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Yorodumi- PDB-5uei: Crystal Structure of Variable Lymphocyte Receptor (VLR) O13 (Apo) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uei | ||||||
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Title | Crystal Structure of Variable Lymphocyte Receptor (VLR) O13 (Apo) | ||||||
Components | O13 | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / variable lymphocyte receptors / VLR / leucine-rich repeat / LRR / adaptive immunity / sea lamprey / jawless fish / receptor / glycan binding / glycan receptor | ||||||
Biological species | Petromyzon marinus (sea lamprey) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.702 Å | ||||||
Authors | Gunn, R.J. / Collins, B.C. / McKitrick, T.R. / Cummings, R.D. / Herrin, B.R. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2017 Title: Structural Insights into VLR Fine Specificity for Blood Group Carbohydrates. Authors: Collins, B.C. / Gunn, R.J. / McKitrick, T.R. / Cummings, R.D. / Cooper, M.D. / Herrin, B.R. / Wilson, I.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uei.cif.gz | 118.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5uei.ent.gz | 94.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uei.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/5uei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/5uei | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5uf1C 5uf4C 5ufbC 5ufcC 5ufdC 5uffC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27459.350 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Petromyzon marinus (sea lamprey) / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) | ||
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#2: Chemical | ChemComp-CL / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 22% PEG4000, 0.14 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.97946 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 16, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 31376 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 26.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 6.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.702→43.331 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 18.43
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.84 Å2 / Biso mean: 33.5809 Å2 / Biso min: 16.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.702→43.331 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 28.0418 Å / Origin y: 18.1227 Å / Origin z: 4.5571 Å
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Refinement TLS group |
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