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- PDB-5udc: Crystal Structure of RSV F A2 Bound to MEDI8897 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5udc
タイトルCrystal Structure of RSV F A2 Bound to MEDI8897
要素
  • Fusion glycoprotein F0
  • MEDI8897 Fab Heavy Chain
  • MEDI8897 Fab Light Chain
キーワードViral Protein/Immune System / immune system / antibody / fusion glycoprotein / virus / Viral Protein-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated induction of syncytium formation / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated induction of syncytium formation / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者McLellan, J.S.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2017
タイトル: A highly potent extended half-life antibody as a potential RSV vaccine surrogate for all infants.
著者: Zhu, Q. / McLellan, J.S. / Kallewaard, N.L. / Ulbrandt, N.D. / Palaszynski, S. / Zhang, J. / Moldt, B. / Khan, A. / Svabek, C. / McAuliffe, J.M. / Wrapp, D. / Patel, N.K. / Cook, K.E. / ...著者: Zhu, Q. / McLellan, J.S. / Kallewaard, N.L. / Ulbrandt, N.D. / Palaszynski, S. / Zhang, J. / Moldt, B. / Khan, A. / Svabek, C. / McAuliffe, J.M. / Wrapp, D. / Patel, N.K. / Cook, K.E. / Richter, B.W.M. / Ryan, P.C. / Yuan, A.Q. / Suzich, J.A.
履歴
登録2016年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: MEDI8897 Fab Heavy Chain
L: MEDI8897 Fab Light Chain
F: Fusion glycoprotein F0
B: MEDI8897 Fab Heavy Chain
C: MEDI8897 Fab Light Chain
A: Fusion glycoprotein F0
E: MEDI8897 Fab Heavy Chain
G: MEDI8897 Fab Light Chain
D: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,05812
ポリマ－332,1049
非ポリマー1,9553
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31730 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area105660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.780, 126.310, 162.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 27 through 97 or resid 137 through 512))
21(chain D and resid 27 through 512)
31(chain F and (resid 27 through 97 or resid 137 through 512))
12chain C
22(chain G and resid 1 through 211)
32chain L
13(chain B and (resid 2 through 126 or resid 135 through 211))
23(chain E and resid 2 through 211)
33(chain H and (resid 2 through 126 or resid 135 through 211))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNMETMET(chain A and (resid 27 through 97 or resid 137 through 512))AF27 - 9727 - 97
121PHEPHELEULEU(chain A and (resid 27 through 97 or resid 137 through 512))AF137 - 512137 - 512
211ASNASNLEULEU(chain D and resid 27 through 512)DI27 - 51227 - 512
311ASNASNMETMET(chain F and (resid 27 through 97 or resid 137 through 512))FC27 - 9727 - 97
321PHEPHELEULEU(chain F and (resid 27 through 97 or resid 137 through 512))FC137 - 512137 - 512
112ASPASPARGARGchain CCE1 - 2111 - 211
212ASPASPARGARG(chain G and resid 1 through 211)GH1 - 2111 - 211
312ASPASPARGARGchain LLB1 - 2111 - 211
113VALVALPROPRO(chain B and (resid 2 through 126 or resid 135 through 211))BD2 - 1262 - 139
123THRTHRVALVAL(chain B and (resid 2 through 126 or resid 135 through 211))BD135 - 211148 - 224
213VALVALVALVAL(chain E and resid 2 through 211)EG2 - 2112 - 224
313VALVALPROPRO(chain H and (resid 2 through 126 or resid 135 through 211))HA2 - 1262 - 139
323THRTHRVALVAL(chain H and (resid 2 through 126 or resid 135 through 211))HA135 - 211148 - 224

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 MEDI8897 Fab Heavy Chain


分子量: 24157.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 MEDI8897 Fab Light Chain


分子量: 23325.865 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Fusion glycoprotein F0 / Protein F


