PDB-5ud1: Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase H180Q variant of Heli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ud1

タイトル

Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase H180Q variant of Helicobacter pylori

要素

Fructose-bisphosphate aldolase

キーワード

LYASE / Glycolysis / Metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.795 Å

データ登録者

Jacques, B. / Sygusch, J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Active site remodeling during the catalytic cycle in metal-dependent fructose-1,6-bisphosphate aldolases.
著者: Jacques, B. / Coincon, M. / Sygusch, J.

履歴

登録	2016年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ud1.cif.gz	227.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ud1.ent.gz	183 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ud1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ud1_validation.pdf.gz	440 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ud1_full_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示
XML形式データ	5ud1_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	5ud1_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5ud1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5ud1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uckC 5ucnC 5ucpC 5ucsC 5uczC 5ud0C 5ud2C 5ud3C 5ud4C 5vjdC 5vjeC 5vjfC 3c4uS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uck-d 3n9r-4 4lpc-3 5ud2-d 5ucn-d 5ucz-d 5x9i-d 5vt7-d 5e6z-1 5v49-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

B: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

67.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.301, 64.207, 62.520
Angle α, β, γ (deg.)	81.37, 74.10, 75.94
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase / FBPA / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase 分子量: 33790.797 Da / 分子数: 2 / 変異: H180Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: fba, HP_0176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56109, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.29 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 8000, PEG 1000, Calcium acetate, Tris-Acetic acid buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.03322 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.795→28.608 Å / Num. obs: 49683 / % possible obs: 84.3 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.0687 / Net I/σ(I): 7.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3C4U

3c4u

解像度: 1.795→28.608 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 29.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2595	2253	5.04 %
R_work	0.2133	-	-
obs	0.2156	44717	84.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.795→28.608 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4298	0	6	271	4575

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4380
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.715	5888
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.459	3189
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	661
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	765

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7953-1.8343	0.3708	86	0.3543	1699	X-RAY DIFFRACTION	54
1.8343-1.877	0.4111	113	0.3347	2214	X-RAY DIFFRACTION	70
1.877-1.9239	0.3891	126	0.3038	2319	X-RAY DIFFRACTION	74
1.9239-1.9759	0.309	130	0.2791	2401	X-RAY DIFFRACTION	77
1.9759-2.0341	0.3323	140	0.266	2490	X-RAY DIFFRACTION	80
2.0341-2.0997	0.3081	148	0.2524	2654	X-RAY DIFFRACTION	84
2.0997-2.1747	0.2549	135	0.2426	2673	X-RAY DIFFRACTION	84
2.1747-2.2618	0.2959	151	0.2348	2692	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2618-2.3646	0.3358	131	0.2336	2759	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3646-2.4892	0.2825	157	0.2316	2823	X-RAY DIFFRACTION	90
2.4892-2.6451	0.3007	153	0.2295	2871	X-RAY DIFFRACTION	91
2.6451-2.8492	0.2242	152	0.2159	2893	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8492-3.1356	0.2725	154	0.2185	2929	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1356-3.5885	0.2379	158	0.1928	3009	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5885-4.5183	0.2171	156	0.162	2979	X-RAY DIFFRACTION	95
4.5183-28.6112	0.1993	163	0.1736	3059	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.001	-0.0015	0.0031	0.0033	-0.0051	0.006	0.0572	-0.0429	0.027	-0.0006	0.0444	-0.0291	0.0447	0.0127	-0	0.1287	-0.0163	0.0079	0.1647	0.0039	0.2029	2.0966	20.6661	-14.8158
2	0.0213	0.0233	0.0526	0.0742	-0.0061	0.1038	0.0236	-0.03	0.0868	-0.0652	0.0265	-0.025	0.0297	0.0248	0.0023	0.1067	0.0081	0.0081	0.1324	-0.0042	0.1122	-7.1271	18.3463	-26.1598
3	0.0331	0.0262	0.0237	0.0284	0.0103	0.0335	0.0026	-0.1915	0.1655	0.0443	-0.0457	0.0355	-0.0518	-0.1057	-0.0004	0.1614	0.0182	0.0031	0.2018	-0.0295	0.197	-11.8892	31.3076	-11.7067
4	0.023	0.0122	-0.0004	0.0155	0.0033	0.0078	0.0579	0.0702	0.12	0.0209	0.081	0.0042	-0.0052	0.0189	-0	0.1723	0.0079	0.0148	0.2496	-0.0906	0.2333	-1.4475	37.1638	-17.0695
5	0.5773	-0.2202	-0.1935	0.1535	0.0053	0.207	-0.0563	-0.0292	0.2042	-0.2323	0.0854	-0.0959	-0.03	0.0661	0.1679	0.2602	-0.0616	0.0071	0.0861	0.0729	0.1116	0.6319	27.8616	-38.8728
6	0.0017	-0.0006	0.0024	0.0057	-0.0002	0.0032	-0.1024	0.0036	-0.042	0.0857	-0.0632	0.0044	0.0055	-0.0034	0.0001	0.1496	0.016	-0.0092	0.224	-0.019	0.2296	-18.5708	-12.5756	-44.3301
7	0.0206	0.057	0.0173	0.1025	0.0544	0.0381	-0.0301	0.0263	-0.0664	0.0353	-0.0189	0.0056	-0.0172	-0.0011	0	0.1286	0.0047	0.0055	0.1547	-0.0026	0.1592	-9.4079	-1.1374	-43.3204
8	0.0211	0.0024	0.002	0.0136	0.0246	0.0284	0.0001	0.0893	-0.1672	-0.0017	0.0837	-0.127	0.0002	0.028	0.0001	0.1485	0.0067	0.0102	0.1853	-0.0293	0.2401	-4.449	-17.0085	-54.5031
9	0.5747	0.0391	-0.157	0.2501	-0.0696	0.0785	-0.0269	0.2378	-0.1446	-0.156	-0.1288	0.0022	-0.1846	0.05	-0.1411	0.2246	-0.0073	-0.0542	0.1647	-0.0335	0.119	-16.0807	-1.8182	-61.353
10	0.108	-0.0961	-0.0468	0.079	0.0501	0.0367	-0.0896	0.0735	0.0375	-0.0382	-0.0542	0.1112	-0.2627	-0.1271	-0.2325	0.2448	0.0137	-0.0677	0.1365	0.0451	0.1186	-17.3887	14.234	-49.5355

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 109 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 110 through 192 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 193 through 216 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 217 through 307 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 15 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 16 through 109 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 110 through 192 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 193 through 255 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 256 through 307 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)