PDB-3flb: RifR - Type II thioesterase from Rifamycin NRPS/PKS biosynthetic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3flb

タイトル

RifR - Type II thioesterase from Rifamycin NRPS/PKS biosynthetic pathway - Form 2

要素

RifR

キーワード

HYDROLASE / alpha-beta hydrolase thioesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis mediterranei (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Smith, J.L. / Akey, D.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure and Functional Analysis of RifR, the Type II Thioesterase from the Rifamycin Biosynthetic Pathway.
著者: Claxton, H.B. / Akey, D.L. / Silver, M.K. / Admiraal, S.J. / Smith, J.L.

履歴

登録	2008年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3flb.cif.gz	65.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3flb.ent.gz	47.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3flb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3flb_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3flb_full_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示
XML形式データ	3flb_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	3flb_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/3flb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/3flb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3flaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pu4-d 3f7o-2 3de1-d 6pkp-d 3i30-d 6pkj-d 3vhn-1 1pfg-d 6k2v-d 5inn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RifR

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.938, 62.497, 82.467
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RifR 分子量: 29262.340 Da / 分子数: 1 / 変異: S94A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis mediterranei (バクテリア) 遺伝子: rifR / プラスミド: pET21,pMS25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q7BUF9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	溶媒含有率: 28.26 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 12% PEG 8000, 50 mM CaCl2, 2 mM DTT , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月10日 / 詳細: APS Beamline 23-ID-D
放射	モノクロメーター: APS Beamline 23-ID-D / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 19447 / Num. obs: 18683 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.9 % / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.376 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→49.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 6.68 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2386	957	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1859	-	-	-
obs	0.18862	17702	96.43 %	-
all	-	19447	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.54 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1929	0	14	167	2110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.183	1.984	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.939	5	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.502	21.209	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.55	15	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.589	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.146	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.358	5	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.413	8	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.177	5	776
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.808	5	696
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	63	-
R_work	0.249	1179	-
obs	-	-	89.29 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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