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万見
- PDB-5ud7: Crystal Structure of Wild-Type Ig-like Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ud7
タイトルCrystal Structure of Wild-Type Ig-like Domain
要素Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ig-like domain / receptor / lipid binding / immunoregulatory
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of high-density lipoprotein particle clearance / regulation of toll-like receptor 6 signaling pathway / positive regulation of complement activation, classical pathway / detection of lipoteichoic acid / regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of hippocampal neuron apoptotic process / regulation of plasma membrane bounded cell projection organization / positive regulation of inward rectifier potassium channel activity / positive regulation of C-C chemokine receptor CCR7 signaling pathway / positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade ...positive regulation of high-density lipoprotein particle clearance / regulation of toll-like receptor 6 signaling pathway / positive regulation of complement activation, classical pathway / detection of lipoteichoic acid / regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of hippocampal neuron apoptotic process / regulation of plasma membrane bounded cell projection organization / positive regulation of inward rectifier potassium channel activity / positive regulation of C-C chemokine receptor CCR7 signaling pathway / positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / excitatory synapse pruning / positive regulation of CD40 signaling pathway / negative regulation of cell activation / detection of peptidoglycan / positive regulation of macrophage fusion / import into cell / sulfatide binding / positive regulation of engulfment of apoptotic cell / negative regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / negative regulation of fat cell proliferation / lipoteichoic acid binding / positive regulation of establishment of protein localization / positive regulation of synapse pruning / microglial cell activation involved in immune response / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / negative regulation of astrocyte activation / apolipoprotein A-I binding / respiratory burst after phagocytosis / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of microglial cell migration / negative regulation of autophagic cell death / Other semaphorin interactions / detection of lipopolysaccharide / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / negative regulation of p38MAPK cascade / high-density lipoprotein particle binding / very-low-density lipoprotein particle binding / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of glial cell apoptotic process / regulation of resting membrane potential / microglial cell proliferation / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / dendritic cell differentiation / complement-mediated synapse pruning / regulation of TOR signaling / low-density lipoprotein particle binding / positive regulation of microglial cell activation / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of phagocytosis, engulfment / phagocytosis, recognition / positive regulation of chemotaxis / cellular response to peptidoglycan / peptidoglycan binding / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of amyloid-beta clearance / kinase activator activity / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of amyloid fibril formation / positive regulation of kinase activity / cellular response to lipid / apoptotic cell clearance / regulation of interleukin-6 production / dendritic spine maintenance / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of sequestering of triglyceride / phagocytosis, engulfment / regulation of innate immune response / positive regulation of ATP biosynthetic process / pyroptotic inflammatory response / phosphatidylserine binding / negative regulation of cholesterol storage / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / plasma membrane raft / lipid homeostasis / cellular response to lipoteichoic acid / lipoprotein particle binding / apolipoprotein binding / humoral immune response / positive regulation of interleukin-10 production / social behavior / regulation of lipid metabolic process / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of cholesterol efflux / response to axon injury / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phagocytosis / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of calcium-mediated signaling / negative regulation of autophagy / osteoclast differentiation
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.20002253654 Å
Model detailsIg-like Domain
データ登録者Sudom, A. / Min, X. / Wang, Z.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Molecular basis for the loss-of-function effects of the Alzheimer's disease-associated R47H variant of the immune receptor TREM2.
著者: Sudom, A. / Talreja, S. / Danao, J. / Bragg, E. / Kegel, R. / Min, X. / Richardson, J. / Zhang, Z. / Sharkov, N. / Marcora, E. / Thibault, S. / Bradley, J. / Wood, S. / Lim, A.C. / Chen, H. / ...著者: Sudom, A. / Talreja, S. / Danao, J. / Bragg, E. / Kegel, R. / Min, X. / Richardson, J. / Zhang, Z. / Sharkov, N. / Marcora, E. / Thibault, S. / Bradley, J. / Wood, S. / Lim, A.C. / Chen, H. / Wang, S. / Foltz, I.N. / Sambashivan, S. / Wang, Z.
履歴
登録2016年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
B: Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
C: Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
D: Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
E: Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
F: Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,88718
ポリマ－114,8306
非ポリマー2,05812
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)160.664, 160.664, 86.574
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw

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要素

#1: タンパク質
Triggering receptor expressed on myeloid cells 2 / TREM-2 / Triggering receptor expressed on monocytes 2


分子量: 19138.254 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TREM2 / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZC2
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 % / Mosaicity: 0.13 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.9
詳細: 0.2 M sodium iodide, 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris 7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月24日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.4930209421 Å / Num. obs: 57945 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / Biso Wilson estimate: 42.4850452186 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.266 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.2627.63.5350.4591100
9.59-47.4919.70.0590.999199.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.595
最高解像度最低解像度
Rotation47.49 Å2.48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.5.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UD8

5ud8


解像度: 2.20002253654→47.4930209421 Å / SU ML: 0.291696042338 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34350982755 / 位相誤差: 28.6067442793
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277484697973 2944 5.08638562543 %
Rwork0.24082559937 54936 -
obs0.242745918946 57880 99.9982723173 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.0060292847 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.20002253654→47.4930209421 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5059 0 94 151 5304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00855722462055263
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.009533322347154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0582289866674828
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00565807987661891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.20199064423061
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.23610.334089583761240.3037415302262579X-RAY DIFFRACTION100
2.2361-2.27460.402128532351590.2953333920982560X-RAY DIFFRACTION100
2.2746-2.3160.3592745672241340.28830209762575X-RAY DIFFRACTION100
2.316-2.36060.2961606359281360.2747894140022580X-RAY DIFFRACTION100
2.3606-2.40870.3361047895421350.2787693182122594X-RAY DIFFRACTION100
2.4087-2.46110.3120830176071300.2655620510362600X-RAY DIFFRACTION100
2.4611-2.51840.3115784213061420.2639040460332547X-RAY DIFFRACTION100
2.5184-2.58130.3014650905791440.2681059458982590X-RAY DIFFRACTION100
2.5813-2.65110.3030159185281250.2654046069162599X-RAY DIFFRACTION100
2.6511-2.72910.3260222161671380.2688180849472601X-RAY DIFFRACTION100
2.7291-2.81720.3552699811671360.2726283559152599X-RAY DIFFRACTION100
2.8172-2.91790.3323767705171460.286419465062602X-RAY DIFFRACTION100
2.9179-3.03470.3198355170581430.2669374092922585X-RAY DIFFRACTION100
3.0347-3.17280.2962505030111310.2549336745542604X-RAY DIFFRACTION100
3.1728-3.340.2621319984721500.245672677592631X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.54920.2624707142921270.226778338932614X-RAY DIFFRACTION100
3.5492-3.82310.2867725838551490.2175398611032639X-RAY DIFFRACTION100
3.8231-4.20770.2311160603941420.2058571870522645X-RAY DIFFRACTION100
4.2077-4.8160.2069904413081460.1845153909832664X-RAY DIFFRACTION100
4.816-6.06570.2331481923021490.2202402905662694X-RAY DIFFRACTION100
6.0657-47.50410.2920710540341580.2685375096442834X-RAY DIFFRACTION99.966588707

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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