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Yorodumi- PDB-5u5n: The dimeric crystal structure of HTPA Reductase from Sellaginella... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5u5n | ||||||
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Title | The dimeric crystal structure of HTPA Reductase from Sellaginella moellendorffii | ||||||
Components | HTPA Reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / DHDPR / Dihydrodipicolinate reductase / HTPA reductase | ||||||
Function / homology | Function and homology information 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / chloroplast stroma / NADPH binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Selaginella moellendorffii (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Keown, J.R. / Goldstone, D.C. / Pearce, F.G. | ||||||
Citation | Journal: Biochem. J. / Year: 2018 Title: Plant DHDPR forms a dimer with unique secondary structure features that preclude higher-order assembly. Authors: Watkin, S.A.J. / Keown, J.R. / Richards, E. / Goldstone, D.C. / Devenish, S.R.A. / Grant Pearce, F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5u5n.cif.gz | 228.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5u5n.ent.gz | 181.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5u5n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u5n | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5u5iSC 5ua0C 5ugjC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 11 - 286 / Label seq-ID: 2 - 277
|
-Components
#1: Protein | Mass: 30290.787 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Selaginella moellendorffii (plant) / Gene: SELMODRAFT_168311 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D8R6G2 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: 0.2 M MgCl2, 25% PEG 3350, 0.1 M BTP pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jun 4, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→61.75 Å / Num. obs: 32251 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 18.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.215 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.221 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 595927 / Scaling rejects: 1154 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5U5I Resolution: 2.1→61.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / WRfactor Rfree: 0.2413 / WRfactor Rwork: 0.1941 / FOM work R set: 0.6957 / SU B: 20.101 / SU ML: 0.247 / SU R Cruickshank DPI: 0.282 / SU Rfree: 0.2261 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.226 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.59 Å2 / Biso mean: 41.225 Å2 / Biso min: 22.08 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→61.75 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 16486 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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