PDB-5uei: Crystal Structure of Variable Lymphocyte Receptor (VLR) O13 (Apo)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uei

タイトル

Crystal Structure of Variable Lymphocyte Receptor (VLR) O13 (Apo)

要素

O13

キーワード

IMMUNE SYSTEM / variable lymphocyte receptors / VLR / leucine-rich repeat / LRR / adaptive immunity / sea lamprey / jawless fish / receptor / glycan binding / glycan receptor

生物種

Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.702 Å

データ登録者

Gunn, R.J. / Collins, B.C. / McKitrick, T.R. / Cummings, R.D. / Herrin, B.R. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into VLR Fine Specificity for Blood Group Carbohydrates.
著者: Collins, B.C. / Gunn, R.J. / McKitrick, T.R. / Cummings, R.D. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2017年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uei.cif.gz	122.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uei.ent.gz	92.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uei.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uei_validation.pdf.gz	438.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uei_full_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示
XML形式データ	5uei_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	5uei_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/5uei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/5uei	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uf1C 5uf4C 5ufbC 5ufcC 5ufdC 5uffC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ufd-1 3m19-1 3dep-d 1byf-d 5j7c-1 3e8t-d 3m19-2 3k05-2 4dx2-2 3k0h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: O13

ヘテロ分子

27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.663, 86.663, 38.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	O13 分子量: 27459.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 22% PEG4000, 0.14 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月16日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 31376 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	CC_1/2	% possible all
1.7-1.73	10.9	0.923	17989	1573	0.824	100
1.73-1.76	10.7	0.739			0.888	100
1.76-1.79	10.4	0.662			0.885	99.9
1.79-1.83	10	0.53			0.918	98.8
1.83-1.87	11.3	0.43			0.955	100
1.87-1.91	11.2	0.344			0.966	100
1.91-1.96	11.2	0.274			0.977	100
1.96-2.02	11.1	0.232			0.983	100
2.02-2.07	10.9	0.197			0.986	100
2.07-2.14	10.6	0.171			0.99	99.7
2.14-2.22	10.1	0.149			0.99	99.8
2.22-2.31	11.4	0.136			0.995	100
2.31-2.41	11.3	0.123			0.993	100
2.41-2.54	11.2	0.11			0.995	100
2.54-2.7	11	0.098			0.996	100
2.7-2.91	10.3	0.088			0.996	99.8
2.91-3.2	11.6	0.081			0.997	100
3.2-3.66	11.3	0.072			0.997	100
3.66-4.61	10.5	0.065			0.997	99.9
4.61-50	10.6	0.065			0.997	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
DENZO		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 1.702→43.331 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.43

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1846	1524	4.86 %
R_work	0.1585	-	-
obs	0.1598	31361	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.84 Å² / B_iso mean: 33.5809 Å² / B_iso min: 16.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.702→43.331 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1883	0	13	278	2174
B_iso mean	-	-	42.28	43.78	-
残基数	-	-	-	-	246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1942
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3	2641
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	340
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.403	707

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7022-1.7571	0.2666	157	0.2251	2647	2804	99
1.7571-1.8199	0.2303	167	0.1977	2665	2832	99
1.8199-1.8928	0.2212	132	0.1804	2707	2839	100
1.8928-1.9789	0.2005	148	0.1586	2666	2814	100
1.9789-2.0833	0.2096	120	0.1579	2707	2827	100
2.0833-2.2138	0.1851	122	0.1498	2722	2844	100
2.2138-2.3847	0.2024	126	0.1548	2715	2841	100
2.3847-2.6247	0.1805	123	0.1608	2741	2864	100
2.6247-3.0044	0.2225	142	0.1742	2695	2837	100
3.0044-3.7849	0.1742	150	0.154	2757	2907	100
3.7849-43.3455	0.1517	137	0.1475	2815	2952	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 28.0418 Å / Origin y: 18.1227 Å / Origin z: 4.5571 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1529 Å²	0.0026 Å²	-0.0225 Å²	-	0.188 Å²	-0.0153 Å²	-	-	0.1667 Å²
L	0.8849 °²	-0.8661 °²	-0.0332 °²	-	2.4478 °²	0.2377 °²	-	-	0.6057 °²
S	0.0306 Å °	-0.0257 Å °	-0.0377 Å °	-0.0924 Å °	-0.0901 Å °	0.3004 Å °	0.0304 Å °	-0.0548 Å °	0.0428 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	17 - 262
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 2
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 293

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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