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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u56 | ||||||
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タイトル | Structure of Francisella tularensis heterodimeric SspA (MglA-SspA) | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / Stringent starvation protein A / Macrophage growth locus A / GST-fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutathione dehydrogenase (ascorbate) activity / L-ascorbic acid metabolic process / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Francisella tularensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Cuthbert, B.J. / Schumacher, M.A. / Brennan, R.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2017 タイトル: Dissection of the molecular circuitry controlling virulence in Francisella tularensis. 著者: Cuthbert, B.J. / Ross, W. / Rohlfing, A.E. / Dove, S.L. / Gourse, R.L. / Brennan, R.G. / Schumacher, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5u56.cif.gz | 171.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5u56.ent.gz | 133.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5u56.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5u56_validation.pdf.gz | 493 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5u56_full_validation.pdf.gz | 500.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5u56_validation.xml.gz | 30.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5u56_validation.cif.gz | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u56 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 CDAB
#1: タンパク質 | 分子量: 24110.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア) 遺伝子: DR86_1150 / プラスミド: pMCSG21 / 詳細 (発現宿主): For coexpression / 細胞株 (発現宿主): C41 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2ZL39, UniProt: Q5NHJ6*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 23594.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア) 遺伝子: DR86_1530 / プラスミド: pET28A 詳細 (発現宿主): Expressed as an MBP fusion protein from pMCSG9 細胞株 (発現宿主): C41 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2ZLH6, UniProt: Q5NFG1*PLUS |
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-非ポリマー , 4種, 76分子
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEGRX2 17 L-proline, HEPES, PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9774 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 31478 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 31.74 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.784 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PUR, 1YY7 解像度: 2.65→44.077 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→44.077 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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