PDB-5twe: CTX-M-14 P167S:S70G mutant enzyme crystallized with ceftazidime

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5twe

タイトル

CTX-M-14 P167S:S70G mutant enzyme crystallized with ceftazidime

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/ANTIBIOTIC / CTX-M beta-lactamase ceftazidime / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Patel, M. / Stojanoski, V. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: The Drug-Resistant Variant P167S Expands the Substrate Profile of CTX-M beta-Lactamases for Oxyimino-Cephalosporin Antibiotics by Enlarging the Active Site upon Acylation.
著者: Patel, M.P. / Hu, L. / Stojanoski, V. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2016年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5twe.cif.gz	123 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5twe.ent.gz	93.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5twe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5twe_validation.pdf.gz	756.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5twe_full_validation.pdf.gz	757.4 KB	表示
XML形式データ	5twe_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	5twe_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/5twe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/5twe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tw6C 5twdC 5u53C 5vthC 1yltS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6v83-d 6cyn-2 6cyq-3 6v6g-d 6cyu-d 4dds-2 1ymx-2 5t66-1 4pm9-d 5tw6-d 6h2h-1 5ll7-d 1yly-2 7k2y-d 6qwe-d 4de2-1 6jn3-1 5vth-d 7k2x-5 6v8v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.610, 41.610, 232.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-686- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27960.482 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-291 / 変異: S70G, P167S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AN206_26770, APT94_14605, BJJ90_27545, BK334_ ...遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AN206_26770, APT94_14605, BJJ90_27545, BK334_27290, ETN48_p0088, pCT_085, pHK01_011 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L5C7, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-CAZ / ACYLATED CEFTAZIDIME 分子量: 469.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉N₅O₇S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M lithium acetate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→34.43 Å / Num. obs: 71895 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.917 / R_merge(I) obs: 0.214 / R_pim(I) all: 0.099 / R_rim(I) all: 0.238 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 123391 / Scaling rejects: 537

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.9-1.94	8	0.301	9410	1170	0.897	0.112	0.322	5	99.8
9.11-38.7	5.7	0.097	1084	191	0.979	0.045	0.108	8.5	83.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
Aimless	0.5.1	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
MOLREP		位相決定
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt

解像度: 1.5→30.617 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.75 / 位相誤差: 14.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1692	3619	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1502	-	-	-
obs	0.1511	71895	99.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30.617 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1952	0	31	324	2307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2035
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.46	2778
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.586	1675
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	328
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	367

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5198	0.1909	157	0.1847	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5198-1.5406	0.2005	146	0.1662	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5406-1.5626	0.1835	109	0.1666	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5626-1.5859	0.1632	143	0.1612	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5859-1.6107	0.1921	139	0.163	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6107-1.6371	0.1558	116	0.1566	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6371-1.6653	0.1737	140	0.1581	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6653-1.6956	0.1813	144	0.1556	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6956-1.7282	0.205	137	0.1566	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7282-1.7635	0.1878	149	0.1552	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7635-1.8018	0.1812	162	0.1576	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8018-1.8438	0.1822	109	0.1536	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8438-1.8899	0.143	141	0.1573	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-1.9409	0.2007	104	0.1523	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9409-1.9981	0.1695	109	0.1554	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9981-2.0625	0.1911	145	0.1435	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0625-2.1362	0.1487	141	0.1419	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1362-2.2217	0.1623	172	0.1407	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2217-2.3228	0.1517	158	0.1442	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3228-2.4452	0.1736	160	0.1533	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4452-2.5984	0.1609	160	0.1487	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5984-2.7989	0.1936	134	0.1549	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7989-3.0803	0.1592	151	0.148	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0803-3.5254	0.1442	135	0.1413	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5254-4.4395	0.1475	144	0.1342	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4395-30.6236	0.2009	114	0.1622	2562	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5267	0.5685	0.8891	2.2344	-0.0042	2.4562	-0.0189	0.2158	0.315	-0.2994	-0.0766	-0.0856	-0.5185	0.0992	0.0797	0.2138	0.005	0.0348	0.1433	0.0188	0.0923	-3.6265	16.7463	-31.4991
2	1.4583	-1.3153	0.7173	0.9626	-0.5562	1.3662	-0.0457	0.0724	0.2417	0.0567	-0.0885	-0.1781	-0.2988	0.3044	0.1014	0.1078	-0.047	0.003	0.1586	0.0118	0.1315	5.13	10.5836	-16.4732
3	5.9006	2.7254	1.5846	5.8803	1.0608	2.9453	0.2306	-0.4358	-0.4699	0.4232	-0.148	-0.4646	0.3026	0.3966	-0.0781	0.1713	0.0587	-0.0053	0.238	-0.0083	0.1032	12.2936	-10.3024	-5.0331
4	1.3286	-0.7184	-0.2811	2.436	0.0127	1.975	0.0557	0.0465	-0.1721	-0.1136	-0.0655	0.0175	0.2201	0.2079	0.0036	0.0688	0.0299	-0.0028	0.1313	-0.012	0.0978	6.0069	-6.2703	-11.4734
5	2.5933	-0.5093	0.3727	1.2466	-1.2863	2.0988	0.0364	0.0348	-0.1318	-0.0624	0.0824	0.0802	-0.033	-0.0765	-0.1087	0.1016	0.0121	0.0191	0.1372	-0.0022	0.1374	-5.7312	4.8745	-11.3561
6	5.807	-1.749	-0.4359	0.7984	-0.0211	1.6674	-0.2056	0.1451	0.3144	0.1124	0.0434	-0.2318	-0.3055	0.3313	0.1122	0.1192	-0.0584	-0.0155	0.149	0.0228	0.1179	6.0385	13.6071	-16.8283
7	1.2294	-0.651	0.6667	0.8203	-0.283	1.1759	0.1753	0.4657	0.044	-0.1379	-0.1666	-0.1526	0.0734	0.5336	0.0431	0.0602	0.0139	0.0496	0.3462	0.0253	0.1	10.0831	4.3804	-23.7511
8	5.906	1.2077	-0.3919	2.5181	-0.2787	2.1381	0.0454	0.2817	-0.0497	-0.2987	-0.1481	-0.1045	-0.0384	0.2942	0.0802	0.0885	0.0145	0.0448	0.1994	0.053	0.0545	-0.5655	7.6838	-27.5707
9	6.7235	2.2116	-1.3474	2.2129	-0.5216	2.277	-0.0013	0.5904	0.1607	-0.3097	-0.0418	-0.0623	-0.4131	0.3723	0.0769	0.1955	-0.0304	0.0169	0.3038	0.0323	0.0816	2.3231	10.5835	-34.9591

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 86 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 87 through 101 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 102 through 155 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 156 through 179 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 180 through 194 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 195 through 251 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 252 through 275 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 276 through 290 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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