PDB-5udk: IFIT1 monomeric mutant (L457E/L464E) with PPP-AAAA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5udk

タイトル

IFIT1 monomeric mutant (L457E/L464E) with PPP-AAAA

要素

Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1
RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*AP*AP*A)-3')

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / mRNA cap / Triphosphate RNA / tetratricopeptide repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA sequestering activity / intracellular transport of viral protein in host cell / cellular response to type I interferon / negative regulation of viral translation / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / enzyme inhibitor activity / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of protein binding / antiviral innate immune response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Abbas, Y.M. / Martinez-Montero, S. / Damha, M.J. / Nagar, B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structure of human IFIT1 with capped RNA reveals adaptable mRNA binding and mechanisms for sensing N1 and N2 ribose 2'-O methylations.
著者: Abbas, Y.M. / Laudenbach, B.T. / Martinez-Montero, S. / Cencic, R. / Habjan, M. / Pichlmair, A. / Damha, M.J. / Pelletier, J. / Nagar, B.

履歴

登録	2016年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5udk.cif.gz	302 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5udk.ent.gz	248.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5udk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5udk_validation.pdf.gz	481.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5udk_full_validation.pdf.gz	484.8 KB	表示
XML形式データ	5udk_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	5udk_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5udk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5udk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5udiC 5udjC 5udlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5udj-d 5y7p-3 2w5w-d 5jmo-2 5y7p-1 6mqk-6 2rf8-d 6i1f-d 5gk5-1 5y7p-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (7) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1

B: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

57.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.432, 112.432, 93.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	93
Space group name H-M	P4₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-712- HOH
2	1	A-817- HOH

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1 / IFIT-1 / Interferon-induced 56 kDa protein / P56 分子量: 55564.328 Da / 分子数: 1 / 変異: L457E, L464E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFIT1, G10P1, IFI56, IFNAI1, ISG56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09914
#2: RNA鎖	RNA (5'-D((ATP))-R(PAPAPA)-3') 分子量: 1431.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)

-
非ポリマー , 5種, 341分子

#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 27 - 32 % PEG 200, 0.1 M Tris pH 8.1, 200 mM CaCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 94 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 71944 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.2 % / B_iso Wilson estimate: 20.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 30.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
1.65-1.68	9.4	0.769	1	95.2
1.68-1.71	11.1	0.848	1	98.3	1
1.71-1.74	13.6	0.888	1	100	0.846
1.74-1.78	14.6	0.93	1	100	0.742
1.78-1.82	14.7	0.951	1	100	0.605
1.82-1.86	14.7	0.963	1	100	0.505
1.86-1.9	14.7	0.975	1	100	0.42
1.9-1.96	14.8	0.982	1	100	0.331
1.96-2.01	14.7	0.989	1	100	0.254
2.01-2.08	14.8	0.993	1	100	0.207
2.08-2.15	14.8	0.995	1	100	0.161
2.15-2.24	14.8	0.996	1	100	0.14
2.24-2.34	14.8	0.997	1	100	0.12
2.34-2.46	14.8	0.997	1	100	0.105
2.46-2.62	14.8	0.998	1	100	0.086
2.62-2.82	14.8	0.999	1	100	0.074
2.82-3.11	14.8	0.998	1	100	0.074
3.11-3.55	14.7	0.998	1	100	0.067
3.55-4.48	14.5	0.999	1	100	0.05
4.48-50	13.8	0.999	1	99.7	0.044

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10_2142	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→44.249 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.99

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1842	3560	4.95 %
R_work	0.164	-	-
obs	0.165	71911	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 169.28 Å² / B_iso mean: 34.0154 Å² / B_iso min: 11.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→44.249 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3765	97	101	335	4298
B_iso mean	-	-	67.76	32.63	-
残基数	-	-	-	-	465

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	4058
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.166	5473
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	583
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	689
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.079	2502

