PDB-5ubp: TREX2 M-region

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ubp

タイトル

TREX2 M-region

要素

26S proteasome complex subunit SEM1
Leucine permease transcriptional regulator
Nuclear mRNA export protein THP1

キーワード

TRANSCRIPTION / TREX2 complex / TPR repeats

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular bud site selection / SAGA complex localization to transcription regulatory region / transcription export complex 2 / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear mRNA surveillance / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / mRNA 3'-end processing / poly(A)+ mRNA export from nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae RM11-1a (パン酵母)

Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Stewart, M. / Gordon, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structure of the Sac3 RNA-binding M-region in the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex.
著者: Gordon, J.M.B. / Aibara, S. / Stewart, M.

履歴

登録	2016年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月31日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ubp.cif.gz	598.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ubp.ent.gz	499.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ubp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ubp_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ubp_full_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示
XML形式データ	5ubp_validation.xml.gz	39.2 KB	表示
CIF形式データ	5ubp_validation.cif.gz	57.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/5ubp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/5ubp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t5vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5l3t-d 5wqi-d 5g5p-d 30368 5m94-d 4eil-1 4kp5-d 4kya-3 6a2p-d 3c8w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (7) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Leucine permease transcriptional regulator

B: Nuclear mRNA export protein THP1

C: 26S proteasome complex subunit SEM1

119 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.368, 86.634, 168.338
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Leucine permease transcriptional regulator 分子量: 56163.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae RM11-1a (パン酵母) 遺伝子: SCRG_00364 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3LGC5
#2: タンパク質	Nuclear mRNA export protein THP1 / Bud site selection protein 29 分子量: 52734.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 遺伝子: THP1, BUD29, YOL072W, O1140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08231
#3: タンパク質	26S proteasome complex subunit SEM1 分子量: 10397.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 遺伝子: SEM1, DSH1, YDR363W-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94742
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG3350, 0.17 M MgFormate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→19.945 Å / Num. obs: 51644 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3T5V

3t5v

解像度: 2.3→19.945 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2171	2607	5.06 %
R_work	0.1783	-	-
obs	0.1803	51550	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.945 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7983	0	0	546	8529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8194
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.53	11100
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.888	5015
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	1227
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1435

