PDB-5u78: Crystal structure of ORP8 PH domain in P1211 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u78

タイトル

Crystal structure of ORP8 PH domain in P1211 space group

要素

Oxysterol-binding protein-related protein 8

キーワード

LIPID TRANSPORT / Oxsyterol / membrane contact site / Phosphoinositide.

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylserine acyl-chain remodeling / phosphatidylserine transfer activity / Acyl chain remodelling of PS / protein localization to nuclear pore / phospholipid transporter activity / cortical endoplasmic reticulum / phospholipid transport / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / triglyceride homeostasis / cholesterol binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.978 Å

データ登録者

Ghai, R. / Yang, H.

資金援助

オーストラリア, 3件

組織	認可番号	国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1097185	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1041301	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP130100457	オーストラリア

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: ORP5 and ORP8 bind phosphatidylinositol-4, 5-biphosphate (PtdIns(4,5)P 2) and regulate its level at the plasma membrane.
著者: Ghai, R. / Du, X. / Wang, H. / Dong, J. / Ferguson, C. / Brown, A.J. / Parton, R.G. / Wu, J.W. / Yang, H.

履歴

登録	2016年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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CIF形式データ	5u78_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/5u78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/5u78	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5u77SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vcd-1 3rvl-1 3ffw-2 3ph9-1 1mih-2 3oo1-1 3f7n-2 3fgz-2 4zyb-2 1i7a-11 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oxysterol-binding protein-related protein 8

B: Oxysterol-binding protein-related protein 8

C: Oxysterol-binding protein-related protein 8

D: Oxysterol-binding protein-related protein 8

54.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Oxysterol-binding protein-related protein 8

登録者が定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Oxysterol-binding protein-related protein 8

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3

C: Oxysterol-binding protein-related protein 8

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4

D: Oxysterol-binding protein-related protein 8

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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.170, 66.350, 79.549
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Oxysterol-binding protein-related protein 8 / OSBP-related protein 8 分子量: 13609.974 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 149-265 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OSBPL8, KIAA1451, ORP8, OSBP10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9BZF1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-tris propane, pH 6.5, 0.2 M Potassium thiocyanate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→40.93 Å / Num. obs: 37677 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5U77

5u77

解像度: 1.978→40.927 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2575	1886	5.02 %
R_work	0.2226	-	-
obs	0.2244	37543	98.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.978→40.927 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3739	0	0	196	3935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3828
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.245	5179
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.88	1397
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	585
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	621

