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- PDB-5uf4: Crystal Structure of Variable Lymphocyte Receptor (VLR) O13 with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uf4
タイトルCrystal Structure of Variable Lymphocyte Receptor (VLR) O13 with LNnT bound
要素O13
キーワードIMMUNE SYSTEM / variable lymphocyte receptors / VLR / leucine-rich repeat / LRR / adaptive immunity / sea lamprey / jawless fish / receptor / glycan binding / glycan receptor
生物種Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Gunn, R.J. / Collins, B.C. / McKitrick, T.R. / Cummings, R.D. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into VLR Fine Specificity for Blood Group Carbohydrates.
著者: Collins, B.C. / Gunn, R.J. / McKitrick, T.R. / Cummings, R.D. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R. / Wilson, I.A.
履歴
登録2017年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O13
B: O13
C: O13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4596
ポリマ－82,3363
非ポリマー2,1233
水14,394799
1
A: O13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1532
ポリマ－27,4451
非ポリマー7081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: O13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1532
ポリマ－27,4451
非ポリマー7081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: O13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1532
ポリマ－27,4451
非ポリマー7081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.423, 82.423, 227.481
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-464-

HOH

21C-615-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...
21(chain B and (resseq 22:23 or resseq 25:118 or resseq 120:142 or resseq 144:161 or resseq 163:262))
31(chain C and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...
12(chain C and (resseq 301:304))
22(chain A and (resseq 301:304))
32(chain B and (resseq 301:304))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...A22 - 23
121(chain A and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...A25 - 62
131(chain A and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...A63
141(chain A and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...A22 - 262
151(chain A and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...A22 - 262
161(chain A and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...A22 - 262
171(chain A and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...A22 - 262
181(chain A and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...A22 - 262
191(chain A and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...A22 - 262
1101(chain A and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...A22 - 262
211(chain B and (resseq 22:23 or resseq 25:118 or resseq 120:142 or resseq 144:161 or resseq 163:262))B22 - 23
221(chain B and (resseq 22:23 or resseq 25:118 or resseq 120:142 or resseq 144:161 or resseq 163:262))B25 - 118
231(chain B and (resseq 22:23 or resseq 25:118 or resseq 120:142 or resseq 144:161 or resseq 163:262))B120 - 142
241(chain B and (resseq 22:23 or resseq 25:118 or resseq 120:142 or resseq 144:161 or resseq 163:262))B144 - 161
251(chain B and (resseq 22:23 or resseq 25:118 or resseq 120:142 or resseq 144:161 or resseq 163:262))B163 - 262
311(chain C and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...C22 - 23
321(chain C and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...C25 - 62
331(chain C and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...C63
341(chain C and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...C22 - 262
351(chain C and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...C22 - 262
361(chain C and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...C22 - 262
371(chain C and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...C22 - 262
381(chain C and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...C22 - 262
391(chain C and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...C22 - 262
3101(chain C and (resseq 22:23 or resseq 25:62 or (resid...C22 - 262
112(chain C and (resseq 301:304))C301 - 304
212(chain A and (resseq 301:304))A301 - 304
312(chain B and (resseq 301:304))B301 - 304

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 O13


分子量: 27445.322 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 707.630 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-2/a4-b1_b3-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 7.5 mg/mL O13 protein, 1.25 mM LnNT, 20% Peg4000, 0.2 M ammonium sufate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月25日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→46.81 Å / Num. obs: 46172 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 15.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.04-2.0820.61811170.491144.4
2.08-2.112.20.4890.576152.8
2.11-2.152.40.5430.572164.4
2.15-2.22.60.5140.602172.1
2.2-2.252.90.4860.637182.6
2.25-2.33.30.4940.648191.3
2.3-2.353.80.510.636197.6
2.35-2.424.60.5190.734199.7
2.42-2.495.80.5060.8331100
2.49-2.577.50.4680.9331100
2.57-2.669.60.4490.9711100
2.66-2.779.90.4110.9781100
2.77-2.899.90.3280.9851100
2.89-3.059.90.2970.9891100
3.05-3.249.80.240.9881100
3.24-3.499.80.1940.9891100
3.49-3.849.80.1620.9911100
3.84-4.399.70.1250.9941100
4.39-5.539.50.1260.9931100
5.53-46.818.90.1010.9961100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UEI