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3418	0.2996	128	0.2539	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3418-2.3868	0.3067	127	0.251	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3868-2.4354	0.2991	107	0.2363	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4354-2.4883	0.2666	148	0.2254	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4883-2.546	0.2675	140	0.2166	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.546-2.6096	0.2691	119	0.2049	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6096-2.68	0.2438	134	0.2009	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.7586	0.2628	125	0.2074	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7586-2.8474	0.2214	158	0.1998	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8474-2.9489	0.2672	141	0.2024	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9489-3.0666	0.2388	133	0.2007	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0666-3.2056	0.2422	141	0.1936	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2056-3.3738	0.2378	137	0.1859	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3738-3.5841	0.2281	121	0.1779	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5841-3.8589	0.1909	121	0.1615	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8589-4.2439	0.1867	151	0.1486	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2439-4.8503	0.1599	132	0.1288	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8503-6.082	0.1845	168	0.16	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
6.082-19.9462	0.1901	176	0.1582	2732	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9216	-0.0284	1.2969	3.7958	-0.9028	5.4733	0.1369	0.3926	0.8641	-0.7511	-0.0292	-0.782	-0.9405	0.1958	-0.1545	0.7121	-0.0303	0.1956	0.2803	-0.0578	0.5847	14.4226	16.3186	-2.5038
2	1.9978	0.7742	0.7195	4.0836	1.0696	1.8161	0.0455	-0.1169	0.2778	0.3126	0.0224	-0.6964	-0.2142	0.1201	-0.0581	0.3303	-0.0028	-0.0388	0.2366	0.011	0.3562	47.7045	-2.1742	-23.5357
3	2.5492	0.7897	-1.0325	3.9923	4.7751	7.3366	0.0284	-0.9614	-1.3663	0.1911	0.5156	-1.017	0.0042	0.8056	-0.6142	0.912	0.1255	-0.0398	0.7686	-0.2277	0.6447	43.5429	-28.0818	-28.9187
4	0.9595	0.4981	-0.4789	2.7088	0.9013	1.0307	-0.0188	0.0527	-0.0415	0.1496	-0.1414	0.2734	0.0486	-0.2005	0.1699	0.2032	0.002	0.0209	0.2813	-0.032	0.2068	21.8371	-22.9906	-26.3969
5	3.6698	0.8741	-0.3321	7.007	0.0908	4.5459	-0.166	0.0034	-0.4975	0.2524	-0.0998	-0.0482	0.7014	-0.0181	0.1738	0.3583	-0.0016	0.0802	0.2657	-0.0738	0.3258	29.3447	-46.7848	-29.6416
6	1.2941	2.1779	-0.3251	7.6947	-1.4568	2.6079	-0.2256	0.3125	-0.0347	-0.9305	0.1593	-0.3972	0.196	-0.0033	0.0583	0.3034	-0.0053	0.065	0.3248	-0.0156	0.1604	34.3306	-23.3697	-40.8346
7	1.6191	-0.1433	0.7107	4.6451	-0.7216	3.105	0.0995	-0.1571	0.2317	-0.0082	0.0104	-0.2561	-0.3669	0.0666	-0.0933	0.4212	0.0077	0.0882	0.2898	-0.1157	0.4625	11.7054	12.863	15.0467
8	1.177	-0.2161	0.6688	4.3546	-3.6629	8.7333	-0.0323	0.0351	0.0209	-0.1856	-0.022	-0.3611	-0.1509	0.1121	0.0925	0.2803	-0.016	0.0954	0.2041	-0.0783	0.446	13.9059	-1.8829	4.9013
9	0.4708	0.654	0.451	0.9813	0.5424	3.9739	-0.0466	-0.0008	-0.0924	-0.0279	-0.079	-0.0252	0.2227	-0.1411	0.1218	0.3101	0.0078	0.1131	0.3	-0.0842	0.4104	7.4369	-19.6062	1.5517
10	1.6555	-0.3876	-0.2218	2.1459	0.8807	1.3291	-0.1528	0.2875	-0.1929	-0.0381	-0.331	0.678	0.067	-0.7389	0.374	0.2487	-0.0494	0.0192	0.6317	-0.2414	0.5953	-1.966	-29.1753	-23.9761
11	1.9743	1.0765	-0.5539	3.9597	1.7869	1.6427	-0.129	0.3591	-0.4936	0.2023	-0.2482	0.6452	0.5712	-0.3824	0.178	0.3235	-0.1053	0.1011	0.5154	-0.2193	0.5959	7.5145	-41.9259	-27.8083
12	2.8767	-3.1907	-3.4546	3.5694	3.6741	4.9998	0.5004	1.8421	-1.6151	-1.3801	-0.0933	-0.1196	0.9314	-2.0418	-0.3725	1.1212	-0.1267	-0.0144	0.9421	-0.3329	0.6726	6.9275	-30.5856	1.7461
13	3.869	-3.4149	-2.5055	8.79	3.6215	6.2264	0.3215	0.4602	1.6006	-0.2076	-0.0757	0.2716	0.0432	0.2114	-0.1865	0.9054	0.0485	-0.259	1.0865	0.0796	1.2703	-3.3545	-4.3254	-12.3041
14	7.5335	3.3817	-2.7669	3.4701	0.7597	3.0704	0.4681	0.2633	0.7031	-0.4068	-0.1212	1.4383	-0.0947	0.4485	-0.2736	0.4357	-0.0068	0.0506	0.4218	-0.0624	0.5163	0.4144	-10.3334	-7.2917
15	4.348	-0.301	-5.3794	0.1219	-0.0278	8.4406	-0.1143	-0.6751	-0.0159	1.0808	-0.6561	2.1643	0.4963	-1.0515	0.7117	0.4956	0.0637	0.1201	1.0859	-0.0571	0.8626	-7.8723	-17.8566	0.6641
16	0.2269	0.5157	-0.6113	1.7059	-1.8312	2.0224	-0.8013	0.8339	-1.7721	-0.5696	0.516	0.2685	1.0571	-1.646	0.3855	0.6229	-0.3121	0.4805	1.4458	-0.4636	1.4907	-10.2368	-38.3119	-20.2062
17	7.2618	-1.6499	0.6001	2.9894	-2.5161	2.2262	-0.1015	0.6764	-0.0793	-0.7809	-0.3602	0.8516	0.1948	-0.3947	0.1446	0.4254	-0.1228	-0.178	1.1334	-0.5066	1.0661	-6.0422	-43.9671	-41.6657

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 82:125)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 126:324)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 325:331)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 332:465)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 466:524)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 525:547)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 1:86)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 87:160)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 161:252)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 253:382)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 383:448)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 449:455)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 27:31)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 32:36)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 37:59)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 60:71)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 72:89)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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