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.978-2.0315	0.3457	135	0.2993	2698	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0315-2.0913	0.3206	132	0.2638	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0913-2.1588	0.2588	150	0.2661	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1588-2.2359	0.3325	132	0.2689	2707	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2359-2.3254	0.355	127	0.3151	2697	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3254-2.4312	0.2733	135	0.2511	2767	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4312-2.5594	0.2758	154	0.2591	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5594-2.7197	0.2823	171	0.2366	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7197-2.9297	0.2991	146	0.252	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9297-3.2244	0.2733	134	0.2294	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2244-3.6907	0.2511	156	0.2062	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6907-4.6488	0.1979	161	0.1722	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6488-40.9355	0.2224	153	0.1877	2812	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3971	-1.7093	-6.0352	7.2606	2.6772	9.2751	0.0959	-0.0111	-0.8916	0.1667	-0.0877	0.3793	0.2846	-0.7356	0.2019	0.3051	0.0004	-0.0585	0.4678	0.0057	0.4651	-30.7586	10.2677	0.4886
2	2.0279	0.7216	-1.9031	1.9857	8.0258	6.265	-0.617	-0.1554	-1.3603	0.1857	1.2896	-1.3606	0.5121	1.8375	-0.8396	0.6027	0.0355	0.0458	1.0199	-0.4375	0.8408	-14.4044	11.406	-9.9129
3	6.0332	2.5872	-0.7454	4.9537	-0.3188	6.0676	-0.0931	-0.6254	-1.1287	1.0827	-0.087	0.3704	0.6648	-0.1112	0.0434	0.414	-0.0756	0.07	0.4386	0.1297	0.4847	-25.6681	10.0129	3.9688
4	9.2951	0.2414	4.2463	2.3055	-6.7225	3.0023	-0.4589	-0.1809	-0.3554	0.5204	0.71	-0.319	-0.4034	-0.5216	-0.2227	0.3787	0.0168	0.0529	0.4302	0.0012	0.2448	-23.0799	20.0646	3.5738
5	6.1924	3.238	1.9321	8.5548	2.8685	5.3657	-0.1225	0.9884	0.2058	-1.5656	0.2492	0.3212	0.2937	-0.0252	0.02	0.6047	-0.0362	-0.0647	0.6635	0.0506	0.3691	-25.663	18.7895	-12.7967
6	5.2352	-1.9874	3.0747	2.0766	-7.663	9.0218	-0.0455	-0.195	0.0067	1.2157	0.1783	0.2494	-1.3096	-0.045	0.0093	0.3709	-0.0117	0.0258	0.2792	-0.0957	0.3542	-18.4932	26.8867	-1.09
7	5.6209	0.5956	-0.9588	6.7205	-3.6398	8.4053	0.1279	-1.1356	-0.659	1.0066	-0.1873	-0.346	-0.3655	0.1501	0.4371	0.3504	-0.0559	-0.0935	0.5804	0.1113	0.4095	-15.941	15.3503	5.5617
8	2.2276	2.3186	2.2906	7.1663	1.801	6.6393	-0.4282	0.9243	-1.5586	-0.1287	0.6389	-0.1166	0.3209	-0.2052	-0.0442	0.3742	-0.0385	0.0159	0.4513	-0.1425	0.4755	-23.5372	13.358	-9.7288
9	9.3767	-0.2496	0.5513	3.4734	4.9279	2.8588	-0.0498	1.3288	1.0775	-0.9569	0.2823	-0.1111	-0.6978	-0.731	-0.0972	0.4922	-0.032	0.023	0.6394	0.2071	0.6058	-34.1352	18.357	-6.4741
10	9.8014	0.0744	-3.6233	5.5245	-0.6547	4.5591	-0.2148	0.5426	-0.5346	-0.485	-0.0605	-1.0948	0.2105	-0.0965	0.3083	0.2672	0.0658	0.0237	0.2008	-0.0428	0.41	8.0673	-0.573	-40.2316
11	2.103	2.1596	8.6432	2.0472	-0.8753	7.7995	-0.7646	-0.3527	-0.6763	0.7463	0.9834	1.0483	-0.2529	-0.6139	-0.3241	0.3179	0.0281	0.0592	0.3385	0.1058	0.2637	-8.6296	-0.0169	-30.0594
12	5.5875	-0.3573	-0.4256	5.9539	-0.5406	2.9991	0.3891	0.4846	-0.6613	-0.9104	-0.3515	0.1059	0.1513	0.1197	-0.0176	0.3634	0.0894	-0.0022	0.2539	-0.1276	0.3466	3.0869	-0.756	-43.7826
13	6.4321	-0.0708	2.9342	6.8354	0.7205	3.256	-0.2511	-0.0213	0.643	-0.1834	-0.0831	-0.0248	-0.3503	0.056	0.1982	0.1676	0.0112	0.0672	0.2191	-0.0311	0.3244	1.9886	10.6939	-37.8535
14	2.3406	-2.8919	0.6732	2.0576	-1.6183	5.9872	0.0424	-0.6948	-4.2296	0.9049	-1.6219	0.0688	0.7428	-0.3685	0.4055	0.6061	-0.1137	0.1018	0.9928	-0.4464	-0.0161	0.8527	0.186	-21.2563
15	7.855	-7.1798	2.956	3.278	-5.3256	9.6737	-0.4996	-0.7592	-0.0014	0.0145	0.7433	-0.4785	0.2048	-0.1156	-0.1661	0.2345	0.0372	-0.0579	0.2042	0.006	0.3118	1.7993	9.1733	-29.8961
16	4.6356	-0.1394	0.7724	8.5456	0.4533	4.616	0.2679	0.873	0.0057	-1.2582	-0.6299	0.9265	0.1437	-0.0118	0.1062	0.328	0.1301	-0.0755	0.3117	-0.028	0.3072	-4.597	10.057	-45.1384
17	8.596	-0.691	1.6986	1.1781	-0.8232	5.2241	0.1664	-0.1626	-0.4226	-0.1282	-0.1209	0.0615	0.5164	0.0825	-0.005	0.2034	0.0378	-0.0302	0.2018	-0.0197	0.2584	-3.58	3.4565	-33.1708
18	9.6563	-0.007	-1.2142	3.6048	0.2247	3.6226	-0.4786	-0.7124	0.7673	0.5808	0.5687	-1.3671	-0.3179	0.3853	-0.133	0.2613	0.0592	-0.0833	0.3984	-0.2071	0.4323	11.3938	7.432	-33.0882
19	7.2783	-0.3095	1.169	5.3609	-0.7953	3.3358	-0.0854	-0.9098	0.8915	0.6663	-0.0668	0.9625	0.2512	-0.2025	-0.1633	0.3051	0.0531	0.0623	0.4046	-0.001	0.2938	-2.6467	7.8214	1.4763
20	8.5306	-1.4565	-1.4363	8.6588	1.7379	4.6002	0.0567	-0.222	0.5875	-0.286	0.2782	0.051	-0.3682	-0.1626	-0.1967	0.2928	0.0491	0.0286	0.2926	-0.0111	0.2512	2.6274	7.9446	-1.2168
