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- PDB-6onn: Crystal structure of 8-amino-7-oxononanoate synthase from Burkhol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6onn
タイトルCrystal structure of 8-amino-7-oxononanoate synthase from Burkholderia phymatum
要素8-amino-7-oxononanoate synthase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / 8-amino-7-oxononanoate synthase / Burkholderia phymatum / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


8-amino-7-oxononanoate synthase / 8-amino-7-oxononanoate synthase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
8-amino-7-oxononanoate synthase, Proteobacteria / 8-amino-7-oxononanoate synthase, Archaea/Proteobacteria type / : / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...8-amino-7-oxononanoate synthase, Proteobacteria / 8-amino-7-oxononanoate synthase, Archaea/Proteobacteria type / : / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-amino-7-oxononanoate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Paraburkholderia phymatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of 8-amino-7-oxononanoate synthase from Burkholderia phymatum
著者: Conrady, D.G. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 8-amino-7-oxononanoate synthase
B: 8-amino-7-oxononanoate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6552
ポリマ－85,6552
非ポリマー00
水12,791710
1
A: 8-amino-7-oxononanoate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8271
ポリマ－42,8271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 8-amino-7-oxononanoate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8271
ポリマ－42,8271
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.700, 92.580, 125.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -1 through 8 or resid 10...
21(chain B and (resid -1 through 8 or resid 10...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISGLUGLU(chain A and (resid -1 through 8 or resid 10...AA-1 - 87 - 16
12GLYGLYALAALA(chain A and (resid -1 through 8 or resid 10...AA10 - 6118 - 69
13THRTHRTHRTHR(chain A and (resid -1 through 8 or resid 10...AA6371
14GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid -1 through 8 or resid 10...AA65 - 7273 - 80
15HISHISHISHIS(chain A and (resid -1 through 8 or resid 10...AA08
16HISHISALAALA(chain A and (resid -1 through 8 or resid 10...AA-1 - 3947 - 402
17ILEILEGLNGLN(chain A and (resid -1 through 8 or resid 10...AA151 - 152159 - 160
18TYRTYRGLNGLN(chain A and (resid -1 through 8 or resid 10...AA154 - 263162 - 271
19ARGARGARGARG(chain A and (resid -1 through 8 or resid 10...AA264 - 266272 - 274
110HISHISALAALA(chain A and (resid -1 through 8 or resid 10...AA-1 - 3947 - 402
111HISHISALAALA(chain A and (resid -1 through 8 or resid 10...AA-1 - 3947 - 402
112HISHISALAALA(chain A and (resid -1 through 8 or resid 10...AA-1 - 3947 - 402
113HISHISALAALA(chain A and (resid -1 through 8 or resid 10...AA-1 - 3947 - 402
21HISHISGLUGLU(chain B and (resid -1 through 8 or resid 10...BB-1 - 87 - 16
22GLYGLYALAALA(chain B and (resid -1 through 8 or resid 10...BB10 - 6118 - 69
23THRTHRTHRTHR(chain B and (resid -1 through 8 or resid 10...BB6371
24GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid -1 through 8 or resid 10...BB65 - 7273 - 80
25GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid -1 through 8 or resid 10...BB7583
26HISHISALAALA(chain B and (resid -1 through 8 or resid 10...BB82 - 9490 - 102
27GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid -1 through 8 or resid 10...BB95103
28HISHISGLUGLU(chain B and (resid -1 through 8 or resid 10...BB-1 - 3917 - 399
29HISHISGLUGLU(chain B and (resid -1 through 8 or resid 10...BB-1 - 3917 - 399
210HISHISGLUGLU(chain B and (resid -1 through 8 or resid 10...BB-1 - 3917 - 399
211HISHISGLUGLU(chain B and (resid -1 through 8 or resid 10...BB-1 - 3917 - 399

-
要素

#1: タンパク質 8-amino-7-oxononanoate synthase / AONS / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / KAPA synthase / 8-amino-7-ketopelargonate synthase


分子量: 42827.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paraburkholderia phymatum (strain DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815) (バクテリア)
株: DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815 / 遺伝子: bioF, Bphy_0172 / Variant: STM815 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2JKH6, 8-amino-7-oxononanoate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: SEC purified BuphA.00096.a.B1.PW38412 at 8.864mg/ml (in 25 mM HEPES pH 7.0, 500 mM NaCl, 5% Glycerol , 2 mM DTT, 0.025% Azide ) was crystallized by sitting drop vapor diffusion at 14C with an ...詳細: SEC purified BuphA.00096.a.B1.PW38412 at 8.864mg/ml (in 25 mM HEPES pH 7.0, 500 mM NaCl, 5% Glycerol , 2 mM DTT, 0.025% Azide ) was crystallized by sitting drop vapor diffusion at 14C with an equal volume of protein:mother liquor (Morpheus E3: 0.03M Diethylene glycol, 0.03M Triethylene glycol, 0.03M Tetraethylene glycol, 0.03M Pentaethylene glycol, 0.1M Imidazole/MES buffer pH 6.5, 20% Glycerol, 10% PEG4000), then flash-frozen for data collection. Crystal ID 299435e3 data set aas7-2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.9 Å / Num. obs: 84896 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.345 % / Biso Wilson estimate: 29.193 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 15.99 / Num. measured all: 453780 / Scaling rejects: 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.855.3710.5653.0633783630462900.840.62499.8
1.85-1.95.390.4783.5832701608960670.8860.52899.6
1.9-1.955.3620.384.6331561592058860.9250.4299.4
1.95-2.015.3890.2915.8830934577357400.9540.32299.4
2.01-2.085.3850.2427.1829825558655390.9670.26899.2
2.08-2.155.4040.1849.1628949541753570.9810.20398.9
2.15-2.235.4030.1511.227895524251630.9850.16698.5
2.23-2.325.3230.12712.9126427504249650.9890.1498.5
2.32-2.435.3730.10614.9125700484847830.9920.11898.7
2.43-2.555.3510.09116.8624433463545660.9940.198.5
2.55-2.685.350.0819.0623298441643550.9960.08898.6
2.68-2.855.3510.06821.8522146418141390.9960.07599
2.85-3.045.3410.05625.3120888395139110.9970.06299
3.04-3.295.3330.04829.1519613369436780.9980.05399.6
3.29-3.65.3010.04232.0917879338433730.9980.04799.7
3.6-4.025.2930.03935.0216365310130920.9980.04399.7
4.02-4.655.3090.03437.3414589275427480.9990.03799.8
4.65-5.695.260.03237.5812272233623330.9990.03699.9
5.69-8.055.1410.03237.149490184918460.9970.03599.8
8.05-39.94.7250.03138.475032108410650.9990.03598.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3409精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JAY

