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Yorodumi- PDB-5u8r: Structure of the ectodomain of the human Type 1 insulin-like grow... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5u8r | |||||||||||||||
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| Title | Structure of the ectodomain of the human Type 1 insulin-like growth factor receptor | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/IMMUNE SYSTEM / Receptor / tyrosine kinase / Type 1 insulin-like / growth factor receptor / TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationprotein kinase complex / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / transcytosis / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly ...protein kinase complex / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / transcytosis / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / insulin receptor activity / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / dendritic spine maintenance / regulation of JNK cascade / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / insulin binding / amyloid-beta clearance / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / insulin receptor substrate binding / SHC-related events triggered by IGF1R / phosphatidylinositol 3-kinase binding / negative regulation of MAPK cascade / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor binding / cellular response to glucose stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor protein-tyrosine kinase / cellular response to amyloid-beta / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / immune response / cilium / positive regulation of cell migration / axon / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() | |||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.00001618041 Å | |||||||||||||||
Authors | Lawrence, M. / Xu, Y. | |||||||||||||||
| Funding support | Australia, 4items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2018Title: How ligand binds to the type 1 insulin-like growth factor receptor. Authors: Xu, Y. / Kong, G.K. / Menting, J.G. / Margetts, M.B. / Delaine, C.A. / Jenkin, L.M. / Kiselyov, V.V. / De Meyts, P. / Forbes, B.E. / Lawrence, M.C. | |||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5u8r.cif.gz | 524.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5u8r.ent.gz | 365.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5u8r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5u8r_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5u8r_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 5u8r_validation.xml.gz | 37.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 5u8r_validation.cif.gz | 49.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8r | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5u8qC ![]() 1igrS ![]() 3umtS ![]() 4zxbS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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| Details | Assembly determined by non-denaturing gel |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
| #1: Protein | Mass: 101085.461 Da / Num. of mol.: 1 Mutation: residues 718-741 are replaced with the sequence AGNN Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: A17delta-beta construct, see Whitten et al., J. Mol. Biol., v394, pp878-92 (2009). Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IGF1R / Plasmid: FIII-IGFR.ECDDetails (production host): see Whitten et al., J. Mol. Biol., v394, pp878-92 (2009). Cell line (production host): Lec8 / Production host: ![]() References: UniProt: P08069, receptor protein-tyrosine kinase |
|---|
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
| #2: Antibody | Mass: 13948.477 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: hybridoma / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|---|
| #3: Antibody | Mass: 11733.944 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: hybridoma / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Sugars , 2 types, 6 molecules 
| #4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Sugar | ChemComp-NAG / |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 4 molecules 




| #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||
|---|---|---|---|
| #6: Chemical | | #8: Chemical | ChemComp-IMD / | |
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.46 Å3/Da / Density % sol: 72.4 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1.2 M ammonium sulfate, 0.1 M imidazole-malate pH 7.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 21, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 45844 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 92.4253334113 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 8.3 |
| Reflection shell | Resolution: 3→3.13 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 3.47 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique all: 5400 / CC1/2: 0.551 / % possible all: 99.5 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: domains from 1IGR, 4ZXB, 3UMT Resolution: 3.00001618041→46.3593115758 Å / SU ML: 0.559199999756 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33687173502 / Phase error: 37.3303485675 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 133.915230855 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.00001618041→46.3593115758 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Australia, 4items
Citation









PDBj
