分子量: 63218.344 Da / 分子数: 3 / Mutation: S155C, S290C, S190F, V207L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (ウイルス)
株: A2 / プラスミド: paH / Cell (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1883.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,11,10/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-j1_h2-i1_j2-k1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% w/v PEG8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.1 M Tris/BICINE pH 8.5, 0.02 M carboxylic acids, 0.3 M NDSB-195

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→43.14 Å / Num. obs: 53451 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 111.68 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 165678 / Scaling rejects: 145
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.45-3.563.10.5657270.77199.7
14.22-43.142.90.0340.997189.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JHW

4jhw


解像度: 3.45→43.139 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.73
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2324 2650 4.96 %Random
Rwork0.1747 ---
obs0.1775 53376 98.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 358.08 Å2 / Biso mean: 138.6 Å2 / Biso min: 53.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.45→43.139 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20195 0 129 0 20324
Biso mean--158.48 --
残基数----2635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00720737
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96128224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0563359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.97912535
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6309X-RAY DIFFRACTION8.431TORSIONAL
12D6309X-RAY DIFFRACTION8.431TORSIONAL
13F6309X-RAY DIFFRACTION8.431TORSIONAL
21C3035X-RAY DIFFRACTION8.431TORSIONAL
22G3035X-RAY DIFFRACTION8.431TORSIONAL
23L3035X-RAY DIFFRACTION8.431TORSIONAL
31B2957X-RAY DIFFRACTION8.431TORSIONAL
32E2957X-RAY DIFFRACTION8.431TORSIONAL
33H2957X-RAY DIFFRACTION8.431TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4501-3.51280.36191520.31172662281499
3.5128-3.58030.31661290.27726642793100
3.5803-3.65330.28651500.259526412791100
3.6533-3.73270.28921370.24622696283399
3.7327-3.81950.35891380.24872680281899
3.8195-3.9150.27061460.24132632277899
3.915-4.02070.25091340.21526942828100
4.0207-4.1390.2461120.19592697280999
4.139-4.27240.2391630.17062657282099
4.2724-4.4250.22311520.15382658281099
4.425-4.6020.17161200.15072654277499
4.602-4.81120.22381450.13712693283899
4.8112-5.06450.19781280.13762692282099
5.0645-5.38120.19861520.15362638279098
5.3812-5.79580.21411560.15432679283599
5.7958-6.37740.26021160.17312665278198
6.3774-7.29630.21711340.17872686282098
7.2963-9.1780.20091500.14982666281698
9.178-43.14270.22411360.15522672280896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.48893.3247-0.13617.7993-1.89175.2192-0.21351.1665-0.7512-0.08860.25270.54070.6552-0.414-0.02630.6698-0.11450.10221.231-0.4011.3452-63.80312.967-52.471
27.20151.4621-1.54344.8949-0.7274.5394-0.1421-0.71610.25270.67160.10411.25770.44920.13760.01450.7685-0.030.08331.0688-0.25811.3292-65.99711.642-45.47
36.39164.92884.71834.81763.71053.47020.6035-2.4154-0.95921.1681-0.4522-1.0795-1.4642-3.19860.10592.43210.02890.85872.6015-0.02262.1509-86.17512.215-22.478
43.63681.38631.82291.7849-0.95683.86830.5994-1.73020.52530.47810.365-0.6648-0.9367-0.7952-0.73642.0715-0.51040.97112.1239-0.27182.1065-80.58713.298-27.423
56.10050.9671-2.13980.1795-0.38780.82620.01171.25691.08070.30160.31460.1426-0.8753-1.63730.05251.75910.23140.34052.4021-0.02482.3202-88.77918.783-31.546
62.9289-0.69942.57093.675-4.83877.70490.1012-0.634-0.05651.4263-0.2858-0.6870.16220.66510.13871.2235-0.1248-0.02311.524-0.2641.2035-48.63915.653-32.962