5uei


解像度: 2.04→46.809 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2241 2281 4.96 %
Rwork0.1945 --
obs0.1959 46005 90.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.93 Å2 / Biso mean: 17.3641 Å2 / Biso min: 1.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→46.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5558 0 144 799 6501
Biso mean--18.46 25 -
残基数----723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045841
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7567988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043967
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004999
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8983641
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3369X-RAY DIFFRACTION9.163TORSIONAL
12B3369X-RAY DIFFRACTION9.163TORSIONAL
13C3369X-RAY DIFFRACTION9.163TORSIONAL
21A78X-RAY DIFFRACTION9.163TORSIONAL
22B78X-RAY DIFFRACTION9.163TORSIONAL
23C78X-RAY DIFFRACTION9.163TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.04-2.08440.2793730.27141340141345
2.0844-2.13290.3391850.2691663174856
2.1329-2.18620.28771000.2632028212868
2.1862-2.24530.25571470.24582396254381
2.2453-2.31140.2751680.23352697286592
2.3114-2.3860.23161520.22112959311199
2.386-2.47130.26061360.214329973133100
2.4713-2.57020.25421710.202229863157100
2.5702-2.68720.26441690.200829803149100
2.6872-2.82880.2141360.205530383174100
2.8288-3.0060.25231600.208330043164100
3.006-3.23810.22961470.202330533200100
3.2381-3.56380.19581480.176730663214100
3.5638-4.07920.17831750.156230503225100
4.0792-5.13840.17971450.145731533298100
5.1384-46.82150.18981690.178833143483100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.33630.1711-0.19420.7306-0.05820.5156-0.05860.12860.0393-0.20830.07890.0786-0.0383-0.05360.00030.1171-0.008-0.00450.1370.00910.12413.445530.2716-20.5389
20.70460.29250.40410.4634-0.29750.5769-0.00370.0214-0.0377-0.07550.018-0.07070.06250.013-00.0735-0.00080.01230.0925-0.02070.094210.587318.2504-8.4414
30.5101-0.0031-0.20210.1419-0.08540.39330.03470.1238-0.06660.0203-0.102-0.05430.0659-0.2117-0.04090.0873-0.005900.0977-0.01970.091714.354211.50521.9074
40.2668-0.16020.17920.6428-0.40910.37780.05770.03040.02530.0439-0.0424-0.0682-0.03520.05440.0130.1018-0.0051-0.00320.09010.00080.093718.782412.655312.0586
50.48980.01550.00330.38260.2220.19130.0627-0.0674-0.14510.04660.016-0.33490.07630.22220.00330.15180.00930.0070.1455-0.00350.206424.8098-29.6786-11.075
61.2668-0.52540.39620.7747-0.27220.7709-0.03730.00410.00670.0130.0263-0.0232-0.00610.0110.03980.1065-0.02320.01370.0567-0.00620.05311.8937-13.9798-14.1539
70.00380.00550.02740.02490.00840.0111-0.22150.0557-0.5549-0.18930.1579-0.12140.3790.0335-00.2945-0.02710.00880.25770.01420.287651.5789-5.3305-11.0905
80.4345-0.0640.10660.13870.09980.24550.0192-0.1231-0.1410.1022-0.07010.25030.1257-0.13990.03910.1905-0.04270.03390.2678-0.01230.228541.8636-1.0128-17.0764
90.1762-0.0679-0.06560.3032-0.21380.22610.0332-0.16350.06340.05160.04120.04510.0302-0.22140.00050.14860.0151-0.00330.26-0.01030.220839.44628.6607-22.798
100.06610.0455-0.0740.1162-0.1520.2206-0.04430.0310.30230.04520.15950.1457-0.2227-0.36140.00360.20040.0590.01560.3069-0.02030.354137.787516.2936-25.7236
11-0.0081-0.01140.02330.0221-0.04410.0471-0.0711-0.4282-0.0752-0.08050.38380.2044-0.0782-0.08580.00210.2030.0064-0.02670.3408-0.01380.302836.128813.0666-36.1507
120.160.0138-0.0570.1614-0.13130.1616-0.01120.06530.2438-0.02990.07410.0432-0.1506-0.2780.00050.22960.0222-0.02690.2718-0.00530.258140.938520.4915-35.149
130.15250.2912-0.22460.4165-0.02450.46330.06250.18970.1182-0.0306-0.01020.0266-0.2127-0.0630.00410.18850.021-0.01020.22770.02670.265446.345621.63-41.7572
140.00670.0059-0.0058-0.0105-0.01220.0134-0.15070.2689-0.04320.0530.15510.0879-0.0796-0.15050.00040.16710.0092-0.01550.24750.01180.220549.387417.4089-49.0872
150.0194-0.0347-0.02980.06990.06390.04470.0545-0.07890.2875-0.2299-0.07530.034-0.3253-0.2869-0.00030.20340.0548-0.01550.39880.07030.289638.096326.8181-53.5017
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 94 )A22 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 95 through 163 )A95 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 164 through 189 )A164 - 189
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 190 through 262 )A190 - 262
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 22 through 75 )B22 - 75
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 76 through 262 )B76 - 262
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 22 through 34 )C22 - 34
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 35 through 94 )C35 - 94
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 95 through 132 )C95 - 132
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 133 through 151 )C133 - 151
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 152 through 163 )C152 - 163
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 164 through 189 )C164 - 189
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 190 through 231 )C190 - 231
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 232 through 247 )C232 - 247
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 248 through 262 )C248 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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