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Yorodumi- PDB-3u24: The structure of a putative lipoprotein of unknown function from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u24 | ||||||
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Title | The structure of a putative lipoprotein of unknown function from Shewanella oneidensis. | ||||||
Components | putative Lipoprotein | ||||||
Keywords | LIPID BINDING PROTEIN / COG4805 / DUF885 / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / putative lipoprotein | ||||||
Function / homology | Protein of unknown function DUF885 / Bacterial protein of unknown function (DUF885) / metal ion binding / ACETIC ACID / IMIDAZOLE / DUF885 family lipoprotein Function and homology information | ||||||
Biological species | Shewanella oneidensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Cuff, M.E. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: The structure of a putative lipoprotein of unknown function from Shewanella oneidensis. Authors: Cuff, M.E. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u24.cif.gz | 244.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u24.ent.gz | 202.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u24.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3u24_validation.pdf.gz | 462.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3u24_full_validation.pdf.gz | 464 KB | Display | |
Data in XML | 3u24_validation.xml.gz | 24.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3u24_validation.cif.gz | 37.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u24 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 66387.359 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 21-591 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shewanella oneidensis (bacteria) / Strain: MR-1 / Gene: SO_2570 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) magic / References: UniProt: Q8EE20 |
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-Non-polymers , 6 types, 405 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-ACY / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-IMD / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.2M zinc acetate, 0.1M imidazole pH 8, 20% PEG 3000, 10% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jun 24, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 9.2 % / Av σ(I) over netI: 26.23 / Number: 320044 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.41 / D res high: 2.25 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 34837 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. all: 34837 / Num. obs: 34837 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 9.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: SAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.25 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.264 / FOM acentric: 0.292 / FOM centric: 0 / Reflection: 34738 / Reflection acentric: 31329 / Reflection centric: 3409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis acentric: 1.99 / R cullis centric: 1 / Highest resolution: 2.25 Å / Lowest resolution: 50 Å / Loc acentric: 0.2 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 31329 / Reflection centric: 3409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell | ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se / Occupancy iso: 0
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 34738 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.25→39.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 9.287 / SU ML: 0.121 / SU R Cruickshank DPI: 0.2237 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.177 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.158 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→39.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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