PDB-5u8m: A novel family of redox sensors in the streptococci evolved from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u8m

タイトル

A novel family of redox sensors in the streptococci evolved from two-component response regulators

要素

Response regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Repressor of iron transporter / Aspartate-less receiver domain protein / transcription regulator / cross-dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.105 Å

データ登録者

Han, L. / Silvaggi, N.R.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2018
タイトル: RitR is an archetype for a novel family of redox sensors in the streptococci that has evolved from two-component response regulators and is required for pneumococcal colonization.
著者: Glanville, D.G. / Han, L. / Maule, A.F. / Woodacre, A. / Thanki, D. / Abdullah, I.T. / Morrissey, J.A. / Clarke, T.B. / Yesilkaya, H. / Silvaggi, N.R. / Ulijasz, A.T.

履歴

登録	2016年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u8m.cif.gz	191.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u8m.ent.gz	155.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u8m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5u8m_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u8m_full_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示
XML形式データ	5u8m_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	5u8m_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u8kSC 5vfaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gnj-d 6uru-2 4qid-d 6uru-1 6o41-3 7chj-d 2glu-d 1vs3-d 2gxf-d 5wts-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (10) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Response regulator

B: Response regulator

54.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.330, 74.832, 102.799
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Response regulator 分子量: 27032.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (strain Hungary19A-6) (肺炎レンサ球菌) 株: Hungary19A-6 / 遺伝子: SPH_0483 / プラスミド: pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1I9H6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.3 M Magnesium sulfate, 10% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 64031 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 25.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 24543 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2148: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5U8K

5u8k

解像度: 2.105→42.368 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.77 / 位相誤差: 27.56

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2309	3805	5.94 %	Random
R_work	0.1881	-	-	-
obs	0.1907	64031	99.71 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.105→42.368 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3768	0	0	185	3953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3825
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05	5152
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.863	2357
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	650

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1047-2.1314	0.2699	142	0.2563	2154	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1314-2.1594	0.2551	131	0.254	2225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1594-2.189	0.3332	144	0.225	2266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.189-2.2203	0.2513	133	0.2295	2193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2203-2.2534	0.3092	137	0.246	2241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2534-2.2886	0.3143	135	0.2276	2223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2886-2.3262	0.2742	144	0.2321	2264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3262-2.3663	0.3403	145	0.2296	2185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3663-2.4093	0.3341	153	0.2281	2273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4093-2.4556	0.3064	135	0.2342	2248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4556-2.5057	0.2591	147	0.2245	2223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5057-2.5602	0.2864	134	0.2153	2219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5602-2.6198	0.2183	141	0.2012	2222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6198-2.6853	0.2792	144	0.2026	2258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6853-2.7579	0.2503	148	0.2085	2239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7579-2.839	0.2783	142	0.2139	2225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.839-2.9306	0.2608	136	0.2086	2240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9306-3.0353	0.2604	145	0.2075	2225	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0353-3.1568	0.2281	127	0.2059	2237	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1568-3.3004	0.2491	143	0.202	2243	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3004-3.4744	0.2262	137	0.2096	2223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4744-3.6919	0.2378	148	0.1886	2267	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6919-3.9768	0.2184	144	0.1667	2230	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9768-4.3766	0.1941	146	0.1481	2236	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3766-5.0091	0.1622	137	0.1275	2228	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0091-6.3075	0.1741	148	0.1558	2229	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3075-42.3765	0.1671	139	0.1535	2210	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)