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- PDB-5u8r: Structure of the ectodomain of the human Type 1 insulin-like grow... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u8r
タイトルStructure of the ectodomain of the human Type 1 insulin-like growth factor receptor
要素
  • Fv 24-60 heavy chain
  • Fv 24-60 light chain
  • Insulin-like growth factor 1 receptor
キーワードTRANSFERASE/IMMUNE SYSTEM / Receptor / tyrosine kinase / Type 1 insulin-like / growth factor receptor / TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase complex / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / transcytosis / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly ...protein kinase complex / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / transcytosis / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / insulin receptor activity / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / dendritic spine maintenance / regulation of JNK cascade / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / insulin binding / amyloid-beta clearance / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / insulin receptor substrate binding / SHC-related events triggered by IGF1R / phosphatidylinositol 3-kinase binding / negative regulation of MAPK cascade / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor binding / cellular response to glucose stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor protein-tyrosine kinase / cellular response to amyloid-beta / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / immune response / cilium / positive regulation of cell migration / axon / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Alpha-Beta Horseshoe / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region ...24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Alpha-Beta Horseshoe / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / D-MALATE / Insulin-like growth factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.00001618041 Å
データ登録者Lawrence, M. / Xu, Y.
資金援助 オーストラリア, 4件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1070526 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1128553 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)IRIISS オーストラリア
Victorian State GovernmentVictorian State Government Operational Infrastructure Support オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: How ligand binds to the type 1 insulin-like growth factor receptor.
著者: Xu, Y. / Kong, G.K. / Menting, J.G. / Margetts, M.B. / Delaine, C.A. / Jenkin, L.M. / Kiselyov, V.V. / De Meyts, P. / Forbes, B.E. / Lawrence, M.C.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor 1 receptor
H: Fv 24-60 heavy chain
L: Fv 24-60 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,93513
ポリマ－126,7683
非ポリマー2,16710
水00
1
A: Insulin-like growth factor 1 receptor
H: Fv 24-60 heavy chain
L: Fv 24-60 light chain
ヘテロ分子

A: Insulin-like growth factor 1 receptor
H: Fv 24-60 heavy chain
L: Fv 24-60 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,87026
ポリマ－253,5366
非ポリマー4,33420
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.030, 201.730, 117.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
詳細Assembly determined by non-denaturing gel

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Insulin-like growth factor 1 receptor / Insulin-like growth factor I receptor / IGF-I receptor


分子量: 101085.461 Da / 分子数: 1
変異: residues 718-741 are replaced with the sequence AGNN
由来タイプ: 組換発現
詳細: A17delta-beta construct, see Whitten et al., J. Mol. Biol., v394, pp878-92 (2009).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF1R / プラスミド: FIII-IGFR.ECD
詳細 (発現宿主): see Whitten et al., J. Mol. Biol., v394, pp878-92 (2009).
細胞株 (発現宿主): Lec8
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P08069, receptor protein-tyrosine kinase

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Fv 24-60 heavy chain


分子量: 13948.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: hybridoma / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pgpHFT-SUMO-scFV
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体 Fv 24-60 light chain


分子量: 11733.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: hybridoma / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pgpHFT-SUMO-scFV
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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糖 , 2種, 6分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#8: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 0.1 M imidazole-malate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 45844 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 92.4253334113 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3→3.13 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 3.47 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique all: 5400 / CC1/2: 0.551 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.11.1-2575_1692精密化
PHENIX1.11.1-2575_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: domains from 1IGR, 4ZXB, 3UMT

1igr

4zxb

3umt


解像度: 3.00001618041→46.3593115758 Å / SU ML: 0.559199999756 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33687173502 / 位相誤差: 37.3303485675
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285297793528 2166 4.72874140378 %
Rwork0.255836800495 43639 -
obs0.257283021028 45805 99.3040801283 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 133.915230855 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.00001618041→46.3593115758 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8186 0 140 0 8326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00173317964498551
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48115750144711618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04316738331351270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00286020846721488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4275554375136
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.06980.4780741453161380.4522889967912882X-RAY DIFFRACTION99.0163934426
3.0698-3.14650.47940283281460.4215416341372849X-RAY DIFFRACTION98.5845951284
3.1465-3.23160.4101630716391430.4020475144372818X-RAY DIFFRACTION98.3720930233
3.2316-3.32670.4137798243021400.3695619402032848X-RAY DIFFRACTION99.1044776119
3.3267-3.4340.3582712065711540.3514461993052867X-RAY DIFFRACTION98.5966057441
3.434-3.55670.3297820326271500.3299723493912847X-RAY DIFFRACTION99.1399272246
3.5567-3.6990.3308440046641420.3027380316072872X-RAY DIFFRACTION98.8845144357
3.699-3.86730.3214577255591180.2756074741672900X-RAY DIFFRACTION99.0482441746
3.8673-4.07110.3164689417091480.2668742925172901X-RAY DIFFRACTION99.5104438642
4.0711-4.3260.3245665161941410.2263364448892934X-RAY DIFFRACTION99.8376623377
4.326-4.65970.2348842271291320.1982007234952919X-RAY DIFFRACTION99.9672346003
4.6597-5.12810.2346176008381390.1958669286652944X-RAY DIFFRACTION99.9675745785
5.1281-5.86890.2829920357981580.2100868607752957X-RAY DIFFRACTION99.9037844772
5.8689-7.38930.2718984370091470.2529857335942992X-RAY DIFFRACTION99.9363260108
7.3893-46.36480.2230194420971700.2354501217883109X-RAY DIFFRACTION99.6051032807
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.91479687416-0.659652716422-1.166591930381.328114066141.329970088394.22354821083-0.146238303961-1.035165772750.2820650771670.8903469205510.244568849442-0.3546151402790.09239619378780.208181127162-0.145138843071.601774063090.19221054237-0.1048376023920.812260718324-0.2167702775110.79484489855315.8497906692-31.203652242840.4523083838
25.65265697415-1.038464135340.6306974190884.11057638718-1.901723733556.174724292410.0318090942420.5522088676840.220718124492-0.068699073611-0.257372257616-1.12714141037-0.12179157457-0.1948619023730.2619186978791.27042866999-0.2706888559050.1188090201540.71012210703-0.0474744923980.96534437609814.9679050411-12.2245329461-8.62803710557
32.2608035379-0.742512933890.9173093540072.082336363690.469319508492.1555483366-0.1991476077980.384374413152-0.300969480074-0.1634829989470.08289503439490.01617818733020.9616761731680.5772059147920.09600534951551.50206949422-0.258975392961-0.05335855232390.9009963685020.1639666724890.53139374307611.467756612818.57651422420.947867910162
40.145164537571.189180179281.44328170194-0.3810847861571.261159485157.341220360340.2752955137660.06809948847650.09686284439170.00494446484358-0.03840732820620.1814828888510.8106626163530.998377307246-0.1696835146992.003927330860.322451293035-0.1259526174461.636567162320.01906834966880.57870378469817.703921961525.845190883859.573991367
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 307 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 308 through 456 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 457 through 600 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 601 through 897 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 0 through 21 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 22 through 39 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 40 through 51 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 52 through 64 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 65 through 83 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 84 through 91 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 92 through 117 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 0 through 32 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 33 through 52 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 53 through 75 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 76 through 84 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 85 through 107 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る