73.212.85911.08284.36823.0893.24562.339-2.26690.5992.1884-0.6282-0.8634-0.58690.8269-1.99561.8831-0.21470.23571.7749-0.13391.3864-54.64716.747-28.43
88.84031.52251.18615.9235-3.89513.43720.4539-1.5434-1.33631.5394-0.36060.12470.2123-0.024-0.39591.2625-0.15010.06491.1001-0.00181.1226-55.41111.339-29.163
93.06042.14881.65222.60342.60792.5940.4464-3.4361-0.37021.5336-1.23872.38910.7602-1.17270.66152.4403-0.29511.32383.12350.23163.0721-82.7135.878-16.592
105.41584.8958-4.35774.8367-4.89726.36870.4874-2.0413-1.11392.94541.33050.0378-1.9232-1.6054-1.60672.7079-0.40730.74982.60080.19812.5368-74.7465.702-17.714
110.17650.76-0.27385.0614-1.39540.80731.4124-4.1179-1.8650.0718-1.222-0.83820.22750.1481-0.33041.8264-0.74010.63023.4780.20612.2195-88.886-0.673-15.378
120.37540.23390.20471.8871.42021.0306-0.8948-2.1103-0.41220.3204-1.3599-0.0190.58171.0341.26862.1909-0.73791.04343.25780.93041.0209-81.3326.299-6.215
134.1786-0.1236-0.95390.29470.45871.37060.0080.5963-0.06240.01880.0003-0.09990.0860.18310.00110.68130.05-0.17420.8063-0.00230.9632-8.88523.939-61.255
146.9491-1.1294-3.03520.99050.87774.668-0.02340.2672-0.2256-0.1142-0.14320.40620.2435-0.38460.14070.6499-0.0341-0.16170.9115-0.04640.878-26.78620.022-64.341
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172.01840.6711-0.13253.29720.74041.8713-0.1820.2246-0.024-0.09050.4363-0.5542-0.14990.4784-0.26240.5782-0.0383-0.08581.3836-0.10931.231217.51830.692-65.484
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284.34940.9918-0.3391.23510.75164.8084-0.36630.80610.993-0.7568-0.0299-0.4444-0.83670.62070.45241.2323-0.3219-0.14861.15770.53061.40.02155.011-88.475
293.4477-1.0472-0.30451.65591.81961.41010.00091.22120.5042-0.42890.0269-0.8151-0.76640.94770.19811.5555-0.4340.11131.97890.33231.41615.59750.536-94.729
309.1745-1.63340.62564.4641-4.26038.78160.0151-0.5088-0.20.79880.0475-0.5492-1.5978-1.184-0.03551.40480.3588-0.29551.2343-0.34130.8856-51.79179.303-35.453
313.85720.9285-3.20753.36693.10867.62360.7092-0.4592-0.43790.4534-0.3659-0.52890.03780.0052-0.45791.17780.3344-0.16820.8971-0.18181.0413-46.95171.805-44.258
329.8583-1.4246-0.94165.28680.82959.61050.6958-0.02941.80690.23120.5308-1.3472-1.6342-0.1623-1.43351.29710.26060.00660.7124-0.19331.4154-45.90279.806-43.696
338.9558-2.4791-6.08243.44574.42966.96710.17911.2109-0.65320.03780.062-0.0901-0.8699-1.2574-0.22091.15060.2408-0.13560.8402-0.21220.8852-55.48176.466-44.332
343.2228-4.442-2.90076.2774.18483.17920.33850.04480.31820.9016-0.1339-0.87820.60430.1755-0.29041.20060.3518-0.23910.8829-0.06961.0604-46.33267.885-41.706
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379.37733.2963-7.98489.0474-2.74819.66790.16150.3452-1.39130.6788-0.1829-1.5805-1.1095-0.5753-0.28021.3759-0.008-0.07281.8298-0.47471.02-73.9781.793-21.083
386.67762.4582-0.75335.225-0.39244.61520.35980.7452-1.0725-0.23-0.50820.86890.2006-0.80350.20571.04210.3065-0.24251.1682-0.52361.4423-59.35254.869-44.713
391.1544-0.7632-0.84128.2740.58562.19110.10790.5732-0.8432-1.1068-0.83291.8416-0.5736-1.09010.65541.22350.293-0.33382.2816-0.75871.7488-89.74271.55-32.809
403.9003-1.7383-3.42053.54534.06335.5331-0.15430.42520.5384-0.44150.0505-0.153-0.5077-0.0920.17150.7224-0.0149-0.35121.04220.26231.0539-19.95140.335-73.697
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443.0427-2.4366-3.55718.13013.09534.4514-0.79870.2150.1131-0.26310.70350.1407-0.14860.19280.28710.7938-0.1832-0.04671.21330.10730.7134-6.32229.213-89.381
454.3016-0.4601-1.40664.9674-1.27453.9228-0.28721.0028-0.2455-0.4730.4060.0272-0.00640.4002-0.08350.7716-0.1373-0.05851.2807-0.16210.8103-2.43318.008-88.984
469.51262.096-5.79182.3846-3.65785.8625-0.04681.8543-0.312-0.36450.0667-0.8967-0.0876-0.1164-0.10041.0371-0.23010.15121.7315-0.27041.18879.58724.929-100.076
