PDB-5ucz: Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase E149A variant of Heli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ucz

タイトル

Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase E149A variant of Helicobacter pylori with DHAP

要素

Fructose-bisphosphate aldolase

キーワード

LYASE / Glycolysis / Metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

tagatose-bisphosphate aldolase activity / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Jacques, B. / Sygusch, J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Active site remodeling during the catalytic cycle in metal-dependent fructose-1,6-bisphosphate aldolases.
著者: Jacques, B. / Coincon, M. / Sygusch, J.

履歴

登録	2016年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ucz.cif.gz	342.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ucz.ent.gz	283.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ucz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ucz_validation.pdf.gz	451.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ucz_full_validation.pdf.gz	457.4 KB	表示
XML形式データ	5ucz_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	5ucz_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5ucz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5ucz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uckC 5ucnC 5ucpC 5ucsC 5ud0C 5ud1C 5ud2C 5ud3C 5ud4C 5vjdC 5vjeC 5vjfC 3c4uS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ucn-d 5uck-d 3n9r-4 5ud4-d 5ud2-d 5ucp-d 1x7d-d 1wgj-d 5ud1-d 5x9i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

B: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.474, 86.133, 91.196
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase / FBPA / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase 分子量: 33742.777 Da / 分子数: 2 / 変異: E149A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: fba, HP_0176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56109, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸分子量: 170.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 8000, PEG 1000, Calcium acetate, Tris-Acetic acid buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→29.911 Å / Num. obs: 54638 / % possible obs: 87.33 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.08477 / Net I/σ(I): 10.86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2481)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3C4U

3c4u

解像度: 1.78→29.911 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2274	2301	4.58 %
R_work	0.1844	-	-
obs	0.1864	50202	87.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→29.911 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4490	0	26	320	4836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4630
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.618	6228
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.52	2801
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	686
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	806

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7805-1.8192	0.4099	92	0.3445	1785	X-RAY DIFFRACTION	52
1.8192-1.8615	0.3984	103	0.3204	2044	X-RAY DIFFRACTION	60
1.8615-1.9081	0.3092	109	0.2972	2345	X-RAY DIFFRACTION	69
1.9081-1.9596	0.3225	128	0.273	2621	X-RAY DIFFRACTION	77
1.9596-2.0173	0.2995	137	0.2687	2847	X-RAY DIFFRACTION	84
2.0173-2.0824	0.3284	141	0.2568	3031	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0824-2.1568	0.2694	146	0.2376	3079	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1568-2.2431	0.295	158	0.2079	3147	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2431-2.3452	0.2684	152	0.1968	3246	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3452-2.4688	0.2338	164	0.1839	3298	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4688-2.6234	0.2361	159	0.1802	3350	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6234-2.8258	0.2212	161	0.1863	3352	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8258-3.1099	0.2327	157	0.1909	3405	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1099-3.5592	0.2325	167	0.1698	3431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5592-4.4818	0.1605	158	0.1385	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4818-29.9154	0.1686	169	0.1445	3477	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0535	-0.1405	0.0895	0.5236	-0.2564	0.1729	-0.1216	0.48	-0.1209	0.1335	0.0464	0.0183	-0.0656	0.0147	-0.101	0.0959	-0.0334	0.0323	0.3527	-0.1415	0.175	-5.3484	-11.7801	-40.7416
2	0.0503	-0.0575	-0.0804	0.0462	0.0723	0.0968	0.0493	0.1575	0.0156	-0.0724	0.0627	-0.0888	-0.013	0.0386	0.1051	0.1295	-0.0341	0.1533	0.8317	-0.3427	0.1541	2.6412	-14.3435	-58.9638
3	0.0132	-0.024	0.034	0.019	-0.0399	0.1567	-0.0692	0.1666	-0.0485	-0.0766	-0.0239	-0.0607	-0.0507	0.0122	-0.0738	0.1994	-0.0829	0.021	0.8175	-0.0963	0.1203	-7.0914	-1.4909	-57.1575
4	0.5104	0.0465	-0.1832	0.0434	-0.0315	0.0801	-0.102	0.5251	0.064	0.1559	0.0658	0.0659	-0.3119	-0.1628	-0.0863	0.2943	0.0301	-0.0619	0.249	0.0532	0.126	-11.861	5.0941	-37.683
5	0.0046	0.0006	0.0026	0.0002	-0.0039	0.0039	-0.0322	-0.0423	-0.0509	0.0455	-0.0589	-0.0065	0.0115	0.0384	-0.0155	0.156	0.0237	-0.0115	0.252	0.1097	0.2836	7.437	-18.9272	-4.2936
6	0.0754	0.0162	0.096	0.1401	0.0555	0.1255	-0.0574	-0.1061	-0.1656	-0.0867	0.0309	0.0241	-0.0911	-0.0005	0.0064	0.1375	0.0157	0.03	0.0973	0.0284	0.2029	-1.8302	-11.6601	-13.468
7	0.004	0.0034	0.0012	0.003	0.0054	0.0125	0.0436	-0.1082	-0.0593	0.0563	0.039	0.0223	-0.0257	-0.05	0.0412	0.106	0.0325	0.0934	0.3101	0.165	0.3006	-12.5342	-19.389	2.776
8	0.0469	0.032	-0.0358	0.0509	-0.0214	0.0523	0.0581	-0.1295	-0.0712	0.0833	0.0204	0.0309	-0.0383	-0.0362	0.0624	0.1383	0.0597	0.0914	0.2989	0.1952	0.1934	-5.686	-13.0605	8.5319
9	0.0228	0.0175	-0.0096	0.0128	0.0084	0.0162	-0.0436	-0.1985	0.0364	0.009	0.0283	0.1031	-0.1783	0.0022	-0.0134	0.2152	0.0196	-0.0125	0.273	0.0963	0.195	1.2718	-3.0626	4.9802
10	0.2879	0.0467	-0.1627	0.0081	-0.0212	0.0942	-0.0654	-0.2422	0.0333	-0.038	-0.0489	-0.0146	-0.1749	0.0892	-0.0327	0.2521	-0.0352	-0.0529	0.0987	0.002	0.1441	5.8737	5.7747	-5.394
11	0.0571	0.0416	-0.0171	0.0472	0.0315	0.062	-0.0652	0.0068	0.0004	-0.1897	0.0537	-0.0635	-0.0853	0.1517	-0.0052	0.2346	-0.0705	-0.0202	-0.0004	0.0634	0.1421	6.29	3.3835	-20.4264

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 109 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 110 through 167 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 168 through 216 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 217 through 307 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 15 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 16 through 109 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 110 through 127 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 128 through 167 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 168 through 216 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 217 through 255 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 256 through 307 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)