5jay


解像度: 1.8→39.9 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1936 4934 6.02 %
Rwork0.1642 76983 -
obs0.1659 81917 95.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.99 Å2 / Biso mean: 28.1894 Å2 / Biso min: 9.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5706 0 0 713 6419
Biso mean---37.12 -
残基数----783
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3166X-RAY DIFFRACTION4.283TORSIONAL
12B3166X-RAY DIFFRACTION4.283TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.82040.29091300.23632417254790
1.8204-1.84180.26371640.22082365252990
1.8418-1.86430.21381480.21372407255590
1.8643-1.88790.19561280.20672410253891
1.8879-1.91270.22371900.19932372256291
1.9127-1.93890.23691720.19652421259392
1.9389-1.96660.24911620.19312504266694
1.9666-1.9960.2371490.17932515266494
1.996-2.02720.2181680.18032515268395
2.0272-2.06040.221620.17862489265194
2.0604-2.09590.21081630.17622533269695
2.0959-2.13410.20651400.17152568270896
2.1341-2.17510.20841600.16812552271296
2.1751-2.21950.20351690.17062528269796
2.2195-2.26780.22731730.16532508268194
2.2678-2.32050.19631690.1622542271196
2.3205-2.37850.17111710.16452567273896
2.3785-2.44280.22511650.16662590275597
2.4428-2.51470.20831520.16542594274697
2.5147-2.59580.18911760.16212591276797
2.5958-2.68860.20631660.17332642280898
2.6886-2.79620.19941550.17012647280298
2.7962-2.92350.21111790.16962615279498
2.9235-3.07750.20691900.16352628281898
3.0775-3.27030.17161460.15642701284799
3.2703-3.52260.18341830.15572684286799
3.5226-3.87690.18731770.149627162893100
3.8769-4.43720.14891790.134827112890100
4.4372-5.5880.15921750.144627652940100
5.588-39.90960.17941730.16672886305999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.48133.5889-2.43583.0623-1.8591.367-0.33110.0714-0.2495-0.52120.1119-0.3620.27610.18630.12690.2850.00530.06480.2906-0.00450.306722.9278-11.4377-19.6484
20.9962-0.13860.35890.70220.0460.5095-0.0665-0.05810.05970.04190.03260.0542-0.0888-0.03110.03860.1251-00.01660.13730.01060.108812.0227-6.27947.3149
31.1169-0.13610.19880.81780.26550.5804-0.0153-0.0449-0.06880.02820.0297-0.03-0.01510.0427-0.01810.1144-0.00360.00670.12350.02530.101322.9382-16.12277.4299
46.7576-1.52033.28171.4963-0.24871.8009-0.4576-0.50840.70340.40980.2259-0.4376-0.4153-0.11680.11710.33380.0268-0.07570.286-0.07330.402618.05611.792317.6634
51.41530.1295-0.19972.4810.34572.4496-0.076-0.09930.06470.01630.1164-0.0332-0.0378-0.08760.00740.04760.01150.0080.1405-0.00450.12232.54082.6527-1.2919
62.70811.0454-0.27951.5910.06581.35140.04730.01180.0490.02420.0361-0.1637-0.23760.2313-0.05070.2017-0.03550.00840.1398-0.00350.105824.30058.6234-14.9763
72.80370.308-0.64331.43590.12931.4072-0.02270.12350.0479-0.08670.06230.0134-0.1244-0.0121-0.06540.1503-0.0131-0.00170.1120.01290.062516.33135.858-17.466
82.32790.1687-1.19560.68580.55611.2274-0.0332-0.1279-0.20970.0447-0.1657-0.27640.13190.40680.1910.1354-0.0142-0.01070.19260.04230.20898.8379-2.4907-8.9926
91.7007-0.323-0.31531.61151.44193.5852-0.0503-0.29720.5935-0.07460.22-0.1947-0.46920.3621-0.160.29080.0552-0.00540.2128-0.07430.40437.642826.2642-0.1159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 32 )A-1 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 133 )A33 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 134 through 394 )A134 - 394
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -1 through 32 )B-1 - 32
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 33 through 83 )B33 - 83
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 84 through 201 )B84 - 201
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 202 through 264 )B202 - 264
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 265 through 291 )B265 - 291
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 292 through 391 )B292 - 391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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