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 2:82 )H2 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 83:124 )H83 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 125:145 )H125 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 146:188 )H146 - 188
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 189:211 )H189 - 211
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN L AND RESID 1:75 )L1 - 75
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN L AND RESID 76:90 )L76 - 90
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN L AND RESID 91:113 )L91 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN L AND RESID 114:150 )L114 - 150
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 151:174 )L151 - 174
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN L AND RESID 175:197 )L175 - 197
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN L AND RESID 198:211 )L198 - 211
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN F AND RESID 27:74 )F27 - 74
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN F AND RESID 75:201 )F75 - 201
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN F AND RESID 202:239 )F202 - 239
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN F AND RESID 240:332 )F240 - 332
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN F AND RESID 333:469 )F333 - 469
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN F AND RESID 470:513 )F470 - 513
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 2:111 )B2 - 111
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN B AND RESID 112:213 )B112 - 213
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND RESID 1:113 )C1 - 113
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN C AND RESID 114:211 )C114 - 211
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN A AND RESID 27:73 )A27 - 73
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN A AND RESID 74:201 )A74 - 201
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN A AND RESID 202:239 )A202 - 239
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN A AND RESID 240:309 )A240 - 309
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN A AND RESID 310:371 )A310 - 371
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN A AND RESID 372:458 )A372 - 458
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN A AND RESID 459:512 )A459 - 512
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN E AND RESID 1:28 )E1 - 28
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN E AND RESID 29:59 )E29 - 59
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN E AND RESID 60:82 )E60 - 82
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN E AND RESID 83:96 )E83 - 96
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN E AND RESID 97:111 )E97 - 111
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN E AND RESID 112:157 )E112 - 157
36X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN E AND RESID 158:194 )E158 - 194
37X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN E AND RESID 195:215 )E195 - 215
38X-RAY DIFFRACTION38( CHAIN G AND RESID 1:113 )G1 - 113
39X-RAY DIFFRACTION39( CHAIN G AND RESID 114:213 )G114 - 213
40X-RAY DIFFRACTION40( CHAIN D AND RESID 27:73 )D27 - 73
41X-RAY DIFFRACTION41( CHAIN D AND RESID 74:201 )D74 - 201
42X-RAY DIFFRACTION42( CHAIN D AND RESID 202:239 )D202 - 239
43X-RAY DIFFRACTION43( CHAIN D AND RESID 240:309 )D240 - 309
44X-RAY DIFFRACTION44( CHAIN D AND RESID 310:371 )D310 - 371
45X-RAY DIFFRACTION45( CHAIN D AND RESID 372:458 )D372 - 458
46X-RAY DIFFRACTION46( CHAIN D AND RESID 459:513 )D459 - 513

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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