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- PDB-5u51: Structure of Francisella tularensis heterodimeric SspA (MglA-SspA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u51
タイトルStructure of Francisella tularensis heterodimeric SspA (MglA-SspA) in complex with ppGpp
要素
  • Macrophage growth locus A
  • Stringent starvation protein A
キーワードTRANSCRIPTION / Stringent starvation protein A / Macrophage growth locus A / ppGpp / GST-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Macrophage Locus Protein A, C-terminal domain / Stringent starvation protein A, C-terminal / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 ...: / Macrophage Locus Protein A, C-terminal domain / Stringent starvation protein A, C-terminal / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / : / GST N-terminal domain-containing protein / Macrophage growth locus, subunit A / Stringent starvation protein A, regulator of transcription
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Cuthbert, B.J. / Schumacher, M.A. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2017
タイトル: Dissection of the molecular circuitry controlling virulence in Francisella tularensis.
著者: Cuthbert, B.J. / Ross, W. / Rohlfing, A.E. / Dove, S.L. / Gourse, R.L. / Brennan, R.G. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Stringent starvation protein A
A: Macrophage growth locus A
D: Stringent starvation protein A
B: Macrophage growth locus A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,60115
ポリマ－95,4094
非ポリマー2,19211
水77543
1
C: Stringent starvation protein A
A: Macrophage growth locus A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,03110
ポリマ－47,7052
非ポリマー1,3268
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
2
D: Stringent starvation protein A
B: Macrophage growth locus A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5705
ポリマ－47,7052
非ポリマー8663
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.620, 111.560, 141.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 CDAB

#1: タンパク質 Stringent starvation protein A


分子量: 24110.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア)
遺伝子: DR86_1150 / プラスミド: pMCSG21 / 詳細 (発現宿主): For coexpression / 細胞株 (発現宿主): C41 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2ZL39, UniProt: Q5NHJ6*PLUS
#2: タンパク質 Macrophage growth locus A


分子量: 23594.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア)
遺伝子: DR86_1530 / プラスミド: pET28A
詳細 (発現宿主): Expressed as an MBP fusion from pMCSG9
細胞株 (発現宿主): C41 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2ZLH6, UniProt: Q5NFG1*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 54分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: TRIS pH 8.5, PEG3350, ppGpp, magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→87.61 Å / Num. obs: 23247 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.874 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rpim(I) all: 0.404 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PUR, 1YY7

4pur

1yy7


解像度: 2.8→87.61 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2648 1188 5.12 %
Rwork0.2124 --
obs0.2151 23184 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→87.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6184 0 136 43 6363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036428
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5268733
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0543914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391031
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041088
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-2.92760.37641460.29682710X-RAY DIFFRACTION100
2.9276-3.08190.34371430.28032695X-RAY DIFFRACTION100
3.0819-3.2750.37811490.27422711X-RAY DIFFRACTION100
3.275-3.52790.33041640.24892679X-RAY DIFFRACTION100
3.5279-3.88290.25321470.21112737X-RAY DIFFRACTION100
3.8829-4.44480.22881520.18352761X-RAY DIFFRACTION100
4.4448-5.59980.21011390.1812769X-RAY DIFFRACTION100
5.5998-87.65210.22541480.19142934X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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