PDB-5u3o: Crystal Structure of DH511.2_K3 Fab in Complex with HIV-1 gp41 MP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u3o

タイトル

Crystal Structure of DH511.2_K3 Fab in Complex with HIV-1 gp41 MPER Peptide

要素

DH511.2_K3 Fab Heavy Chain
DH511.2_K3 Fab Light Chain
gp41 MPER peptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HIV-1 / Neutralizing / Antibody / gp41 / MPER / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.761 Å

データ登録者

Ofek, G. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Williams, L.D. / Nicely, N.I. / Haynes, B.F.

引用

ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2017
タイトル: Potent and broad HIV-neutralizing antibodies in memory B cells and plasma.
著者: Williams, L.D. / Ofek, G. / Schatzle, S. / McDaniel, J.R. / Lu, X. / Nicely, N.I. / Wu, L. / Lougheed, C.S. / Bradley, T. / Louder, M.K. / McKee, K. / Bailer, R.T. / O'Dell, S. / Georgiev, I. ...

履歴

登録	2016年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5u3o.ent.gz	233.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5u3o_validation.pdf.gz	431.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u3o_full_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示
XML形式データ	5u3o_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	5u3o_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/5u3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/5u3o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5u3jC 5u3kC 5u3lSC 5u3mC 5u3nC 5u3pC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fr4-1 6bli-1 6bli-3 5u3l-1 2fx7-d 4u6g-1 4u6g-2 6blh-d 2fr4-2 5e08-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
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HIVカプシド (HIV Capsid)
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類似性 (6)
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広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (6)

登録構造単位

H: DH511.2_K3 Fab Heavy Chain

L: DH511.2_K3 Fab Light Chain

A: gp41 MPER peptide

52.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.721, 101.857, 176.411
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-515- HOH
2	1	L-438- HOH
3	1	L-502- HOH

#1: 抗体	DH511.2_K3 Fab Heavy Chain 分子量: 25420.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG Heavy Chain / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): HEK 293
#2: 抗体	DH511.2_K3 Fab Light Chain 分子量: 23943.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgG Light Chain / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): HEK 293
#3: タンパク質・ペプチド	gp41 MPER peptide 分子量: 2789.345 Da / 分子数: 1 / Fragment: gp41 656-683 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: gp41 MPER Peptide 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: Q73372*PLUS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 7% Isopropanol, 20% PEG 3350, 0.2 M Ammonium citrate pH 4.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.76→30.876 Å / Num. obs: 55786 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.89 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.128 / Χ²: 1.045 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 285952

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.76-1.8	3.6	0.596	5152	0.713	1	79.9
1.8-1.85	4.8	0.574		0.812	1	99.9
1.85-1.9	5.3	0.529		0.862	1	99.9
1.9-1.95	5.2	0.492		0.897	1	100
1.95-2.01	5.3	0.364		0.926	1	99.9
2.01-2.09	5.2	0.321		0.944	1	99.9
2.09-2.17	5.2	0.258		0.96	1	99.8
2.17-2.27	5.2	0.236		0.963	1	99.9
2.27-2.39	5.3	0.198		0.973	1	99.9
2.39-2.54	5.4	0.162		0.979	1	100
2.54-2.73	5.3	0.139		0.983	1	99.9
2.73-3.01	5.2	0.111		0.988	1	99.8
3.01-3.44	5.1	0.091		0.992	1	99.8
3.44-4.34	5.1	0.073		0.993	1	99.8
4.34-50	5.3	0.061		0.994	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5U3L

5u3l

解像度: 1.761→30.876 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1923	1995	3.58 %
R_work	0.1611	-	-
obs	0.1622	55779	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.761→30.876 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3620	0	0	512	4132

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3738
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.758	5092
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.26	2215
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	560
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	647

