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万見
- PDB-5ugd: Protease Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ugd
タイトルProtease Inhibitor
要素Plasminogen
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Fibrinolysis / YO / Plasmin / Inhibitor / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / protein antigen binding / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis ...plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / protein antigen binding / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis / Dissolution of Fibrin Clot / myoblast differentiation / negative regulation of cell-substrate adhesion / biological process involved in interaction with symbiont / labyrinthine layer blood vessel development / muscle cell cellular homeostasis / Activation of Matrix Metalloproteinases / apolipoprotein binding / extracellular matrix disassembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / kinase binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / blood microparticle / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, plasmin / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily ...Peptidase S1A, plasmin / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-89S / Plasminogen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Law, R.H.P. / Wu, G. / Whisstock, J.C.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)10294 オーストラリア
引用ジャーナル: Blood Adv / 年: 2017
タイトル: X-ray crystal structure of plasmin with tranexamic acid-derived active site inhibitors.
著者: Law, R.H.P. / Wu, G. / Leung, E.W.W. / Hidaka, K. / Quek, A.J. / Caradoc-Davies, T.T. / Jeevarajah, D. / Conroy, P.J. / Kirby, N.M. / Norton, R.S. / Tsuda, Y. / Whisstock, J.C.
履歴
登録2017年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasminogen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0632
ポリマ－27,5411
非ポリマー5231
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.520, 39.490, 62.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Plasminogen / microplasmin


分子量: 27540.615 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 562-810 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Serine protease domain of plasmin / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLG / プラスミド: pPICZ_alpha / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P00747, plasmin
#2: 化合物 ChemComp-89S / Nalpha-[trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbonyl]-N-octyl-O-[(pyridin-4-yl)methyl]-L-tyrosinamide / YO-2


分子量: 522.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46N4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 10 % (w/v) polyethylene glycol 6,000, 4 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M (2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月21日 / 詳細: front-end
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→45.1 Å / Num. obs: 46170 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 14.42 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.38→1.45 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.743 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1BML

1bml


解像度: 1.38→32.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9644 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9589 / SU R Cruickshank DPI: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.056 / SU Rfree Blow DPI: 0.056 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.054
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1817 2290 4.96 %RANDOM
Rwork0.1603 ---
obs0.1614 46170 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3341 Å20 Å20.4972 Å2
2---1.2057 Å20 Å2
3----0.1284 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.145 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.38→32.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1875 0 38 266 2179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091974HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.12694HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d654SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes292HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1974HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion12.46
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion249SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2563SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.42 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2127 178 5.32 %
Rwork0.2126 3165 -
all0.2126 3343 -
obs--99.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.4686 Å / Origin y: 4.9245 Å / Origin z: 129.048 Å
111213212223313233
T-0.024 Å20.0062 Å2-0.0027 Å2--0.0358 Å20.0049 Å2---0.0233 Å2
L0.7448 °2-0.0873 °2-0.2498 °2-0.3959 °20.2538 °2--0.8033 °2
S-0.0369 Å °-0.0554 Å °-0.0384 Å °0.0133 Å °0.0073 Å °0.0077 Å °-0.0126 Å °0.0113 Å °0.0296 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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