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- PDB-5tud: Structural Insights into the Extracellular Recognition of the Hum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tud
タイトルStructural Insights into the Extracellular Recognition of the Human Serotonin 2B Receptor by an Antibody
要素
  • 5-hydroxytryptamine receptor 2B,Soluble cytochrome b562 chimera
  • Anti-5-HT2B Fab heavy chain
  • Anti-5-HT2B Fab light chain
キーワードSIGNALING PROTEIN / 7-TM / GPCR / Fab / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


behavior / intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / protein kinase C signaling / regulation of behavior / Serotonin receptors ...behavior / intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / protein kinase C signaling / regulation of behavior / Serotonin receptors / embryonic morphogenesis / cellular response to temperature stimulus / serotonin binding / vasoconstriction / G protein-coupled serotonin receptor activity / : / G protein-coupled receptor internalization / cardiac muscle hypertrophy / neural crest cell differentiation / neural crest cell migration / neurotransmitter receptor activity / cGMP-mediated signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of cell division / : / G-protein alpha-subunit binding / heart morphogenesis / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of endothelial cell proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / GTPase activator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cytokine production / calcium-mediated signaling / electron transport chain / positive regulation of MAP kinase activity / intracellular calcium ion homeostasis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphorylation / synapse / dendrite / heme binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. ...5-Hydroxytryptamine 2B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ergotamine / Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ishchenko, A. / Wacker, D. / Kapoor, M. / Zhang, A. / Han, G.W. / Basu, S. / Boutet, S. / James, D. / Wang, D. / Weierstall, U. ...Ishchenko, A. / Wacker, D. / Kapoor, M. / Zhang, A. / Han, G.W. / Basu, S. / Boutet, S. / James, D. / Wang, D. / Weierstall, U. / Liu, W. / Katritch, V. / Stevens, R.C. / Cherezov, V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM108635 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094618 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the extracellular recognition of the human serotonin 2B receptor by an antibody.
著者: Ishchenko, A. / Wacker, D. / Kapoor, M. / Zhang, A. / Han, G.W. / Basu, S. / Patel, N. / Messerschmidt, M. / Weierstall, U. / Liu, W. / Katritch, V. / Roth, B.L. / Stevens, R.C. / Cherezov, V.
履歴
登録2016年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42018年11月28日Group: Data collection
カテゴリ: diffrn / pdbx_serial_crystallography_data_reduction ...diffrn / pdbx_serial_crystallography_data_reduction / pdbx_serial_crystallography_measurement / pdbx_serial_crystallography_sample_delivery / pdbx_serial_crystallography_sample_delivery_injection
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-hydroxytryptamine receptor 2B,Soluble cytochrome b562 chimera
B: Anti-5-HT2B Fab light chain
C: Anti-5-HT2B Fab heavy chain
D: 5-hydroxytryptamine receptor 2B,Soluble cytochrome b562 chimera
E: Anti-5-HT2B Fab light chain
F: Anti-5-HT2B Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,4288
ポリマ－200,2656
非ポリマー1,1632
水00
1
A: 5-hydroxytryptamine receptor 2B,Soluble cytochrome b562 chimera
B: Anti-5-HT2B Fab light chain
C: Anti-5-HT2B Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7144
ポリマ－100,1323
非ポリマー5821
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area38090 Å2
手法PISA
2
D: 5-hydroxytryptamine receptor 2B,Soluble cytochrome b562 chimera
E: Anti-5-HT2B Fab light chain
F: Anti-5-HT2B Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7144
ポリマ－100,1323
非ポリマー5821
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area37810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.290, 118.860, 145.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 5-hydroxytryptamine receptor 2B,Soluble cytochrome b562 chimera / 5-HT2B / Serotonin receptor 2B / Cytochrome b-562


分子量: 51497.035 Da / 分子数: 2
断片: UNP P41595 residues 36-248 and 314-405 linked by UNP P0ABE7 residues 23-128
変異: M144W, M1007W, H1102I, R1106L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HTR2B, cybC / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P41595, UniProt: P0ABE7
#2: 抗体 Anti-5-HT2B Fab light chain


分子量: 23151.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体 Anti-5-HT2B Fab heavy chain


分子量: 25483.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: 化合物 ChemComp-ERM / Ergotamine / エルゴタミン


分子量: 581.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H35N5O5 / コメント: 神経伝達物質, alkaloid*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.7
詳細: Tris/HCL pH 7.7, 60 mM Sodium/Potassium Tartrate, 25% PEG400.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.56 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.56 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35.64 Å / Num. obs: 48606 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 310.3 % / Biso Wilson estimate: 90.32 Å2 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 120.26 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / CC1/2: 0.34 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementPhotons per pulse: 390000000000 Tphotons/pulse / Pulse duration: 35 fsec. / Pulse photon energy: 7.95 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionInjector diameter: 1.5 µm
Serial crystallography data reductionFrames failed index: 193328 / Frames indexed: 52291 / Frames total: 1877040

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
CrystFELデータ削減
PHASER位相決定
CrystFELデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NC3

4nc3


解像度: 3→35.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.822 / SU Rfree Blow DPI: 0.357
詳細: unmodeled densities (potentially Zn ion) near (1) His232, His235 of chain C & Asp1 of chain E, and (2) His233, His231 of Chain C & His1063 of chain A
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2259 4.65 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.228 48606 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 106.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.2629 Å20 Å22.1576 Å2
2---22.6624 Å20 Å2
3---15.3994 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.62 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→35.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12298 0 86 0 12384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00512712HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.7617399HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5649SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes239HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1910HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12712HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.31
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1776SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14866SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 167 4.7 %
Rwork0.242 3388 -
all0.243 3555 -
obs--99.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1220.44761.08430.89881.5574.38920.1139-0.1398-0.11610.0925-0.0277-0.06510.3326-0.1177-0.0862-0.16450.0496-0.01390.20040.0639-0.195316.0121-29.485962.7126
21.12480.3938-0.20761.0764-1.39184.86410.1025-0.06490.03520.16650.11140.2283-0.1734-0.2297-0.2139-0.05120.00880.0208-0.07990.023-0.154920.4383-10.5337139.413
31.00440.363-1.40690.51-0.155.3519-0.03820.0285-0.0138-0.14680.18340.07290.458-0.5429-0.1452-0.035-0.0764-0.074-0.05560.0022-0.166618.0545-26.5149130.8453
40.01440.4516-1.12680.6978-1.34052.53940.1155-0.26840.09960.1445-0.1052-0.0632-0.37020.2745-0.0103-0.0947-0.0481-0.01750.26820.0301-0.176818.7411-64.038959.9866
51.42030.2840.90520.94520.45185.14890.162-0.052-0.01660.1574-0.1126-0.0160.1822-0.1227-0.0494-0.1409-0.04460.01670.0120.0111-0.216516.9535-86.1553135.8512
61.86730.22322.12020.38340.47944.9011-0.1281-0.01730.1042-0.11620.02990.0414-0.3728-0.38620.0982-0.07040.0344-0.0173-0.087-0.0025-0.12219.5503-69.5515128.7206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|54 - A|1106 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|211 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|235 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|55 - D|1106 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|1 - E|211 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|1 - F|233 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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