2.50010.23451520.16762491X-RAY DIFFRACTION93
2.5001-2.63170.26171220.17032523X-RAY DIFFRACTION94
2.6317-2.79630.20811390.16572484X-RAY DIFFRACTION94
2.7963-3.01170.21961410.16012536X-RAY DIFFRACTION94
3.0117-3.31390.19341090.1512502X-RAY DIFFRACTION95
3.3139-3.79140.19311390.13432558X-RAY DIFFRACTION94
3.7914-4.76920.16561390.1122503X-RAY DIFFRACTION93
4.7692-22.41790.17341330.13432555X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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