21	5.5816	-2.5017	-0.9832	6.4105	-2.1776	5.7694	-0.3362	-0.9723	-0.3731	0.612	0.3729	0.3946	-0.0326	-0.3329	-0.1002	0.2798	0.0205	0.0247	0.5046	0.0387	0.3037	2.6526	-3.6521	6.4182
22	7.9302	3.0518	2.1619	7.3536	-2.8829	2.158	0.0108	0.5802	0.1334	-0.5603	0.0334	-0.2143	0.4979	0.3265	0.2089	0.2608	0.0453	0.0791	0.2881	0.0543	0.2887	8.7043	1.4655	-6.0535
23	2.4151	2.3482	-4.4296	2.4683	5.5146	5.653	0.6824	-0.5817	-0.0001	-0.3447	-0.4662	0.2383	-0.7834	-0.3742	-0.3118	0.5127	0.072	0.0349	0.4487	-0.0291	0.2042	3.9777	3.72	8.5846
24	8.7443	0.8458	0.2075	4.4697	-0.4164	6.1813	-0.473	-2.0552	-1.6861	0.9922	0.4983	0.5486	-0.0509	-0.5781	-0.0437	0.4167	0.1547	0.1078	0.7964	0.2932	0.492	-7.8033	0.8751	7.6353
25	8.0509	-0.1859	2.6156	3.842	3.1038	7.0415	-0.009	-0.2122	-0.0345	-0.2548	-0.0443	0.2729	-0.1057	-0.2121	0.1126	0.2179	0.0446	0.0393	0.1499	0.0506	0.3043	-26.0988	29.8053	-38.9044
26	9.0799	-1.6012	1.622	5.7501	0.845	3.977	0.0339	0.3088	0.9282	0.0047	0.0716	-0.0526	-0.0208	0.6052	-0.256	0.1926	0.0288	0.0213	0.2297	0.0531	0.3159	-18.2587	30.2198	-36.2561
27	3.6306	-0.9799	0.388	4.9862	2.1412	1.717	1.3505	1.1676	0.9811	-1.5492	-1.7667	-0.1389	-0.102	-1.2195	-0.1033	0.3615	0.4942	-0.012	0.0458	0.464	0.5266	-22.297	30.1925	-45.7093
28	6.3626	-1.6506	-1.9719	6.5924	-0.5295	3.6598	-0.0329	0.1654	-0.3846	-0.0484	0.253	0.4641	0.2421	-0.3225	-0.3925	0.145	0.0212	-0.0427	0.2025	0.043	0.3004	-21.6705	18.8368	-37.8817
29	-0.0488	-0.1088	-0.0606	-0.0471	0.0291	-0.0605	-0.6829	-1.2619	0.882	0.64	-0.0672	0.1572	-0.357	-0.5564	-0.0889	1.0875	-0.0144	-0.3654	1.0365	0.2879	0.8243	-22.2017	28.7971	-21.0806
30	2.924	-7.6801	-3.6076	3.123	4.4187	7.8034	-0.4935	-0.1199	-0.1476	0.8272	-0.0334	0.4968	0.1441	-0.7941	-0.1151	0.2949	0.0618	0.026	0.2959	-0.0337	0.3271	-21.4267	20.2265	-29.8467
31	6.4006	-1.6705	-1.2372	9.5034	-4.4267	5.9081	0.564	0.5358	-0.4775	-0.7093	-0.6765	-0.1671	0.4412	0.1819	0.1016	0.2668	0.0564	0.0013	0.1656	-0.0597	0.4533	-15.2411	14.3203	-40.3027
32	2.8477	-0.8138	1.4706	3.5505	-2.4931	6.9419	0.2777	0.9228	0.6665	-1.1129	-0.6874	-1.2477	0.0362	0.49	0.3184	0.3905	0.1943	0.2262	0.4206	0.1733	0.4963	-13.0381	25.2742	-44.9434
33	2.3511	2.1971	-3.5324	2.3115	3.0743	3.5277	0.2792	-0.076	0.3374	-0.4226	-0.4914	0.0785	-0.7882	-0.4724	-0.0427	0.2399	0.0737	-0.0452	0.3337	-0.0279	0.1831	-20.3351	27.224	-29.8885
34	9.1802	0.3432	-0.2753	2.8773	2.1272	8.7829	-0.0614	-0.4184	-1.0416	0.3576	0.1541	0.914	0.2574	-0.6906	0.0028	0.2275	0.0531	-0.0357	0.3211	0.1473	0.5013	-31.0713	22.1161	-33.0631

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 24 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 46 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 47 through 55 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 56 through 73 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 74 through 83 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 84 through 101 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 102 through 109 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 110 through 127 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 6 through 17 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 18 through 24 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 25 through 46 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 47 through 60 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 61 through 67 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 68 through 74 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 75 through 94 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 95 through 109 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 110 through 127 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 7 through 18 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 19 through 46 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 47 through 79 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 80 through 99 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 100 through 109 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 110 through 126 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 6 through 18 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 19 through 32 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 33 through 46 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 47 through 60 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 61 through 67 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 68 through 74 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 75 through 84 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 85 through 101 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 102 through 109 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 110 through 127 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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