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6726	0.2682	153	0.242	2548	2701	95
1.6726-1.6965	0.2785	135	0.2271	2657	2792	98
1.6965-1.7218	0.2364	125	0.2028	2686	2811	99
1.7218-1.7487	0.214	161	0.1925	2677	2838	100
1.7487-1.7774	0.2428	125	0.1852	2724	2849	100
1.7774-1.8081	0.2002	140	0.1797	2698	2838	100
1.8081-1.8409	0.2117	145	0.1781	2709	2854	100
1.8409-1.8763	0.188	126	0.1736	2735	2861	100
1.8763-1.9146	0.2153	142	0.1757	2711	2853	100
1.9146-1.9563	0.1856	141	0.1725	2706	2847	100
1.9563-2.0018	0.2177	127	0.1791	2721	2848	100
2.0018-2.0518	0.1975	166	0.1644	2699	2865	100
2.0518-2.1073	0.1897	149	0.1619	2699	2848	100
2.1073-2.1693	0.1957	137	0.1617	2760	2897	100
2.1693-2.2393	0.1706	146	0.1546	2720	2866	100
2.2393-2.3194	0.1937	125	0.151	2745	2870	100
2.3194-2.4122	0.1818	131	0.1516	2736	2867	100
2.4122-2.522	0.1878	132	0.1525	2767	2899	100
2.522-2.655	0.178	141	0.1593	2756	2897	100
2.655-2.8213	0.1969	135	0.1668	2766	2901	100
2.8213-3.0391	0.2091	145	0.1801	2764	2909	100
3.0391-3.3448	0.1973	164	0.1845	2755	2919	100
3.3448-3.8286	0.1732	147	0.1595	2808	2955	100
3.8286-4.8227	0.147	155	0.133	2820	2975	100
4.8227-44.2648	0.1535	167	0.1614	2984	3151	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0857	0.2387	-0.002	0.2382	-0.2434	0.1582	-0.0088	0.0473	0.078	-0.0948	-0.0636	-0.057	0.0188	0.0382	-0.0002	0.1488	0.0148	-0.0098	0.1782	0.008	0.1971	46.3584	17.9347	-160.4156
2	0.3332	0.1039	-0.067	0.43	-0.0017	0.4238	-0.0141	0.0401	0.2388	-0.0188	-0.0156	0.0892	-0.0838	-0.0913	0.0048	0.1709	0.0029	-0.0093	0.1346	-0.0058	0.2401	43.3173	28.6776	-155.7917
3	0.1847	0.207	0.1053	0.3996	-0.024	0.6723	-0.003	-0.0144	0.0023	0.0401	0.0067	0.0051	0.0266	-0.0415	0	0.147	0.0155	-0.001	0.1309	0.0055	0.1404	31.0032	6.3031	-152.9711
4	0.1161	-0.0949	0.0017	0.0518	-0.0096	0.0163	0.0016	0.0844	-0.0745	0.037	-0.0057	0.1145	0.0802	-0.0076	-0	0.2151	-0.0134	-0.0248	0.1942	-0.0268	0.1916	21.7689	-7.1746	-176.0455
5	0.0511	-0.0499	-0.0217	0.1145	-0.0114	0.0777	-0.1648	0.1419	-0.0299	-0.0736	0.1264	-0.0097	-0.0143	-0.077	-0.0048	0.2177	-0.046	-0.0072	0.2297	-0.0235	0.1448	24.1288	-2.0184	-182.0304
6	0.0463	-0.0875	0.0078	0.0593	0.0161	0.06	-0.0697	0.1019	0.1094	-0.0919	0.0547	-0.0182	0.0637	0.0867	-0.0003	0.2201	0.0121	-0.0043	0.2035	-0.0173	0.1517	38.9342	-5.1026	-177.893
7	0.1837	-0.0723	0.0098	0.1441	-0.0883	0.0926	0.0439	0.0952	-0.0619	0.0301	0.0275	-0.0255	0.2091	0.0975	0.0617	0.269	0.0828	-0.0212	0.2309	-0.0636	0.1995	43.0311	-16.8847	-173.5321
8	0.2087	0.2432	-0.0345	0.2918	-0.1323	0.8319	0.2929	-0.1077	-0.341	-0.0682	0.0154	0.1866	0.2082	-0.1534	0.2798	0.3086	0.0228	-0.1395	0.1837	-0.0689	0.3697	45.9992	-32.8537	-170.2051
9	0.0069	-0.02	0.0143	0.0043	-0.0004	0.0181	-0.0227	-0.1191	-0.0127	0.0761	0.0104	-0.0028	0.2669	0.1185	0	0.2228	-0.0066	0.0057	0.1814	-0.0106	0.1536	32.5638	-4.3028	-165.3957
10	0.0091	-0.0016	0.0043	0.0294	0.0037	0.0045	-0.0452	0.119	0.1164	0.0283	0.1119	0.0501	0.0844	-0.1133	-0.0001	0.1577	0.0147	-0.0011	0.1361	0.0036	0.1835	35.8253	5.6857	-162.4485

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 45 )	A	8 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 127 )	A	46 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 128 through 284 )	A	128 - 284
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 285 through 311 )	A	285 - 311
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 312 through 335 )	A	312 - 335
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 336 through 373 )	A	336 - 373
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 374 through 412 )	A	374 - 412
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 413 through 467 )	A	413 - 467
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2 through 4 )	B	2 - 4
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and resid ' 1 '	B	1

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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