+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vfa | ||||||
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Title | RitR Mutant - C128D | ||||||
Components | Response regulator | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Repressor of iron transporter / Aspartate-less receiver domain protein / Transcription regulator / monomer | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.452 Å | ||||||
Authors | Han, L. / Silvaggi, N.R. | ||||||
Citation | Journal: PLoS Pathog. / Year: 2018 Title: RitR is an archetype for a novel family of redox sensors in the streptococci that has evolved from two-component response regulators and is required for pneumococcal colonization. Authors: Glanville, D.G. / Han, L. / Maule, A.F. / Woodacre, A. / Thanki, D. / Abdullah, I.T. / Morrissey, J.A. / Clarke, T.B. / Yesilkaya, H. / Silvaggi, N.R. / Ulijasz, A.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vfa.cif.gz | 286.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5vfa.ent.gz | 237.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vfa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/5vfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/5vfa | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5u8kSC 5u8mC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26987.211 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C128D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (bacteria) Strain: ATCC BAA-255 / R6 / Gene: csrR, spr0336 / Plasmid: pSUMO / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8DR53 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 0.1 M HEPES pH 7.5, 22.5% Jeffamine ED-2001 pH 7.0 / PH range: 7.0-7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 15, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.45→50 Å / Num. obs: 76689 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 28.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.48 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 3384 / CC1/2: 0.787 / % possible all: 89.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5u8k Resolution: 1.452→27.519 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.81 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.452→27.519 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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