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7608-1.8048	0.3072	130	0.2284	3429	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8048-1.8536	0.2609	150	0.2013	3841	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8536-1.9081	0.2417	120	0.1777	3832	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9081-1.9697	0.1986	155	0.1698	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9697-2.0401	0.2082	140	0.1625	3812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0401-2.1217	0.1856	147	0.1677	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1217-2.2183	0.2016	146	0.1615	3862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2183-2.3352	0.2001	136	0.1612	3820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3352-2.4815	0.1829	144	0.1585	3889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4815-2.6729	0.202	143	0.1624	3864	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6729-2.9417	0.2026	138	0.1649	3873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9417-3.367	0.1842	147	0.1563	3899	X-RAY DIFFRACTION	100
3.367-4.2403	0.1739	140	0.1443	3946	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2403-30.8811	0.1729	159	0.158	4037	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0966	-2.1712	2.0916	2.6431	-0.5396	0.91	-0.0935	-0.1786	0.1536	-0.3576	-0.221	0.0969	-0.1689	-0.2236	0.1282	0.4533	0.2627	-0.087	0.4452	-0.0814	0.2249	-27.4461	1.2858	-38.573
2	3.0255	-0.1737	0.4777	2.8076	-0.0735	3.8798	-0.0259	0.333	0.064	-0.241	0.1376	-0.3156	-0.4161	0.3028	-0.0922	0.2024	0.0013	0.025	0.1435	-0.015	0.2658	1.2508	0.058	-19.7206
3	2.3272	0.1205	1.1439	1.1615	0.2302	1.5183	0.042	0.2535	0.1338	-0.3355	-0.0535	-0.0738	-0.3287	-0.0833	-0.0033	0.2919	0.1001	0.023	0.2069	0.0049	0.1474	-10.0909	-0.1524	-26.7543
4	2.4887	1.6018	-0.2728	2.0849	1.9485	8.9248	0.0025	-0.052	0.0636	-0.0609	-0.1457	0.1144	-0.0131	-0.4005	-0.197	0.1991	0.1065	0.0129	0.2128	-0.0354	0.2459	-12.0631	1.7192	-17.8769
5	2.96	-0.8613	0.2954	2.4641	0.8595	0.4329	0.0255	0.1356	0.1448	-0.2461	0.2166	0.0374	-0.1359	-0.171	0.1013	0.204	0.0653	0.0345	0.1367	-0.0158	0.1766	-5.4186	2.7019	-18.3866
6	3.8667	0.3986	2.2493	0.2346	0.1776	1.3139	0.0436	0.3796	0.0467	-0.1793	-0.0304	-0.0342	-0.132	-0.0481	0.0654	0.1948	0.1236	-0.0412	0.2744	-0.0256	0.0932	-19.1707	-6.6384	-33.316
7	4.3619	0.2508	2.9698	0.9173	0.6538	3.8348	0.0231	0.3699	-0.0847	-0.1914	0.0576	-0.0641	-0.2144	0.0426	-0.0554	0.2355	0.0618	0.0222	0.1731	-0.0042	0.1754	-7.2896	-6.6943	-27.7219
8	1.2004	-0.5491	0.1423	2.2743	0.4927	0.9092	-0.0934	0.0096	0.0552	-0.0838	0.0277	-0.0413	-0.0455	0.0476	0.0233	0.1155	0.0286	-0.0236	0.1101	-0.0126	0.1639	16.3551	-24.4095	-8.9864
9	3.1426	-2.6742	-0.9083	5.7503	1.2869	1.5011	-0.0508	0.1512	0.3009	-0.0148	-0.026	-0.8049	-0.0025	0.1598	-0.0509	0.0955	0.0023	-0.0251	0.1398	-0.0147	0.2216	25.3818	-22.8073	-10.2386
10	4.6524	1.911	-0.4434	2.3855	-0.2617	0.3377	0.1234	-0.2342	-0.2484	0.4644	-0.2315	-0.2891	-0.0081	0.0685	0.1844	0.199	0.0235	-0.0706	0.2024	-0.0473	0.2214	24.9107	-25.3316	-3.7157
11	6.7676	-5.3635	-2.0115	4.8556	1.317	1.5419	-0.1953	-0.0597	-0.2088	0.2393	0.1646	0.1415	0.3089	-0.2335	0.0339	0.1952	-0.0273	-0.0343	0.2262	-0.022	0.2027	-14.5275	-24.9782	-28.0604
12	4.6172	-2.8343	3.0381	3.3079	-0.152	4.2931	0.0396	0.2682	0.2683	-0.0004	0.0609	-0.5949	-0.2717	0.238	-0.0447	0.1239	0.0384	-0.0036	0.1643	-0.0404	0.1714	-5.7044	-15.8654	-32.3596
13	1.3697	-1.0657	-0.2283	2.3103	1.3017	2.6904	0.1336	0.0049	0.1203	-0.0053	-0.0727	-0.0538	-0.0193	-0.3826	-0.0653	0.1575	0.0059	-0.0146	0.1866	0.0009	0.1646	-12.0405	-19.7091	-32.788
14	3.2487	-2.4567	1.999	2.0861	-2.3621	4.4103	0.0738	0.1962	-0.0474	-0.1245	-0.0798	-0.1403	0.1268	0.0118	-0.041	0.1742	0.0295	-0.0412	0.1168	-0.0519	0.1638	2.8127	-35.7673	-25.3207
15	1.2136	0.8224	1.2607	2.6929	2.926	7.0545	-0.0297	-0.0667	-0.0763	0.0484	-0.0245	0.0271	0.097	0.2143	-0.0493	0.0961	0.0448	-0.0129	0.1269	-0.0073	0.1908	13.2532	-31.0441	-2.3969
16	0.6399	0.2022	0.1959	0.7834	1.3408	2.3286	0.0028	-0.0401	-0.0721	-0.1034	-0.0761	0.1122	0.0017	-0.3645	0.1426	0.1424	0.0333	-0.0071	0.1737	-0.0285	0.212	0.6325	-35.2336	-9.7241
17	0.953	0.3333	-0.383	1.7233	1.0316	6.0151	-0.0175	0.0493	-0.0744	-0.2544	0.0362	-0.0105	-0.1857	0.2842	-0.0518	0.0859	0.0392	-0.0152	0.1343	-0.0251	0.2127	4.799	-30.7791	-11.1252
18	1.2991	0.3118	1.5209	1.4582	1.3729	2.5801	-0.0208	-0.1871	0.0262	0.0507	-0.0699	0.086	-0.2732	-0.3175	0.155	0.0987	0.0332	0.0038	0.1277	-0.0183	0.1625	7.7568	-29.1005	1.5652
19	2.3026	0.9241	1.8552	1.998	1.659	3.0476	0.0099	-0.2236	-0.1358	0.1827	-0.0084	-0.009	0.6698	-0.0724	-0.1674	0.2191	-0.0067	0.015	0.1549	0.0133	0.2034	6.3296	-40.6109	-1.4706

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 669 through 685 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 18 through 59 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 60 through 72 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 73 through 87 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 88 through 100)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 101 through 111 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 112 through 188 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 189 through 203 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 204 through 216 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 1 through 32 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 33 through 48 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 49 through 102 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 103 through 113 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'L' and (resid 114 through 139 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'L' and (resid 140 through 150 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 151 through 172 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'L' and (resid 173 through 188 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'L' and (resid 189 through 214 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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