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- PDB-5ty7: Crystal structure of wild-type S. aureus penicillin binding prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ty7
タイトルCrystal structure of wild-type S. aureus penicillin binding protein 4 (PBP4) in complex with nafcillin
要素Penicillin-binding protein 4
キーワードHYDROLASE / Antibiotic / HYDROLASE / Antibiotic / HYDROLASE - Antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain superfamily / Domain of unknown function (DUF1958) / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Beta-lactamase, class-A ...Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain superfamily / Domain of unknown function (DUF1958) / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NFF / Penicillin-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.894 Å
データ登録者Alexander, J.A.N. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and kinetic analysis of penicillin-binding protein 4 (PBP4)-mediated antibiotic resistance inStaphylococcus aureus.
著者: Alexander, J.A.N. / Chatterjee, S.S. / Hamilton, S.M. / Eltis, L.D. / Chambers, H.F. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2016年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年10月23日Group: Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 4
B: Penicillin-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,38710
ポリマ－80,2472
非ポリマー1,1418
水6,990388
1
A: Penicillin-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7596
ポリマ－40,1231
非ポリマー6365
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Penicillin-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6284
ポリマ－40,1231
非ポリマー5053
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.323, 92.231, 79.061
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.940, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-679-

HOH

詳細Monomer as determined by size exclusion chromatography

-
要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 4


分子量: 40123.285 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 25-382 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: pbp4, SACOL0699 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0H2WY27
#2: 化合物 ChemComp-NFF / (2R,4S)-2-[(1R)-1-{[(2-ethoxynaphthalen-1-yl)carbonyl]amino}-2-oxoethyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / Nafcillin, bound form


分子量: 416.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24N2O5S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 8 mM Zinc chloride, 80 mM sodium acetate pH 5, 400 mM Dimethyl (2-hydroxyethyl) ammonium propane sulfonate, and 16% polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→55.59 Å / Num. obs: 63391 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 25.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 203494
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.89-1.943.10.3911178637920.8110.2530.4682.891.1
9.09-55.593.20.02918155640.9980.0190.0352893.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.92 Å46.09 Å
Translation5.92 Å46.09 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TVF

1tvf


解像度: 1.894→55.588 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 3152 4.98 %
Rwork0.185 60204 -
obs0.1868 63356 97.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 175.81 Å2 / Biso mean: 38.2201 Å2 / Biso min: 16.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.894→55.588 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5568 0 64 388 6020
Biso mean--67.86 39.33 -
残基数----713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.787838
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045888
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8783568
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8944-1.92270.42431400.42352309244987
1.9227-1.95270.37961390.33132613275298
1.9527-1.98480.29111490.26462632278198
1.9848-2.0190.28081310.2332594272598
2.019-2.05570.30581400.21782665280598
2.0557-2.09520.30111400.20912593273398
2.0952-2.1380.23261240.20272653277798
2.138-2.18450.23931330.19672617275098
2.1845-2.23530.25371180.22412687280598
2.2353-2.29120.34261360.28982622275898
2.2912-2.35320.26571360.20052630276699
2.3532-2.42240.24181600.18292629278999
2.4224-2.50060.22871400.17852637277799
2.5006-2.590.23821400.18142654279499
2.59-2.69370.24451210.1852649277099
2.6937-2.81630.20691370.17732674281199
2.8163-2.96470.23861260.18292640276698
2.9647-3.15050.23671500.1932610276098
3.1505-3.39370.22611390.17662660279998
3.3937-3.73510.18881310.16212625275698
3.7351-4.27550.15951420.13832611275397
4.2755-5.38590.13961410.13152612275396
5.3859-55.61240.19241390.16872588272794
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3448-0.8661-1.01182.59481.17542.4736-0.05880.1303-0.05020.11970.05740.16420.0229-0.17330.02190.1814-0.0331-0.02420.19630.01030.180328.8059-47.195841.0984
23.36244.8269-2.01618.7459-1.85351.7848-0.0228-0.0355-0.3684-0.23990.0788-0.58450.16750.0977-0.04040.1617-0.0269-0.00920.3104-0.05380.22234.4452-71.022220.6336
30.3610.73320.83584.83760.40382.3290.01380.07640.0016-0.07420.11490.0333-0.15530.1088-0.14180.2166-0.02880.00560.2743-0.05130.214330.0966-68.308924.1425
43.01661.90961.75698.44912.09794.99640.0916-0.0323-0.33670.5840.0614-0.40140.40450.0105-0.1530.21460.0223-0.05730.2252-0.02590.21938.9167-65.410838.8977
51.7159-0.3555-0.03022.7040.87653.2325-0.04750.2841-0.1813-0.0391-0.00090.40830.1314-0.550.01590.2646-0.0483-0.01930.2896-0.01590.238525.8457-51.337831.6328
64.37311.6288-0.92313.8306-1.05432.35940.11440.34980.5995-0.02880.0041-0.0018-0.30730.1254-0.13080.2587-0.00680.01410.2030.02970.19538.3244-29.77333.7398
70.5742-0.1505-0.4331.82050.16270.8482-0.1383-0.09830.02670.3530.14660.05360.26180.0401-0.00360.32340.056-0.02670.21160.00610.15536.4256-50.6946-3.6034
83.29270.01562.31595.9975-0.36342.36450.0235-0.0742-0.10610.04820.14270.20380.5288-0.2309-0.13240.4472-0.02540.02310.2235-0.01760.142335.9264-65.5962-14.4168
90.7693-0.5221-0.18962.58580.01290.7371-0.1281-0.0432-0.08070.35290.13090.07270.2307-0.0595-0.00230.33340.0325-0.01610.19260.00480.158436.7434-53.7698-5.0711
105.62122.8335-1.17393.1396-0.82531.28990.06710.24810.3940.0880.1094-0.0008-0.01660.1076-0.18870.22040.0497-0.00660.1761-0.02150.181444.8543-27.1783-5.5176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 90 )A25 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 110 )A91 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 111 through 154 )A111 - 154
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 155 through 204 )A155 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 205 through 296 )A205 - 296
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 297 through 382 )A297 - 382
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 25 through 111 )B25 - 111
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 112 through 154 )B112 - 154
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 155 through 296 )B155 - 296
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 297 through 382 )B297 - 382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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