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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u8r | |||||||||||||||
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| タイトル | Structure of the ectodomain of the human Type 1 insulin-like growth factor receptor | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/IMMUNE SYSTEM / Receptor / tyrosine kinase / Type 1 insulin-like / growth factor receptor / TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報protein kinase complex / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / transcytosis / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly ...protein kinase complex / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / transcytosis / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / insulin receptor activity / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / dendritic spine maintenance / regulation of JNK cascade / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / insulin binding / amyloid-beta clearance / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / insulin receptor substrate binding / SHC-related events triggered by IGF1R / phosphatidylinositol 3-kinase binding / negative regulation of MAPK cascade / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor binding / cellular response to glucose stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor protein-tyrosine kinase / cellular response to amyloid-beta / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / immune response / cilium / positive regulation of cell migration / axon / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト)![]() | |||||||||||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.00001618041 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Lawrence, M. / Xu, Y. | |||||||||||||||
| 資金援助 | オーストラリア, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018タイトル: How ligand binds to the type 1 insulin-like growth factor receptor. 著者: Xu, Y. / Kong, G.K. / Menting, J.G. / Margetts, M.B. / Delaine, C.A. / Jenkin, L.M. / Kiselyov, V.V. / De Meyts, P. / Forbes, B.E. / Lawrence, M.C. | |||||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 5u8r.cif.gz | 524.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb5u8r.ent.gz | 365.3 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 5u8r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 5u8r_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 5u8r_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 5u8r_validation.xml.gz | 37.3 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 5u8r_validation.cif.gz | 49.8 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 単位格子 |
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| 詳細 | Assembly determined by non-denaturing gel |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
| #1: タンパク質 | 分子量: 101085.461 Da / 分子数: 1 変異: residues 718-741 are replaced with the sequence AGNN 由来タイプ: 組換発現 詳細: A17delta-beta construct, see Whitten et al., J. Mol. Biol., v394, pp878-92 (2009). 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF1R / プラスミド: FIII-IGFR.ECD詳細 (発現宿主): see Whitten et al., J. Mol. Biol., v394, pp878-92 (2009). 細胞株 (発現宿主): Lec8 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P08069, receptor protein-tyrosine kinase |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
| #2: 抗体 | 分子量: 13948.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: hybridoma / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
|---|---|
| #3: 抗体 | 分子量: 11733.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: hybridoma / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
-糖 , 2種, 6分子 
| #4: 多糖 | | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
|---|
-非ポリマー , 3種, 4分子 




| #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
|---|---|---|---|
| #6: 化合物 | | #8: 化合物 | ChemComp-IMD / | |
-詳細
| Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.4 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 0.1 M imidazole-malate pH 7.0 |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
| 検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月21日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 45844 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 92.4253334113 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 8.3 |
| 反射 シェル | 解像度: 3→3.13 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 3.47 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique all: 5400 / CC1/2: 0.551 / % possible all: 99.5 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: domains from 1IGR, 4ZXB, 3UMT 解像度: 3.00001618041→46.3593115758 Å / SU ML: 0.559199999756 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33687173502 / 位相誤差: 37.3303485675 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 133.915230855 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.00001618041→46.3593115758 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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ムービー
コントローラー
万見について




Homo sapiens (ヒト)
X線回折
オーストラリア, 4件
引用









PDBj
















