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- PDB-5tru: Structure of the first-in-class checkpoint inhibitor Ipilimumab b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tru
タイトルStructure of the first-in-class checkpoint inhibitor Ipilimumab bound to human CTLA-4
要素
  • Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
  • Ipilimumab Fab heavy chain
  • Ipilimumab Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / complex / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / CTLA4 inhibitory signaling / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response ...protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / CTLA4 inhibitory signaling / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Liu, W. / Garrett-Thomson, S.C. / Yan, Q. / Srinivasan, M. / Wong, S.C. / Bell, A. / Mankikar, S. / Rangan, V.S. / Deshpande, S. ...Ramagopal, U.A. / Liu, W. / Garrett-Thomson, S.C. / Yan, Q. / Srinivasan, M. / Wong, S.C. / Bell, A. / Mankikar, S. / Rangan, V.S. / Deshpande, S. / Bonanno, J.B. / Korman, A.J. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for cancer immunotherapy by the first-in-class checkpoint inhibitor ipilimumab.
著者: Ramagopal, U.A. / Liu, W. / Garrett-Thomson, S.C. / Bonanno, J.B. / Yan, Q. / Srinivasan, M. / Wong, S.C. / Bell, A. / Mankikar, S. / Rangan, V.S. / Deshpande, S. / Korman, A.J. / Almo, S.C.
履歴
登録2016年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22017年6月7日Group: Database references
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Ipilimumab Fab light chain
H: Ipilimumab Fab heavy chain
l: Ipilimumab Fab light chain
h: Ipilimumab Fab heavy chain
c: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
C: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,6936
ポリマ－120,6936
非ポリマー00
水00
1
L: Ipilimumab Fab light chain
H: Ipilimumab Fab heavy chain
C: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3473
ポリマ－60,3473
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area24250 Å2
手法PISA
2
l: Ipilimumab Fab light chain
h: Ipilimumab Fab heavy chain
c: Cytotoxic T-lymphocyte protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3473
ポリマ－60,3473
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area23990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.844, 197.502, 148.117
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 Ipilimumab Fab light chain


分子量: 23477.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Ipilimumab Fab heavy chain


分子量: 24232.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 4 / CTLA-4


分子量: 12637.422 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 37-154 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTLA4, CD152 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P16410

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 7.5, 20% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月2日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→34.91 Å / Num. obs: 28514 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Χ2: 1.208 / Net I/av σ(I): 14.6 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 181876
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3-3.056.60.82199.9
3.05-3.116.50.727199.8
3.11-3.176.60.629199.9
3.17-3.236.50.491199.8
3.23-3.36.50.42199.9
3.3-3.386.60.333199.8
3.38-3.466.50.284199.8
3.46-3.566.50.236199.8
3.56-3.666.60.218199.8
3.66-3.786.50.197199.9
3.78-3.916.40.167199.9
3.91-4.076.40.155199.9
4.07-4.266.40.128199.8
4.26-4.486.30.11199.9
4.48-4.766.20.1021100
4.76-5.136.20.092199.9
5.13-5.646.20.084199.5
5.64-6.466.20.084199.9
6.46-8.136.30.071199.6
8.13-505.70.058197.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I85

1i85


解像度: 3→34.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 51.86 / SU ML: 0.396 / SU R Cruickshank DPI: 0.368 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.447
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2677 1447 5.1 %RANDOM
Rwork0.2035 ---
obs0.2067 26945 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 159.11 Å2 / Biso mean: 69.607 Å2 / Biso min: 44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.82 Å20 Å2-0 Å2
2---1.51 Å20 Å2
3----2.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→34.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8036 0 0 0 8036
残基数----1081
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.028232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4611.94711224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.89951071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.52823.782312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.574151209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7611537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6082.714313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1044.0625373
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.612.6883919
LS精密化 シェル解像度: 2.998→3.075 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 96 -
Rwork0.349 1953 -
all-2049 -
obs--98.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3627-0.8163-1.36521.10370.59421.43520.0871-0.00710.134-0.00370.013-0.22550.08910.1509-0.10010.82570.0109-0.10390.03470.00530.1012-34.2475-24.776210.4836
24.225-1.2152-0.83461.31230.66121.6805-0.056-0.1074-0.33330.1475-0.0290.01220.42440.13320.0850.8828-0.056-0.07360.04070.05810.1289-41.3433-40.415416.9397
32.57980.8107-0.19092.47450.53821.30140.1108-0.1704-0.11970.3310.0809-0.84540.05780.5414-0.19160.84470.0358-0.10.2383-0.02130.3597-28.484811.126159.7547
43.22441.2657-0.55051.96160.27991.54590.14160.06010.03020.04290.0299-0.2418-0.19410.2767-0.17140.74630.01980.00850.0846-0.03780.2303-36.821427.708559.0292
52.86971.05633.22232.99512.16297.302-0.03770.00880.1584-0.0539-0.07670.4184-0.2158-0.90380.11440.62990.03640.07820.4431-0.02190.5836-72.89729.40551.8617
62.7329-1.5368-1.26812.75333.03928.1849-0.156-0.03120.19030.0674-0.12550.53230.2289-0.75410.28150.673-0.09-0.06490.36460.05270.567-75.0721-19.559730.0478
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3l1 - 212
4X-RAY DIFFRACTION4h1 - 218
5X-RAY DIFFRACTION5c2 - 118
6X-RAY DIFFRACTION6C2 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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