+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5txe | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | AtxE2 Isopeptidase - S527A Variant with Astexin3-dC4 Bound | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | HYDROLASE / Isopeptidase / Lasso peptide / Natural Product | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / serine-type peptidase activity / defense response to bacterium / proteolysis / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chekan, J.R. / Nair, S.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Lasso Peptide Isopeptidase Identifies a Topology for Processing Threaded Substrates. 著者: Chekan, J.R. / Koos, J.D. / Zong, C. / Maksimov, M.O. / Link, A.J. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 291 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 239.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 464.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 56.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78683.836 Da / 分子数: 2 / 変異: S527A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 15261 / DSM 4724 / VKM B-1370 / CB 48 / 遺伝子: Astex_2444 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2542.755 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 15261 / DSM 4724 / VKM B-1370 / CB 48 / 遺伝子: Astex_2447 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18% PEG3350, 0.3 M ammonium citrate dibasic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→29.817 Å / Num. obs: 86021 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.207 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.766 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.817 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|